More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4669 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
214 aa  427  1e-119  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.287398  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  81.31 
 
 
214 aa  369  1e-101  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.72 
 
 
219 aa  239  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.67 
 
 
222 aa  235  3e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.06 
 
 
219 aa  224  8e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.05 
 
 
214 aa  223  2e-57  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  50.24 
 
 
214 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.76 
 
 
217 aa  209  3e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.2 
 
 
216 aa  207  9e-53  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.74 
 
 
216 aa  206  1e-52  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.64 
 
 
217 aa  206  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3418  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.47 
 
 
217 aa  204  7e-52  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.5 
 
 
217 aa  194  1e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  43.41 
 
 
219 aa  193  2e-48  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  45.5 
 
 
215 aa  192  3e-48  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5267  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.5 
 
 
219 aa  192  3e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316086  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2430  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  47.45 
 
 
216 aa  192  3e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.891065  normal  0.0353371 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  44.33 
 
 
216 aa  192  4e-48  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3474  amino acid ABC transporter permease  49.49 
 
 
216 aa  189  2e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0447  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.16 
 
 
216 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.5 
 
 
219 aa  189  2.9999999999999997e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.468657 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2075  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.67 
 
 
219 aa  188  5e-47  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.280824 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.15 
 
 
216 aa  187  1e-46  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3747  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.78 
 
 
218 aa  186  2e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.69 
 
 
217 aa  185  4e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1503  amino acid ABC transporter permease  46.63 
 
 
212 aa  184  7e-46  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5080  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  46.34 
 
 
218 aa  184  9e-46  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  44.08 
 
 
218 aa  184  1.0000000000000001e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.79 
 
 
213 aa  183  2.0000000000000003e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.36 
 
 
217 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.36 
 
 
217 aa  182  2.0000000000000003e-45  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.88 
 
 
217 aa  182  3e-45  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6998  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.07 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0176333 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1496  amino acid ABC transporter permease  45.07 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6333  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.07 
 
 
216 aa  182  4.0000000000000006e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200705  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.28 
 
 
215 aa  181  6e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.94 
 
 
215 aa  181  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1510  ABC transporter membrane spanning protein  43.13 
 
 
219 aa  180  1e-44  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3977  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.43 
 
 
213 aa  180  1e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734464  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.35 
 
 
213 aa  180  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1688  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  42.66 
 
 
218 aa  177  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022194  normal  0.493441 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0296  amino acid ABC transporter permease  46 
 
 
215 aa  176  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3447  amino acid ABC transporter permease  43.43 
 
 
217 aa  176  2e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.23 
 
 
216 aa  176  2e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5458  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  43.69 
 
 
216 aa  176  3e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0163  amino acid ABC transporter permease  45.6 
 
 
214 aa  176  3e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.784261  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4962  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.2 
 
 
218 aa  176  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0311986  normal  0.0537626 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3327  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.43 
 
 
217 aa  175  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3188  amino acid ABC transporter, permease protein  43.43 
 
 
217 aa  175  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.15 
 
 
216 aa  174  9.999999999999999e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2105  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  43.62 
 
 
217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3467  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
217 aa  171  5.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.09 
 
 
217 aa  171  6.999999999999999e-42  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3311  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.13 
 
 
218 aa  170  1e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3249  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.55 
 
 
218 aa  169  2e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.862152  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0934  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  45.96 
 
 
218 aa  169  2e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.080844  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1743  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.08 
 
 
216 aa  169  3e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0879  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.08 
 
 
218 aa  164  1.0000000000000001e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0962107  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3991  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.97 
 
 
215 aa  163  2.0000000000000002e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.841796  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2599  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  42.08 
 
 
216 aa  162  3e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.635143  normal  0.180313 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4511  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.52 
 
 
216 aa  162  5.0000000000000005e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0761922  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0909  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  43.59 
 
 
218 aa  152  2.9999999999999998e-36  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436863  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
216 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
216 aa  136  2e-31  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.86 
 
 
214 aa  135  4e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.99 
 
 
215 aa  131  6e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3132  amino acid ABC transporter permease  35.47 
 
 
222 aa  130  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.9281  normal  0.0247415 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2909  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.8 
 
 
218 aa  128  5.0000000000000004e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0545261 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.45 
 
 
221 aa  128  7.000000000000001e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0218334  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.95 
 
 
503 aa  127  8.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  33.8 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  33.91 
 
 
237 aa  127  1.0000000000000001e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.8 
 
 
222 aa  127  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.33 
 
 
222 aa  126  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1609  amino acid ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 
221 aa  125  4.0000000000000003e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  0.0129243  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2596  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.31 
 
 
271 aa  125  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  hitchhiker  0.000547103  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2114  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  33.81 
 
 
222 aa  125  6e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000270288 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2807  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
217 aa  124  9e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2505  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.81 
 
 
222 aa  124  1e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.110474  normal  0.780737 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2152  L-cystine ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 
222 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00489018  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.38 
 
 
222 aa  123  2e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000424447  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1721  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.38 
 
 
222 aa  123  2e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.796808 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1264  L-cystine ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 
222 aa  123  2e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0917804  normal  0.0118842 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2108  amino acid ABC transporter His/Glu/Gln/Arg/opine family, permease  33.33 
 
 
222 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0113123 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1168  amino acid ABC transporter, His/Glu/Gln/Arg/opine family, permease protein  33.33 
 
 
222 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.066667  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0554  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.69 
 
 
218 aa  123  2e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2692  L-cystine ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 
222 aa  124  2e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0324102  normal  0.0361809 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.92 
 
 
503 aa  123  2e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0717  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.15 
 
 
215 aa  123  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2017  L-cystine ABC transporter, permease protein  32.38 
 
 
222 aa  123  2e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0245386  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2167  L-cystine transport system permease TcyB  33.33 
 
 
222 aa  123  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0765863  hitchhiker  0.00000339309 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0553  glutamine ABC transporter permease  31.25 
 
 
218 aa  122  4e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.421713  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  33.97 
 
 
216 aa  122  4e-27  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0770  amino acid ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
218 aa  122  4e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0123  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.81 
 
 
321 aa  122  5e-27  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0709  amino acid ABC transporter, permease protein  30.77 
 
 
218 aa  122  6e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4661  amino acid ABC transporter, permease protein  31.25 
 
 
218 aa  122  6e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.128052  hitchhiker  2.19299e-21 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1927  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  37.44 
 
 
222 aa  122  6e-27  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1046  L-cystine ABC transporter, permease protein  31.9 
 
 
222 aa  121  7e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0095554  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.78 
 
 
233 aa  121  8e-27  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>