More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3418 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012791  Vapar_3418  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  100 
 
 
217 aa  423  1e-117  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1491  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  80.65 
 
 
217 aa  325  2.0000000000000001e-88  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3334  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  69.59 
 
 
217 aa  305  3e-82  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.281722 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3747  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  64.52 
 
 
218 aa  275  4e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5080  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  62.98 
 
 
218 aa  257  1e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3462  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.28 
 
 
216 aa  243  9.999999999999999e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5948  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.12 
 
 
213 aa  243  1.9999999999999999e-63  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.518149  normal  0.0212185 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5458  ABC transporter membrane spanning protein (amino acid)  56.68 
 
 
216 aa  242  3e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7088  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.15 
 
 
213 aa  236  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1688  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  54.04 
 
 
218 aa  233  2.0000000000000002e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022194  normal  0.493441 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4962  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.54 
 
 
218 aa  231  6e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0311986  normal  0.0537626 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5461  amino acid ABC transporter permease  52.86 
 
 
216 aa  230  1e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0218905 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2430  ABC polar amino acid transporter inner membrane protein  53.54 
 
 
216 aa  229  2e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.891065  normal  0.0353371 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.22 
 
 
216 aa  229  3e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3672  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.42 
 
 
216 aa  229  3e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3128  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.91 
 
 
222 aa  228  4e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0272486 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0304  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.05 
 
 
215 aa  225  4e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1743  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.89 
 
 
216 aa  225  4e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5247  amino acid ABC transporter, permease protein  54.4 
 
 
215 aa  224  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2440  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.76 
 
 
219 aa  224  7e-58  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.221978  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2075  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.54 
 
 
219 aa  222  3e-57  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.280824 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1496  amino acid ABC transporter permease  52.53 
 
 
216 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6998  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.53 
 
 
216 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0176333 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0014  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.83 
 
 
217 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.792397  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6333  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.53 
 
 
216 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.200705  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0019  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.83 
 
 
217 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4063  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.52 
 
 
216 aa  219  1.9999999999999999e-56  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6713  ABC amino acid transporter, inner membrane subunit  50.49 
 
 
218 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0163  amino acid ABC transporter permease  53.88 
 
 
214 aa  219  1.9999999999999999e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.784261  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  55.78 
 
 
217 aa  219  1.9999999999999999e-56  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.101493  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0209  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.36 
 
 
217 aa  219  3e-56  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1918  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.33 
 
 
215 aa  219  3e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.179252 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5267  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  54.55 
 
 
219 aa  216  2e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.316086  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3474  amino acid ABC transporter permease  55.72 
 
 
216 aa  216  2.9999999999999998e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0228  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.01 
 
 
217 aa  215  2.9999999999999998e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4669  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.47 
 
 
214 aa  215  4e-55  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.287398  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0447  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.21 
 
 
216 aa  215  5e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1707  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  47.85 
 
 
219 aa  214  5.9999999999999996e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3467  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
217 aa  214  5.9999999999999996e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1503  amino acid ABC transporter permease  52.94 
 
 
212 aa  214  5.9999999999999996e-55  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3249  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.97 
 
 
218 aa  214  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.862152  normal  0.352927 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2105  amino-acid transmembrane ABC transporter protein  52.43 
 
 
217 aa  214  8e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1510  ABC transporter membrane spanning protein  53.03 
 
 
219 aa  214  9e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3447  amino acid ABC transporter permease  52.02 
 
 
217 aa  213  9.999999999999999e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3311  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
218 aa  213  1.9999999999999998e-54  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3188  amino acid ABC transporter, permease protein  51.52 
 
 
217 aa  211  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3327  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.52 
 
 
217 aa  211  4.9999999999999996e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1600  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.51 
 
 
214 aa  211  9e-54  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1031  amino acid ABC transporter permease  49.74 
 
 
214 aa  207  7e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00000917559  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4925  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50.25 
 
 
214 aa  206  2e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5543  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  53.54 
 
 
219 aa  205  4e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.468657 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0879  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.49 
 
 
218 aa  205  5e-52  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0962107  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0296  amino acid ABC transporter permease  54.92 
 
 
215 aa  204  6e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0934  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.01 
 
 
218 aa  204  7e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.080844  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  51.76 
 
 
216 aa  200  9.999999999999999e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3991  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
215 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.841796  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0909  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  50 
 
 
218 aa  195  4.0000000000000005e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.436863  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3977  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  44.6 
 
 
213 aa  194  7e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.734464  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0175  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  52.38 
 
 
217 aa  194  1e-48  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2599  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  48.8 
 
 
216 aa  194  1e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.635143  normal  0.180313 
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4511  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  49.74 
 
 
216 aa  186  3e-46  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0761922  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3974  amino acid ABC transporter permease  40.67 
 
 
219 aa  182  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0790  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  40.7 
 
 
483 aa  147  1.0000000000000001e-34  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.124129  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  39.5 
 
 
216 aa  146  2.0000000000000003e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5576  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.69 
 
 
503 aa  145  4.0000000000000006e-34  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1927  glutamine-binding periplasmic protein/glutamine transport system permease protein  36.55 
 
 
222 aa  144  9e-34  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  33.82 
 
 
221 aa  144  1e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0688  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.29 
 
 
232 aa  143  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.452276  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1759  putative ABC transporter, permease protein  36.55 
 
 
228 aa  143  2e-33  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00086145  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1232  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.19 
 
 
503 aa  143  2e-33  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0615942 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4942  amino acid ABC transporter permease  39.2 
 
 
489 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5030  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.2 
 
 
489 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5323  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.2 
 
 
489 aa  142  4e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0226  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  38.38 
 
 
222 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00679283 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0241  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.38 
 
 
222 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.213346 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.15 
 
 
492 aa  141  8e-33  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3108  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.32 
 
 
214 aa  141  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0946  amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 
234 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0909  amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0166995  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4429  amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.21779  normal  0.228122 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.69 
 
 
216 aa  140  9.999999999999999e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1036  amino acid ABC transporter, permease protein  36 
 
 
209 aa  140  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.0000692373  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0813  amino acid ABC transporter permease  35.5 
 
 
235 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.803947  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0761  amino acid ABC transporter, permease  36 
 
 
226 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0754  amino acid ABC transporter, permease  36 
 
 
232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.200013  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0856  amino acid ABC transporter permease  35.5 
 
 
235 aa  139  1.9999999999999998e-32  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.926936  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0582  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.33 
 
 
223 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4986  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.88 
 
 
222 aa  139  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.86981 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0760  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36 
 
 
232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.522965  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1127  amino acid ABC transporter permease  37.44 
 
 
237 aa  139  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0948  amino acid ABC transporter, permease protein  35.5 
 
 
209 aa  139  3e-32  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2685  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.22 
 
 
225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.310396  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  38.07 
 
 
219 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1433  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  36.22 
 
 
225 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.904932 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.61 
 
 
216 aa  138  6e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.68 
 
 
493 aa  138  7e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1530  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.22 
 
 
225 aa  138  7e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.692251  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.12 
 
 
216 aa  138  7e-32  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0791  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  39.44 
 
 
221 aa  137  8.999999999999999e-32  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0218334  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0568  amino acid ABC transporter permease  36.87 
 
 
223 aa  137  1e-31  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>