More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnap_2887 on replicon NC_008781
Organism: Polaromonas naphthalenivorans CJ2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008781  Pnap_2887  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 430 aa  843    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.303028  normal  0.0961096 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2035  secretion protein HlyD  84.4 
 
 		 430 aa  610  1e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.789986  hitchhiker  0.00327746 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  78.26 
 
 		 424 aa  548  1e-155  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.630346  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2066  secretion protein HlyD  72.78 
 
 		 428 aa  515  1.0000000000000001e-145  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.567226  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0318  efflux transporter, RND family, MFP subunit  71.98 
 
 		 436 aa  494  9.999999999999999e-139  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199682  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0501  RND family efflux transporter MFP subunit  70.8 
 
 		 430 aa  494  9.999999999999999e-139  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0389  RND family efflux transporter MFP subunit  70.14 
 
 		 434 aa  489  1e-137  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0323  RND family efflux transporter MFP subunit  68.7 
 
 		 433 aa  472  1e-132  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.827014 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2256  RND family efflux transporter MFP subunit  67.92 
 
 		 404 aa  447  1.0000000000000001e-124  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3714  RND family efflux transporter MFP subunit  61.88 
 
 		 408 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.132208 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3745  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.18 
 
 		 423 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3422  efflux transporter, RND family, MFP subunit  58.18 
 
 		 469 aa  385  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3440  secretion protein HlyD  55.96 
 
 		 415 aa  383  1e-105  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0011  acriflavin resistance lipoprotein A precursor  57.52 
 
 		 398 aa  373  1e-102  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.511373  normal  0.0259122 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0809  secretion protein HlyD  52.56 
 
 		 392 aa  352  5.9999999999999994e-96  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.165865 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  52.38 
 
 		 422 aa  350  4e-95  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3588  secretion protein HlyD  56.44 
 
 		 415 aa  348  1e-94  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5940  HlyD family secretion protein  50.66 
 
 		 425 aa  341  1e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.591185  normal  0.295801 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  51.46 
 
 		 433 aa  339  5.9999999999999996e-92  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3492  RND family efflux transporter MFP subunit  51.59 
 
 		 405 aa  337  1.9999999999999998e-91  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.474299  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0547  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.39 
 
 		 410 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0551  efflux transporter, RND family, MFP subunit  50.91 
 
 		 411 aa  327  2.0000000000000001e-88  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.856573  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0518  secretion protein HlyD  50.39 
 
 		 412 aa  327  3e-88  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0569  RND family efflux transporter MFP subunit  51.77 
 
 		 381 aa  325  7e-88  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2937  RND family efflux transporter MFP subunit  48.28 
 
 		 391 aa  325  8.000000000000001e-88  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0383787 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2638  RND family efflux transporter MFP subunit  50.79 
 
 		 424 aa  324  2e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0287  acridine efflux pump  47.77 
 
 		 394 aa  323  3e-87  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0680  RND family efflux transporter MFP subunit  51.2 
 
 		 420 aa  322  5e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.557778  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1127  RND family efflux transporter MFP subunit  48 
 
 		 395 aa  323  5e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.295973  unclonable  0.0000000230672 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2697  multidrug resistance protein  51.5 
 
 		 400 aa  322  9.000000000000001e-87  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6204  RND family efflux transporter MFP subunit  50.78 
 
 		 412 aa  322  9.000000000000001e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.103192  hitchhiker  0.00610274 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1999  secretion protein HlyD  50.66 
 
 		 424 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.931394  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5837  secretion protein HlyD  50.79 
 
 		 412 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.91911  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2609  RND family efflux transporter MFP subunit  50.66 
 
 		 424 aa  322  9.999999999999999e-87  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0688  RND family efflux transporter MFP subunit  51.82 
 
 		 431 aa  321  1.9999999999999998e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.921638  normal  0.624256 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3399  RND family efflux transporter MFP subunit  45.59 
 
 		 406 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.852955  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6607  HlyD family secretion protein  50.65 
 
 		 418 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.032922  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3435  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.74 
 
 		 399 aa  313  3.9999999999999997e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.169321  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1018  RND family efflux transporter MFP subunit  50.4 
 
 		 420 aa  313  4.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.11 
 
 		 395 aa  313  4.999999999999999e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0315  RND family efflux transporter MFP subunit  50.4 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2758  secretion protein HlyD  47.01 
 
 		 385 aa  312  6.999999999999999e-84  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215327  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0610  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  50.4 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.80065  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0058  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  50.4 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0523497  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2445  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  50.4 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0854  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  50.4 
 
 		 420 aa  312  6.999999999999999e-84  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.719076  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0859  multidrug efflux periplasmic linker protein BpeA  50.4 
 
 		 420 aa  312  9e-84  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2529  RND family efflux transporter MFP subunit  51.65 
 
 		 432 aa  310  2.9999999999999997e-83  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.210606 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6680  RND family efflux transporter MFP subunit  50.94 
 
 		 412 aa  308  1.0000000000000001e-82  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.231623  normal  0.121297 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3241  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.34 
 
 		 398 aa  308  1.0000000000000001e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2656  RND family efflux transporter MFP subunit  51.1 
 
 		 432 aa  307  3e-82  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.444245  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4503  RND family efflux transporter MFP subunit  49.71 
 
 		 384 aa  306  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.148496 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  45.91 
 
 		 405 aa  306  4.0000000000000004e-82  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5151  efflux transporter, RND family, MFP subunit  48.52 
 
 		 385 aa  306  6e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.206378  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05530  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  46.88 
 
 		 383 aa  306  6e-82  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0525  RND multidrug efflux membrane fusion protein MexA precursor  46.63 
 
 		 442 aa  305  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.106985  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1193  HlyD family secretion protein  45.8 
 
 		 386 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000622308  normal  0.342064 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2427  RND family efflux transporter MFP subunit  47.58 
 
 		 380 aa  303  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.412114  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3067  acriflavine resistance protein A  45.24 
 
 		 395 aa  303  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.018659  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3207  RND family efflux transporter MFP subunit  45.24 
 
 		 395 aa  303  5.000000000000001e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.474787  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2482  RND family efflux transporter MFP subunit  49.25 
 
 		 391 aa  302  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2880  multidrug efflux protein  45.24 
 
 		 388 aa  302  6.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.876487 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2283  secretion protein HlyD  48.94 
 
 		 386 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00947214 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4007  secretion protein HlyD  46.13 
 
 		 386 aa  302  8.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.430649  normal  0.0665893 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0506  acriflavine resistance protein A  46.55 
 
 		 409 aa  302  9e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.951175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0497  RND family efflux transporter MFP subunit  48.42 
 
 		 423 aa  301  1e-80  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.479969  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5599  secretion protein HlyD  44.94 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0395  acriflavine resistance protein A  46.55 
 
 		 409 aa  301  1e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5963  RND family efflux transporter MFP subunit  44.94 
 
 		 418 aa  301  1e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0363452 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4427  RND family efflux transporter MFP subunit  46.92 
 
 		 384 aa  301  1e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.123796 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4337  RND family efflux transporter MFP subunit  46.92 
 
 		 384 aa  301  2e-80  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.235617 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0553  acriflavine resistance protein A  46.31 
 
 		 409 aa  301  2e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00414  multidrug efflux system  46.31 
 
 		 397 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3147  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.31 
 
 		 397 aa  300  3e-80  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.035839  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3153  RND family efflux transporter MFP subunit  46.31 
 
 		 397 aa  300  3e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0497  acriflavine resistance protein A  46.31 
 
 		 397 aa  300  3e-80  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00419  hypothetical protein  46.31 
 
 		 397 aa  300  3e-80  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0539  acriflavine resistance protein A  46.31 
 
 		 397 aa  300  3e-80  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.6 
 
 		 386 aa  300  4e-80  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1386  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.65 
 
 		 384 aa  299  5e-80  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.178254 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3527  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.4 
 
 		 446 aa  299  7e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0285  RND family efflux transporter MFP subunit  45.41 
 
 		 386 aa  299  7e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.884794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1418  secretion protein HlyD  48.26 
 
 		 400 aa  299  8e-80  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.85 
 
 		 391 aa  298  1e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.297905 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3651  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.11 
 
 		 441 aa  298  1e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1117  secretion protein HlyD  46.24 
 
 		 367 aa  298  1e-79  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3327  RND family efflux transporter MFP subunit  46.11 
 
 		 441 aa  298  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1026  RND family efflux transporter MFP subunit  46.65 
 
 		 384 aa  298  2e-79  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.933063 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.59 
 
 		 415 aa  297  2e-79  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0331  RND family efflux transporter MFP subunit  49.06 
 
 		 394 aa  297  2e-79  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.109026  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6463  RND family efflux transporter MFP subunit  44.85 
 
 		 418 aa  297  3e-79  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.984064  normal  0.35165 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2314  RND family efflux transporter MFP subunit  48.66 
 
 		 391 aa  296  4e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0708  membrane fusion protein, RND efflux pump  49.5 
 
 		 410 aa  296  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1070  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.49 
 
 		 397 aa  296  4e-79  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00558937  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3715  RND family efflux transporter MFP subunit  47.58 
 
 		 382 aa  296  5e-79  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.970475  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2817  multidrug efflux RND membrane fusion protein MexC  46.13 
 
 		 378 aa  295  8e-79  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.182401  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3258  efflux transporter, RND family, MFP subunit  49.46 
 
 		 410 aa  295  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.110627  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4472  RND family efflux transporter MFP subunit  44.75 
 
 		 447 aa  295  2e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.0821721 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3923  multidrug efflux system protein  47.06 
 
 		 387 aa  295  2e-78  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0943  RND family efflux transporter MFP subunit  45.69 
 
 		 397 aa  294  2e-78  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>