149 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_4139 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_4139  hypothetical protein  100 
 
 		 219 aa  444  1.0000000000000001e-124  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3694  putative methyltransferase protein  69.48 
 
 		 217 aa  314  7e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4015  putative methyltransferase protein  64.49 
 
 		 215 aa  295  5e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.232 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2961  hypothetical protein  65.26 
 
 		 218 aa  290  1e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.210334  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1892  hypothetical protein  63.89 
 
 		 218 aa  282  3.0000000000000004e-75  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1820  hypothetical protein  63.43 
 
 		 218 aa  279  2e-74  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.385222  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0970  hypothetical protein  64.06 
 
 		 218 aa  278  5e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0363  hypothetical protein  61.72 
 
 		 223 aa  251  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0640  hypothetical protein  54.38 
 
 		 223 aa  235  4e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.335057  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1927  hypothetical protein  60.56 
 
 		 216 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.383798  normal  0.0886446 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5354  hypothetical protein  58.69 
 
 		 216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.190586  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1972  hypothetical protein  59.36 
 
 		 216 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0759  hypothetical protein  58.49 
 
 		 219 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.580871 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5047  hypothetical protein  57.28 
 
 		 232 aa  233  2.0000000000000002e-60  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0078002 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2248  hypothetical protein  60.09 
 
 		 220 aa  232  4.0000000000000004e-60  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  decreased coverage  0.00723109  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1107  hypothetical protein  57.89 
 
 		 219 aa  230  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0043  hypothetical protein  53.18 
 
 		 232 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0253  hypothetical protein  55.96 
 
 		 220 aa  226  2e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0638202  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2246  hypothetical protein  53.21 
 
 		 219 aa  225  4e-58  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0818704 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0573  hypothetical protein  51.42 
 
 		 216 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0318  hypothetical protein  55.45 
 
 		 231 aa  214  5.9999999999999996e-55  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.811126 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0473  hypothetical protein  53.64 
 
 		 225 aa  205  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.303142  normal  0.215459 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0557  hypothetical protein  52.38 
 
 		 218 aa  196  3e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.417048  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3080  hypothetical protein  49.51 
 
 		 221 aa  182  5.0000000000000004e-45  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.293949  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3181  hypothetical protein  49.51 
 
 		 221 aa  181  8.000000000000001e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.169587  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2946  hypothetical protein  49.28 
 
 		 217 aa  172  3.9999999999999995e-42  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.669539 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3111  hypothetical protein  46.89 
 
 		 215 aa  170  1e-41  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2983  hypothetical protein  49.02 
 
 		 221 aa  168  6e-41  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.651745  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1878  methyltransferase-like protein  46.67 
 
 		 214 aa  167  8e-41  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.627264  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2163  hypothetical protein  43.93 
 
 		 214 aa  158  7e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1573  methyltransferase type 12  48.31 
 
 		 222 aa  156  2e-37  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.973711 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1522  methyltransferase small  48.79 
 
 		 222 aa  155  4e-37  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000115411 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3122  methyltransferase small  45.1 
 
 		 226 aa  147  2.0000000000000003e-34  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.206519  normal  0.652615 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3352  methyltransferase small  44.81 
 
 		 226 aa  145  5e-34  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.054842  hitchhiker  0.00782478 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2021  methyltransferase small  47.92 
 
 		 221 aa  144  1e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0400913  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1825  methyltransferase small  44.16 
 
 		 219 aa  121  6e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0056314 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0687  hypothetical protein  32.64 
 
 		 217 aa  100  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5022  hypothetical protein  36.5 
 
 		 218 aa  97.8  1e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.949799 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4465  hypothetical protein  33.13 
 
 		 217 aa  93.6  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06680  hypothetical protein  33.68 
 
 		 219 aa  90.9  1e-17  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0557  methyltransferase type 12  42.86 
 
 		 219 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0564  methyltransferase type 12  42.86 
 
 		 219 aa  88.2  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.772066 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0546  methyltransferase type 12  41.27 
 
 		 218 aa  83.6  0.000000000000002  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_11350  hypothetical protein  43.65 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0604927  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1042  hypothetical protein  43.65 
 
 		 220 aa  80.1  0.00000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.553345  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3860  methyltransferase type 12  42.06 
 
 		 219 aa  78.6  0.00000000000007  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.79296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0515  Methyltransferase type 12  34.62 
 
 		 235 aa  57.4  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3618  methyltransferase type 12  39.38 
 
 		 218 aa  57  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.971669  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_25153  predicted protein  40 
 
 		 338 aa  55.8  0.0000005  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  decreased coverage  0.00188354  hitchhiker  0.00255191 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1319  Lipocalin  27.41 
 
 		 260 aa  55.1  0.0000009  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00248779 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2687  ribosomal protein L11 methyltransferase  56.14 
 
 		 295 aa  54.7  0.0000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000011349  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1764  hypothetical protein  27.07 
 
 		 232 aa  52  0.000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011685  PHATRDRAFT_38927  predicted protein  31.16 
 
 		 300 aa  51.6  0.000009  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0566  ribosomal protein L11 methyltransferase  52 
 
 		 296 aa  50.4  0.00002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0178303  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00173  ribosomal protein L11 methyltransferase  52 
 
 		 295 aa  50.1  0.00002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0951  ribosomal protein L11 methyltransferase  50.98 
 
 		 294 aa  50.1  0.00003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002195  ribosomal protein L11 methyltransferase  52 
 
 		 295 aa  50.1  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.00271176  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2837  ribosomal protein L11 methyltransferase  52 
 
 		 294 aa  50.1  0.00003  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.104112  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0136  ribosomal L11 methyltransferase  47.06 
 
 		 214 aa  49.3  0.00004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000366624  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3687  ribosomal protein L11 methyltransferase  52 
 
 		 295 aa  49.3  0.00004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.768619  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2861  histidine kinase  27.07 
 
 		 219 aa  49.3  0.00004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4421  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 293 aa  49.3  0.00005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00260494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01421  hypothetical protein  29.36 
 
 		 129 aa  48.9  0.00006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.232872  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1491  ribosomal protein L11 methyltransferase  37.14 
 
 		 307 aa  48.9  0.00006  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1626  hypothetical protein  32.38 
 
 		 231 aa  48.5  0.00007  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.220792 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0859  ribosomal protein L11 methyltransferase  34.21 
 
 		 293 aa  48.5  0.00007  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.236714  normal  0.0659327 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3320  ribosomal protein L11 methyltransferase, putative  40.96 
 
 		 198 aa  48.5  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3845  ribosomal protein L11 methyltransferase  52.08 
 
 		 295 aa  47.8  0.0001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.393013  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0243  ribosomal protein L11 methyltransferase  48 
 
 		 295 aa  47.8  0.0001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4117  ribosomal protein L11 methyltransferase  42.47 
 
 		 293 aa  47.8  0.0001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0350894  hitchhiker  0.000425949 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0506  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.67 
 
 		 293 aa  47.8  0.0001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0662184  hitchhiker  0.00329443 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2788  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.15 
 
 		 298 aa  47  0.0002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0239  ribosomal protein L11 methyltransferase  48 
 
 		 295 aa  47.4  0.0002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_92679  predicted protein  31.47 
 
 		 216 aa  47  0.0002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006687  CNE02290  arginine N-methyltransferase 3, putative  30.93 
 
 		 596 aa  46.6  0.0003  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0573  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  51.06 
 
 		 318 aa  46.6  0.0003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0562  methyltransferase type 12  30.48 
 
 		 239 aa  46.6  0.0003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0388  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 293 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000022526  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1210  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 306 aa  46.6  0.0003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000191055  normal  0.886421 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0454  ribosomal protein L11 methyltransferase  50 
 
 		 293 aa  46.6  0.0003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2867  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.64 
 
 		 297 aa  46.2  0.0004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.712304  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3208  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.26 
 
 		 300 aa  46.2  0.0004  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0770215  decreased coverage  0.00369905 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2623  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.15 
 
 		 298 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.906319 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1051  putative methylase  30.28 
 
 		 202 aa  45.8  0.0005  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3033  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.15 
 
 		 298 aa  45.8  0.0005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1994  ribosomal protein L11 methyltransferase  46.94 
 
 		 316 aa  45.8  0.0005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.467353  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0180  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.21 
 
 		 296 aa  45.4  0.0006  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0841101 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1496  ribosomal protein L11 methyltransferase  44.26 
 
 		 296 aa  45.4  0.0007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0540  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.94 
 
 		 293 aa  44.7  0.001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1101  ribosomal protein L11 methyltransferase  41.43 
 
 		 298 aa  44.3  0.001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0205003  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3066  ribosomal protein L11 methyltransferase  45.28 
 
 		 304 aa  44.7  0.001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1998  ribosomal L11 methyltransferase  37.76 
 
 		 253 aa  44.7  0.001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.831895  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0475  hypothetical protein  23.64 
 
 		 227 aa  45.1  0.001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.0149122 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0391  ribosomal protein L11 methyltransferase  48 
 
 		 293 aa  44.7  0.001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000998179  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2367  ribosomal L11 methyltransferase  44.83 
 
 		 321 aa  43.5  0.002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.234607  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3219  ribosomal protein L11 methyltransferase  49.02 
 
 		 307 aa  43.9  0.002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000000607744  hitchhiker  0.0000170628 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0608  50S ribosomal protein L11P methyltransferase  44.64 
 
 		 294 aa  43.9  0.002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.217984  hitchhiker  0.0000000198415 
 
 
-
 
NC_009068  PICST_51802  predicted protein  37.1 
 
 		 340 aa  44.3  0.002  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009367  OSTLU_5006  predicted protein  37.74 
 
 		 270 aa  43.5  0.002  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0895863  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03000  ribosomal protein L11 methyltransferase  48.98 
 
 		 301 aa  43.9  0.002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>