More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputGB1_0557 on replicon NC_010322
Organism: Pseudomonas putida GB-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010322  PputGB1_0557  methyltransferase type 12  100 
 
 		 219 aa  434  1e-121  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0546  methyltransferase type 12  94.93 
 
 		 218 aa  385  1e-106  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0564  methyltransferase type 12  94.06 
 
 		 219 aa  384  1e-106  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4465  hypothetical protein  80.56 
 
 		 217 aa  348  3e-95  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0687  hypothetical protein  78.7 
 
 		 217 aa  347  9e-95  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5022  hypothetical protein  78.14 
 
 		 218 aa  340  1e-92  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06680  hypothetical protein  79.72 
 
 		 219 aa  325  3e-88  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1042  hypothetical protein  79.63 
 
 		 220 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11350  hypothetical protein  79.63 
 
 		 220 aa  312  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0604927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3860  methyltransferase type 12  78.97 
 
 		 219 aa  312  2.9999999999999996e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.79296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3618  methyltransferase type 12  47.25 
 
 		 218 aa  148  8e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.971669  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3694  putative methyltransferase protein  45.99 
 
 		 217 aa  114  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4015  putative methyltransferase protein  41.83 
 
 		 215 aa  112  3e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_004310  BR1892  hypothetical protein  43.07 
 
 		 218 aa  111  8.000000000000001e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1820  hypothetical protein  42.34 
 
 		 218 aa  108  7.000000000000001e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.385222  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2961  hypothetical protein  43.8 
 
 		 218 aa  104  1e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0573  hypothetical protein  47.24 
 
 		 216 aa  103  3e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0363  hypothetical protein  38.01 
 
 		 223 aa  101  8e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0640  hypothetical protein  39.57 
 
 		 223 aa  100  1e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335057  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2246  hypothetical protein  37.8 
 
 		 219 aa  100  2e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0818704 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0970  hypothetical protein  37.91 
 
 		 218 aa  98.2  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3080  hypothetical protein  44.62 
 
 		 221 aa  97.4  2e-19  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.293949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3181  hypothetical protein  44.62 
 
 		 221 aa  96.3  3e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169587  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0043  hypothetical protein  35.98 
 
 		 232 aa  94.7  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4139  hypothetical protein  42.86 
 
 		 219 aa  91.3  1e-17  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0759  hypothetical protein  45.32 
 
 		 219 aa  89.4  4e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.580871 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1927  hypothetical protein  43.17 
 
 		 216 aa  88.6  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383798  normal  0.0886446 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2248  hypothetical protein  43.88 
 
 		 220 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00723109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0253  hypothetical protein  39.84 
 
 		 220 aa  88.2  8e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1972  hypothetical protein  43.8 
 
 		 216 aa  88.2  8e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5047  hypothetical protein  42.75 
 
 		 232 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0078002 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5354  hypothetical protein  39.35 
 
 		 216 aa  85.5  6e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190586  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1107  hypothetical protein  34.94 
 
 		 219 aa  84.7  0.000000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2163  hypothetical protein  37.58 
 
 		 214 aa  80.5  0.00000000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2021  methyltransferase small  44.36 
 
 		 221 aa  80.5  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400913  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2983  hypothetical protein  44.09 
 
 		 221 aa  79.3  0.00000000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.651745  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3111  hypothetical protein  40.24 
 
 		 215 aa  78.6  0.00000000000007  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2946  hypothetical protein  41.01 
 
 		 217 aa  77.4  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.669539 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1878  methyltransferase-like protein  48.04 
 
 		 214 aa  77.8  0.0000000000001  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.627264  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0318  hypothetical protein  36.6 
 
 		 231 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.811126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0473  hypothetical protein  53.09 
 
 		 225 aa  75.9  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.303142  normal  0.215459 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0515  Methyltransferase type 12  34.86 
 
 		 235 aa  75.5  0.0000000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0562  methyltransferase type 12  36.07 
 
 		 239 aa  73.9  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1626  hypothetical protein  37.31 
 
 		 231 aa  73.2  0.000000000003  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.220792 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0557  hypothetical protein  46.08 
 
 		 218 aa  73.2  0.000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.417048  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0580  Methyltransferase type 12  36.57 
 
 		 233 aa  72  0.000000000006  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  0.260933 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1760  hypothetical protein  38.81 
 
 		 229 aa  70.5  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1825  methyltransferase small  44.88 
 
 		 219 aa  69.7  0.00000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0056314 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1573  methyltransferase type 12  47.37 
 
 		 222 aa  68.9  0.00000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.973711 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3122  methyltransferase small  43.7 
 
 		 226 aa  68.6  0.00000000007  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  0.652615 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0686  Methyltransferase type 12  38.52 
 
 		 236 aa  68.6  0.00000000007  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1522  methyltransferase small  47.37 
 
 		 222 aa  68.6  0.00000000008  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000115411 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0452  methyltransferase type 12  36.67 
 
 		 244 aa  67  0.0000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.652795 
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25153  predicted protein  50.68 
 
 		 338 aa  65.9  0.0000000004  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00188354  hitchhiker  0.00255191 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1098  methyltransferase small  33.58 
 
 		 210 aa  64.3  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.391663  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3352  methyltransferase small  43.7 
 
 		 226 aa  62.8  0.000000004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.054842  hitchhiker  0.00782478 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1383  Methyltransferase type 12  36.36 
 
 		 249 aa  62.4  0.000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.413132  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0609  Methyltransferase type 12  36 
 
 		 235 aa  62  0.000000007  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1737  Methyltransferase-16, putative  28.75 
 
 		 246 aa  60.1  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.762946 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1029  methyltransferase small  30.43 
 
 		 240 aa  60.1  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0136  ribosomal L11 methyltransferase  53.57 
 
 		 214 aa  59.3  0.00000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000366624  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.43 
 
 		 295 aa  59.3  0.00000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0005  methyltransferase small  31.61 
 
 		 264 aa  59.3  0.00000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.125741 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1051  putative methylase  41.89 
 
 		 202 aa  58.9  0.00000005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009355  OSTLU_92077  predicted protein  34.13 
 
 		 215 aa  58.9  0.00000006  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00026919  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  35.71 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000006  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.59 
 
 		 298 aa  58.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.59 
 
 		 298 aa  58.5  0.00000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  47.37 
 
 		 293 aa  58.2  0.00000009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  43.59 
 
 		 298 aa  57.8  0.0000001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2947  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.3 
 
 		 297 aa  57.8  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1657  ribosomal L11 methyltransferase  40.62 
 
 		 247 aa  57.4  0.0000002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.56 
 
 		 304 aa  57  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3447  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.95 
 
 		 300 aa  57.4  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.801921  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3637  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.3 
 
 		 297 aa  57.4  0.0000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3937  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.07 
 
 		 296 aa  56.6  0.0000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.0015501  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  54 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.17 
 
 		 296 aa  56.2  0.0000004  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.39 
 
 		 300 aa  56.2  0.0000004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0951  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.39 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.77 
 
 		 304 aa  56.2  0.0000004  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0895  methylase  41.89 
 
 		 202 aa  55.8  0.0000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1319  Lipocalin  33.05 
 
 		 260 aa  55.8  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00248779 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0572  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.77 
 
 		 300 aa  55.8  0.0000005  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000573675 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3320  ribosomal protein L11 methyltransferase, putative  54.55 
 
 		 198 aa  55.5  0.0000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0529  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.74 
 
 		 300 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.579214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0505  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.74 
 
 		 300 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2781  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.74 
 
 		 300 aa  55.5  0.0000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0447  ribosomal protein L11 methyltransferase  30.29 
 
 		 299 aa  55.1  0.0000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  44 
 
 		 293 aa  55.1  0.0000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0859  ribosomal protein L11 methyltransferase  40.43 
 
 		 293 aa  54.7  0.0000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236714  normal  0.0659327 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.58 
 
 		 287 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1623  putative methylase  38.16 
 
 		 202 aa  54.3  0.000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.58 
 
 		 287 aa  54.7  0.000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1496  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.16 
 
 		 296 aa  54.7  0.000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  54 
 
 		 295 aa  54.7  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1101  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.77 
 
 		 298 aa  54.3  0.000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0205003  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_14081  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.07 
 
 		 305 aa  54.3  0.000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.0500355  normal  0.0701563 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3505  ribosomal protein L11 methyltransferase  39.74 
 
 		 302 aa  54.7  0.000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0603  ribosomal protein L11 methyltransferase  38.46 
 
 		 300 aa  54.3  0.000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>