176 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0473 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0473  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  447  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.303142  normal  0.215459 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0043  hypothetical protein  88.13 
 
 		 232 aa  385  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0253  hypothetical protein  86.3 
 
 		 220 aa  376  1e-103  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0318  hypothetical protein  88.58 
 
 		 231 aa  368  1e-101  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.811126 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1107  hypothetical protein  66.67 
 
 		 219 aa  265  4e-70  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1892  hypothetical protein  60.58 
 
 		 218 aa  244  6.999999999999999e-64  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5354  hypothetical protein  63.13 
 
 		 216 aa  242  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190586  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1820  hypothetical protein  60.1 
 
 		 218 aa  241  5e-63  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.385222  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0970  hypothetical protein  60.68 
 
 		 218 aa  239  4e-62  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3694  putative methyltransferase protein  60.48 
 
 		 217 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2248  hypothetical protein  63.21 
 
 		 220 aa  234  5.0000000000000005e-61  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00723109  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1972  hypothetical protein  62.04 
 
 		 216 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1927  hypothetical protein  63.26 
 
 		 216 aa  234  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383798  normal  0.0886446 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4015  putative methyltransferase protein  59.05 
 
 		 215 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0363  hypothetical protein  59.81 
 
 		 223 aa  232  3e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0759  hypothetical protein  61.4 
 
 		 219 aa  231  6e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.580871 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5047  hypothetical protein  62.1 
 
 		 232 aa  231  6e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0078002 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0640  hypothetical protein  54.34 
 
 		 223 aa  229  2e-59  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335057  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2961  hypothetical protein  55.14 
 
 		 218 aa  228  5e-59  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210334  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2246  hypothetical protein  54.3 
 
 		 219 aa  226  3e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0818704 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4139  hypothetical protein  53.64 
 
 		 219 aa  208  5e-53  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0573  hypothetical protein  49.3 
 
 		 216 aa  194  1e-48  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0557  hypothetical protein  50.46 
 
 		 218 aa  185  4e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.417048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3080  hypothetical protein  49.04 
 
 		 221 aa  180  2e-44  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.293949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3181  hypothetical protein  48.08 
 
 		 221 aa  178  8e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169587  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1878  methyltransferase-like protein  50.96 
 
 		 214 aa  169  3e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.627264  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2983  hypothetical protein  47.89 
 
 		 221 aa  167  1e-40  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.651745  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1573  methyltransferase type 12  52.86 
 
 		 222 aa  167  1e-40  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.973711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1522  methyltransferase small  52.86 
 
 		 222 aa  166  2.9999999999999998e-40  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000115411 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2163  hypothetical protein  51.89 
 
 		 214 aa  163  2.0000000000000002e-39  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2946  hypothetical protein  51.49 
 
 		 217 aa  162  4.0000000000000004e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.669539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3111  hypothetical protein  45.79 
 
 		 215 aa  151  7e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2021  methyltransferase small  47.69 
 
 		 221 aa  141  8e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400913  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3122  methyltransferase small  45.27 
 
 		 226 aa  136  3.0000000000000003e-31  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  0.652615 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1825  methyltransferase small  47.12 
 
 		 219 aa  133  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0056314 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3352  methyltransferase small  44.22 
 
 		 226 aa  131  6.999999999999999e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.054842  hitchhiker  0.00782478 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5022  hypothetical protein  40 
 
 		 218 aa  86.7  3e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0687  hypothetical protein  39.06 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4465  hypothetical protein  42.16 
 
 		 217 aa  78.6  0.00000000000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0564  methyltransferase type 12  54.32 
 
 		 219 aa  77.4  0.0000000000002  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0546  methyltransferase type 12  50 
 
 		 218 aa  75.1  0.0000000000008  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06680  hypothetical protein  41.09 
 
 		 219 aa  75.1  0.0000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0557  methyltransferase type 12  53.09 
 
 		 219 aa  73.9  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1042  hypothetical protein  51.85 
 
 		 220 aa  66.2  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3860  methyltransferase type 12  44.12 
 
 		 219 aa  66.2  0.0000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.79296  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11350  hypothetical protein  49.38 
 
 		 220 aa  63.2  0.000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0604927  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1764  hypothetical protein  31.06 
 
 		 232 aa  60.5  0.00000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3618  methyltransferase type 12  39.39 
 
 		 218 aa  57.8  0.0000001  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.971669  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0391  ribosomal protein L11 methyltransferase  57.14 
 
 		 293 aa  56.6  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000998179  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1319  Lipocalin  25.99 
 
 		 260 aa  54.3  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00248779 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1549  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 304 aa  53.9  0.000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0401  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.38 
 
 		 293 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0130632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3624  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.38 
 
 		 293 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000162524  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0400  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.38 
 
 		 293 aa  53.9  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0151894  normal  0.0533338 
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_92679  predicted protein  31.36 
 
 		 216 aa  53.9  0.000002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25153  predicted protein  42.47 
 
 		 338 aa  53.5  0.000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00188354  hitchhiker  0.00255191 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0395  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.45 
 
 		 293 aa  52.4  0.000005  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3442  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.45 
 
 		 293 aa  52.8  0.000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.116345  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  53.06 
 
 		 293 aa  52.4  0.000005  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0503  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.71 
 
 		 289 aa  52.4  0.000006  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1852  ribosomal L11 methyltransferase  43.55 
 
 		 282 aa  52.4  0.000006  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.524439  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.94 
 
 		 295 aa  52  0.000007  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3232  Methyltransferase type 11  31.08 
 
 		 218 aa  52  0.000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.74588  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.14 
 
 		 293 aa  51.6  0.000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3963  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.45 
 
 		 293 aa  51.6  0.000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00574631  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0527  ribosomal protein L11 methyltransferase  33.71 
 
 		 289 aa  51.2  0.00001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3886  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.45 
 
 		 293 aa  50.4  0.00002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.393855  hitchhiker  0.00000257617 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.93 
 
 		 294 aa  50.8  0.00002  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.94 
 
 		 295 aa  50.4  0.00002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.94 
 
 		 295 aa  50.4  0.00002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0446  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 293 aa  50.4  0.00002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.119875  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0455  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 293 aa  50.4  0.00002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000781607  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3938  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.45 
 
 		 293 aa  50.8  0.00002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000797733  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0331  ribosomal protein L11 methyltransferase  49.02 
 
 		 293 aa  50.4  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0201798  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1657  ribosomal L11 methyltransferase  36.44 
 
 		 247 aa  50.1  0.00002  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  50.98 
 
 		 293 aa  50.1  0.00003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 295 aa  50.1  0.00003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4079  ribosomal protein L11 methyltransferase  49.02 
 
 		 293 aa  49.3  0.00004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0139274  normal  0.0416888 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0256  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 287 aa  49.7  0.00004  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0951  ribosomal protein L11 methyltransferase  29.71 
 
 		 294 aa  49.3  0.00004  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0267  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.18 
 
 		 287 aa  49.7  0.00004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0167166  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0515  Methyltransferase type 12  30.39 
 
 		 235 aa  48.9  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  50.98 
 
 		 296 aa  48.5  0.00007  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  49.02 
 
 		 295 aa  48.5  0.00008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  49.02 
 
 		 295 aa  48.5  0.00009  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.03 
 
 		 293 aa  47.8  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2751  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.98 
 
 		 304 aa  48.1  0.0001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.02 
 
 		 306 aa  47.8  0.0001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.62 
 
 		 300 aa  47.8  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.03 
 
 		 293 aa  47.8  0.0001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1101  ribosomal protein L11 methyltransferase  28.25 
 
 		 298 aa  47.4  0.0002  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0205003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2286  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  37.82 
 
 		 299 aa  47.8  0.0002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  51.02 
 
 		 295 aa  47  0.0002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0246  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  40.2 
 
 		 287 aa  46.6  0.0003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0486812  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_4036  histidine kinase  26.09 
 
 		 221 aa  46.6  0.0003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2959  ribosomal protein L11 methyltransferase  32.12 
 
 		 309 aa  47  0.0003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  unclonable  0.00000000148567  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0475  hypothetical protein  28.79 
 
 		 227 aa  46.6  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0149122 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3637  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.65 
 
 		 297 aa  47  0.0003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1491  ribosomal protein L11 methyltransferase  36.19 
 
 		 307 aa  46.6  0.0003  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1015  ribosomal protein L11 methyltransferase  31.71 
 
 		 312 aa  46.6  0.0003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>