More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4342 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4342  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  100 
 
 
276 aa  546  1e-154  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  71.21 
 
 
309 aa  362  4e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0299  putative sigma54 specific transcriptional regulator  70.45 
 
 
276 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  66.43 
 
 
316 aa  352  2.9999999999999997e-96  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  66.06 
 
 
316 aa  352  4e-96  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5223  putative sigma54 specific transcriptional regulator  70.99 
 
 
276 aa  351  8e-96  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6189  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5073  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  70.72 
 
 
276 aa  349  4e-95  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5166  sigma-54 dependent transcriptional regulator  69.96 
 
 
276 aa  346  2e-94  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0222  response regulator receiver domain-containing protein  69.92 
 
 
310 aa  341  8e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.641426  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1175  transcriptional regulator  66.06 
 
 
324 aa  336  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13000  transcriptional regulator  65.17 
 
 
324 aa  331  7.000000000000001e-90  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.597599 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.46 
 
 
366 aa  247  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  54.76 
 
 
361 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  54.76 
 
 
361 aa  244  8e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  50 
 
 
381 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.34 
 
 
391 aa  243  3e-63  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  50.95 
 
 
352 aa  241  1e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  53.57 
 
 
343 aa  235  5.0000000000000005e-61  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.25 
 
 
366 aa  233  3e-60  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  48.87 
 
 
376 aa  232  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  48.87 
 
 
376 aa  232  5e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.78 
 
 
389 aa  231  8.000000000000001e-60  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.45 
 
 
373 aa  231  9e-60  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.6 
 
 
376 aa  231  1e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  48.12 
 
 
368 aa  227  2e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.58 
 
 
372 aa  227  2e-58  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.67 
 
 
367 aa  226  2e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  48.67 
 
 
367 aa  226  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.74 
 
 
367 aa  226  3e-58  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  48.12 
 
 
367 aa  226  3e-58  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.52 
 
 
375 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.52 
 
 
375 aa  225  6e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  47.37 
 
 
367 aa  224  9e-58  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.43 
 
 
376 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  47.74 
 
 
368 aa  223  3e-57  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.21 
 
 
375 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50 
 
 
375 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.96 
 
 
377 aa  215  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  47.06 
 
 
457 aa  212  4.9999999999999996e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.92 
 
 
448 aa  208  8e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.63 
 
 
459 aa  205  8e-52  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.79 
 
 
469 aa  203  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.6 
 
 
459 aa  203  2e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.91 
 
 
455 aa  203  3e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.8 
 
 
459 aa  203  3e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4088  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  47.2 
 
 
457 aa  202  4e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.0065577  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4456  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.2 
 
 
457 aa  202  4e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.764911  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1972  response regulator receiver protein  48.39 
 
 
455 aa  201  9.999999999999999e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
459 aa  198  9e-50  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.8 
 
 
459 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.16 
 
 
448 aa  196  3e-49  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  43.6 
 
 
459 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  50 
 
 
458 aa  195  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  44.26 
 
 
465 aa  196  5.000000000000001e-49  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.6 
 
 
459 aa  195  5.000000000000001e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.56 
 
 
463 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04971  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  46.47 
 
 
444 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0682  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.17 
 
 
456 aa  194  1e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105475  normal  0.791887 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.57 
 
 
451 aa  193  2e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4569  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.18 
 
 
456 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46 
 
 
454 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.36 
 
 
451 aa  192  7e-48  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
451 aa  191  9e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  47.35 
 
 
470 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  46.94 
 
 
473 aa  191  1e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1719  flagellar regulatory protein C  43.95 
 
 
479 aa  191  1e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0473988  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3932  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  49.14 
 
 
451 aa  191  1e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.215439  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001184  putative two-component response regulator  45.64 
 
 
443 aa  190  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.44 
 
 
462 aa  190  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.4 
 
 
455 aa  190  2e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2132  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.58 
 
 
336 aa  190  2e-47  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.11031  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.04 
 
 
473 aa  190  2e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.3 
 
 
497 aa  190  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002813  flagellar regulatory protein FleQ  42.74 
 
 
469 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6061  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.6 
 
 
461 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2299  response regulator receiver protein  46.5 
 
 
446 aa  189  2.9999999999999997e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2578  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.23 
 
 
446 aa  188  7e-47  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1280  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.75 
 
 
446 aa  188  7e-47  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03164  hypothetical protein  43.55 
 
 
469 aa  188  8e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.06 
 
 
445 aa  188  8e-47  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3749  Sigma 54 interacting domain protein  44.12 
 
 
596 aa  188  1e-46  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.552068  normal  0.248061 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  44.12 
 
 
606 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3068  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.61 
 
 
452 aa  188  1e-46  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1114  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 
501 aa  187  1e-46  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 
453 aa  186  2e-46  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.545382 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.12 
 
 
433 aa  187  2e-46  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2310  sigma-54 dependent response regulator  41.13 
 
 
478 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1347  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.75 
 
 
446 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1183  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.96 
 
 
481 aa  187  2e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1340  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.06 
 
 
446 aa  187  2e-46  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.598769 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1825  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  47.18 
 
 
336 aa  186  3e-46  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.760782  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1258  two component Fis family transcriptional regulator  45.37 
 
 
486 aa  186  3e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.53 
 
 
470 aa  186  3e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0961  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.28 
 
 
454 aa  186  4e-46  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1105  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.75 
 
 
475 aa  186  4e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.926771  normal  0.835973 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1180  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  43.55 
 
 
449 aa  186  4e-46  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3230  flagellar regulatory protein C  45.34 
 
 
446 aa  186  5e-46  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1956  sigma-54 dependent transcriptional regulator/response regulator FleR  44.94 
 
 
471 aa  186  5e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.75595  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1687  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.83 
 
 
333 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0086  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.13 
 
 
470 aa  185  6e-46  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.300814 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>