More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0299 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010501  PputW619_0299  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
276 aa  558  1e-158  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5223  putative sigma54 specific transcriptional regulator  93.84 
 
 
276 aa  520  1e-146  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6189  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5166  sigma-54 dependent transcriptional regulator  92.75 
 
 
276 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5073  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  92.03 
 
 
276 aa  511  1e-144  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  77.29 
 
 
316 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  77.66 
 
 
316 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0222  response regulator receiver domain-containing protein  78.1 
 
 
310 aa  409  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.641426  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  72.63 
 
 
309 aa  406  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1175  transcriptional regulator  70.38 
 
 
324 aa  373  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13000  transcriptional regulator  69.23 
 
 
324 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.597599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4342  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  70.45 
 
 
276 aa  356  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.44 
 
 
391 aa  276  3e-73  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  54.58 
 
 
361 aa  274  9e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  54.58 
 
 
361 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  54.2 
 
 
352 aa  271  7e-72  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  52.09 
 
 
381 aa  271  7e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  51.52 
 
 
367 aa  261  6.999999999999999e-69  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  54 
 
 
343 aa  259  4e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  51.89 
 
 
376 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  51.89 
 
 
376 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.55 
 
 
366 aa  255  5e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.29 
 
 
373 aa  254  2.0000000000000002e-66  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.14 
 
 
367 aa  253  3e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  51.14 
 
 
367 aa  252  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.56 
 
 
376 aa  252  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  50.38 
 
 
368 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.38 
 
 
367 aa  252  5.000000000000001e-66  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  51.53 
 
 
367 aa  251  7e-66  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  50 
 
 
368 aa  251  1e-65  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.7 
 
 
376 aa  250  2e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.71 
 
 
375 aa  249  3e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.14 
 
 
366 aa  249  3e-65  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.71 
 
 
375 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.71 
 
 
375 aa  249  4e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.23 
 
 
372 aa  247  1e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  53.36 
 
 
389 aa  247  2e-64  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  49.23 
 
 
375 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.62 
 
 
377 aa  236  3e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5443  two-component response regulator CbrB  45.69 
 
 
477 aa  205  5e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.7 
 
 
456 aa  205  5e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.23 
 
 
486 aa  205  5e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62540  two-component response regulator CbrB  45.69 
 
 
478 aa  205  6e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.349279  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1599  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.31 
 
 
457 aa  205  7e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4696  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.55 
 
 
480 aa  205  8e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.511164  decreased coverage  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.45 
 
 
480 aa  204  9e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.601271  hitchhiker  0.000975449 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
463 aa  204  1e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0737  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.03 
 
 
479 aa  204  1e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000126889 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  48.42 
 
 
472 aa  204  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4192  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.46 
 
 
454 aa  204  1e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00227342  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  46.69 
 
 
453 aa  204  1e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.86 
 
 
461 aa  203  2e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  45.93 
 
 
386 aa  203  2e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  42.44 
 
 
457 aa  204  2e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4695  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.96 
 
 
480 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000157524 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.64 
 
 
481 aa  204  2e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.481364  normal  0.940549 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.71 
 
 
476 aa  203  3e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.34 
 
 
469 aa  202  3e-51  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.39 
 
 
465 aa  202  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1305  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.05 
 
 
379 aa  202  4e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.314792  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
480 aa  202  5e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0489  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.15 
 
 
473 aa  202  5e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0704  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.53 
 
 
453 aa  202  5e-51  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1726  hypothetical protein  41.45 
 
 
437 aa  202  6e-51  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.46 
 
 
453 aa  202  6e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
458 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.62 
 
 
455 aa  201  8e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  42.19 
 
 
453 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  43.46 
 
 
473 aa  201  9.999999999999999e-51  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  46.91 
 
 
470 aa  201  9.999999999999999e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1270  Fis family transcriptional regulator  43.8 
 
 
464 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  44.78 
 
 
608 aa  201  9.999999999999999e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1726  hypothetical protein  41.45 
 
 
437 aa  201  1.9999999999999998e-50  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.44 
 
 
484 aa  199  3e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5051  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.73 
 
 
460 aa  199  3e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.610108  normal  0.479337 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
470 aa  199  3e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.67 
 
 
448 aa  200  3e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3589  two-component response regulator CbrB  45.26 
 
 
477 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2438  helix-turn-helix, Fis-type  44.63 
 
 
451 aa  199  6e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.213238  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4808  two-component response regulator CbrB  45.11 
 
 
478 aa  199  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069592  hitchhiker  0.0095877 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.96 
 
 
448 aa  198  6e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.03 
 
 
480 aa  199  6e-50  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.36 
 
 
445 aa  198  6e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3238  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.12 
 
 
662 aa  199  6e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0144494  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  44.78 
 
 
606 aa  198  7e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.35 
 
 
608 aa  198  7e-50  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  44.35 
 
 
608 aa  198  7e-50  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.31 
 
 
460 aa  198  7.999999999999999e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 
451 aa  198  9e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.49 
 
 
483 aa  198  9e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.11 
 
 
512 aa  198  9e-50  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.85 
 
 
373 aa  198  9e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.37 
 
 
472 aa  198  1.0000000000000001e-49  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.12 
 
 
433 aa  197  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.57 
 
 
462 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.58 
 
 
449 aa  197  1.0000000000000001e-49  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3819  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.19 
 
 
455 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.785821  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1292  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.3 
 
 
466 aa  197  1.0000000000000001e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03965  two-component system regulatory protein  47.95 
 
 
448 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
451 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.49 
 
 
441 aa  196  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>