More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_2629 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2629  amino acid ABC transporter, permease protein  100 
 
 
262 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0506299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21460  polar amino acid ABC transporter, inner membrane permease component  79.56 
 
 
264 aa  338  4e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  78.7 
 
 
226 aa  324  7e-88  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1136  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  66.39 
 
 
281 aa  314  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.781699 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1887  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  63.04 
 
 
273 aa  303  1.0000000000000001e-81  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5771  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  66.96 
 
 
273 aa  303  2.0000000000000002e-81  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000135375 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5172  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  57.83 
 
 
260 aa  271  6e-72  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.146272  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0115  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.6 
 
 
285 aa  216  4e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3308  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.55 
 
 
283 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1049  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.34 
 
 
237 aa  202  5e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_8010  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.23 
 
 
278 aa  192  5e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0358711  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5522  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.14 
 
 
278 aa  185  7e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0444426  normal  0.294784 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2432  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.89 
 
 
279 aa  132  6e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.727332 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  35.53 
 
 
237 aa  124  1e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0226  amino acid ABC transporter permease  35.07 
 
 
209 aa  119  6e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.466164  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5220  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.55 
 
 
219 aa  115  5e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2943  amino acid ABC transporter permease  33.49 
 
 
219 aa  113  3e-24  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627929  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3084  glutamine/glutamate ABC transporter, permease protein  33.49 
 
 
219 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14393  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0463  amino acid ABC transporter, permease  30.94 
 
 
217 aa  112  7.000000000000001e-24  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.73 
 
 
216 aa  112  7.000000000000001e-24  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  0.0000168875  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.19 
 
 
235 aa  112  8.000000000000001e-24  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.199048  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3518  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.98 
 
 
218 aa  110  2.0000000000000002e-23  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0611  amino acid ABC transporter, permease protein  30.49 
 
 
217 aa  110  3e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000123395  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0500  amino acid ABC transporter permease  33.78 
 
 
242 aa  108  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4751  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.83 
 
 
224 aa  108  1e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  2.73498e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  33.51 
 
 
216 aa  107  3e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1541  ABC-type amino acid transport system, permease component  31.96 
 
 
225 aa  107  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  decreased coverage  0.00154011  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.57 
 
 
216 aa  105  6e-22  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.83 
 
 
221 aa  105  6e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.57 
 
 
216 aa  105  7e-22  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.54 
 
 
222 aa  105  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2696  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.59 
 
 
225 aa  104  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.525187  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  33.85 
 
 
219 aa  103  3e-21  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.52 
 
 
598 aa  102  5e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0310843  hitchhiker  0.00101821 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.73 
 
 
215 aa  102  5e-21  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1941  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.23 
 
 
220 aa  102  7e-21  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00173617  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0446  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.69 
 
 
225 aa  101  1e-20  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.95928  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.28 
 
 
218 aa  101  1e-20  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.17 
 
 
215 aa  101  1e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.23 
 
 
221 aa  101  1e-20  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000362636  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.08 
 
 
217 aa  100  2e-20  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.29 
 
 
217 aa  100  2e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.37 
 
 
219 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  32.03 
 
 
216 aa  100  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2765  amino acid ABC transporter permease  31.91 
 
 
596 aa  100  3e-20  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.29 
 
 
217 aa  100  3e-20  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4584  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.05 
 
 
225 aa  100  3e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000898191  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2155  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.75 
 
 
234 aa  99.8  4e-20  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.164337 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  32.49 
 
 
214 aa  99.8  4e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0905  amino acid ABC transporter, permease protein, His/Glu/Gln/Arg/opine family  27.15 
 
 
260 aa  99.8  4e-20  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.22009  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1257  amino acid ABC transporter membrane protein  30 
 
 
219 aa  99  7e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0312743 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3556  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  35.05 
 
 
290 aa  99  7e-20  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.849356 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.39 
 
 
233 aa  98.6  8e-20  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.19 
 
 
215 aa  99  8e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  32.67 
 
 
218 aa  98.6  9e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.24 
 
 
216 aa  98.6  9e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1136  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  28.88 
 
 
220 aa  98.2  1e-19  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438499  normal  0.203188 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  27.75 
 
 
727 aa  97.8  2e-19  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.11 
 
 
214 aa  96.3  4e-19  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5242  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
226 aa  96.3  4e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1510  ABC transporter membrane spanning protein  34.66 
 
 
219 aa  96.7  4e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1688  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  30.85 
 
 
218 aa  96.3  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022194  normal  0.493441 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3381  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30 
 
 
218 aa  96.3  5e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.782136  normal  0.259898 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4962  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.85 
 
 
218 aa  95.5  7e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0311986  normal  0.0537626 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4076  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.67 
 
 
218 aa  95.5  7e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.03 
 
 
217 aa  95.5  8e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4040  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.13 
 
 
268 aa  95.5  8e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.47 
 
 
216 aa  95.1  9e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3974  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.34 
 
 
217 aa  94.7  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.04 
 
 
596 aa  94.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3474  amino acid ABC transporter permease  32.4 
 
 
216 aa  94.7  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3405  amino acid ABC transporter, permease protein  30.5 
 
 
263 aa  94  2e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.679621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2505  amino acid ABC transporter permease  31.73 
 
 
220 aa  94  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0032626  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.36 
 
 
221 aa  94.4  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0218334  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3297  amino acid ABC transporter permease  33.65 
 
 
223 aa  94  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.85 
 
 
214 aa  94.4  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1395  amino acid ABC transporter, permease/amino acid-binding protein, putative  28.7 
 
 
485 aa  94  3e-18  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0693  amino acid ABC transporter permease  30.81 
 
 
229 aa  93.6  3e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1912  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.81 
 
 
485 aa  93.6  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.000000291813  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
219 aa  93.6  3e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.468657 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1946  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  29.81 
 
 
485 aa  93.6  3e-18  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.00000538211  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.8 
 
 
320 aa  93.2  4e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2154  Beta tubulin, autoregulation binding site  31.65 
 
 
222 aa  93.2  4e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.2 
 
 
219 aa  92.8  4e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1376  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.94 
 
 
223 aa  93.2  4e-18  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.000000031441  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3046  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.67 
 
 
237 aa  92.8  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.156389  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2105  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  31.98 
 
 
217 aa  92.8  5e-18  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2777  amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
220 aa  92.8  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3886  amino acid ABC transporter permease  30.19 
 
 
501 aa  92.8  5e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  27.68 
 
 
223 aa  92.8  5e-18  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3464  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter permease protein EhuC  30.52 
 
 
219 aa  92.8  5e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  32.68 
 
 
215 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0861  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.59 
 
 
263 aa  92.4  6e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.820023 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00418  ABC-type amino acid transport system permease component  30.95 
 
 
246 aa  92.4  7e-18  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0777  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  28.51 
 
 
218 aa  92  7e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.554294  normal  0.559459 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.43 
 
 
213 aa  92.4  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2697  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.7 
 
 
221 aa  92  8e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.817852  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5538  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.77 
 
 
219 aa  92  8e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.172396 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.14 
 
 
217 aa  92  8e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1018  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  27.4 
 
 
261 aa  92  9e-18  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.186341  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>