More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0222 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0222  response regulator receiver domain-containing protein  100 
 
 		 310 aa  622  1e-177  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.641426  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  80.06 
 
 		 316 aa  499  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  79.87 
 
 		 316 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0299  putative sigma54 specific transcriptional regulator  78.1 
 
 		 276 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5223  putative sigma54 specific transcriptional regulator  80.75 
 
 		 276 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6189  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5166  sigma-54 dependent transcriptional regulator  79.4 
 
 		 276 aa  429  1e-119  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5073  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  78.07 
 
 		 276 aa  425  1e-118  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  76.3 
 
 		 309 aa  421  1e-116  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1175  transcriptional regulator  69.62 
 
 		 324 aa  367  1e-100  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13000  transcriptional regulator  68.85 
 
 		 324 aa  363  2e-99  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.597599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4342  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  69.92 
 
 		 276 aa  358  9e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  55.12 
 
 		 391 aa  282  6.000000000000001e-75  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  50.18 
 
 		 381 aa  276  3e-73  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  52.42 
 
 		 361 aa  271  9e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  52.04 
 
 		 361 aa  269  2.9999999999999997e-71  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.91 
 
 		 366 aa  268  8.999999999999999e-71  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  51.1 
 
 		 352 aa  267  2e-70  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.01 
 
 		 373 aa  267  2e-70  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.89 
 
 		 376 aa  265  5.999999999999999e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  50.55 
 
 		 367 aa  265  7e-70  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  52.29 
 
 		 376 aa  264  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  51.27 
 
 		 367 aa  264  2e-69  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  52.29 
 
 		 376 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  51.27 
 
 		 368 aa  262  4e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.35 
 
 		 366 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  51.27 
 
 		 368 aa  262  4.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.49 
 
 		 375 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  48.49 
 
 		 375 aa  261  8e-69  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  52.73 
 
 		 343 aa  259  3e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.53 
 
 		 367 aa  258  7e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.44 
 
 		 389 aa  258  1e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.71 
 
 		 375 aa  257  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.45 
 
 		 376 aa  257  2e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.64 
 
 		 367 aa  255  6e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  49.64 
 
 		 367 aa  255  8e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.2 
 
 		 372 aa  254  9e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.2 
 
 		 375 aa  253  3e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.59 
 
 		 377 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.62 
 
 		 373 aa  215  8e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  42.96 
 
 		 457 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4088  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.98 
 
 		 457 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  hitchhiker  0.0065577  normal  0.672706 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4456  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.98 
 
 		 457 aa  213  2.9999999999999995e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.764911  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.26 
 
 		 486 aa  211  1e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.34 
 
 		 456 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2149  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.81 
 
 		 477 aa  209  4e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.94 
 
 		 478 aa  209  4e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2387  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.84 
 
 		 510 aa  209  7e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.81 
 
 		 451 aa  208  7e-53  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.71 
 
 		 445 aa  208  9e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2232  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.58 
 
 		 509 aa  207  1e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0243568 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1988  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.01 
 
 		 509 aa  208  1e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.31 
 
 		 386 aa  208  1e-52  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.57 
 
 		 433 aa  207  2e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4569  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.35 
 
 		 456 aa  206  3e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  46.09 
 
 		 470 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4853  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.9 
 
 		 457 aa  206  4e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.231814  hitchhiker  0.00735887 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.75 
 
 		 512 aa  206  5e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.4 
 
 		 480 aa  206  6e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4608  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  43.16 
 
 		 666 aa  206  6e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000341732  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0489  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.95 
 
 		 473 aa  206  6e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2959  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.5 
 
 		 513 aa  205  7e-52  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0751  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.15 
 
 		 490 aa  205  9e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.664159  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.35 
 
 		 508 aa  204  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00334907 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  42.8 
 
 		 608 aa  204  1e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.12 
 
 		 483 aa  204  1e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.72 
 
 		 476 aa  205  1e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3623  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.57 
 
 		 489 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.568637  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2137  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.8 
 
 		 608 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.475688  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.94 
 
 		 528 aa  203  2e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.46 
 
 		 472 aa  204  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02265  hypothetical protein  43.56 
 
 		 483 aa  204  2e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003503  sigma-54 dependent response regulator  43.3 
 
 		 483 aa  204  2e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2181  putative sigma54 specific transcriptional regulator  43.85 
 
 		 594 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000200827 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2227  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  42.8 
 
 		 608 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.025766  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1981  two-component response regulator, sigma-54 related  41.37 
 
 		 448 aa  204  2e-51  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.472322  normal  0.614669 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0050  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.43 
 
 		 515 aa  204  2e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0532507 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3555  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.57 
 
 		 489 aa  203  2e-51  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.369206  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  46.09 
 
 		 473 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  41.16 
 
 		 512 aa  203  2e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2061  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.75 
 
 		 442 aa  204  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00285  DNA-binding transcriptional activator  45.59 
 
 		 528 aa  203  3e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0396  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.57 
 
 		 528 aa  203  3e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.62 
 
 		 485 aa  203  3e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3620  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.33 
 
 		 449 aa  203  3e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.351229  hitchhiker  0.00000838354 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0890  putative sigma54 specific transcriptional regulator  41.67 
 
 		 543 aa  203  3e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0247  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 		 493 aa  203  3e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3630  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.44 
 
 		 502 aa  203  3e-51  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.670707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  44.96 
 
 		 445 aa  203  3e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.01 
 
 		 448 aa  203  3e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00289  hypothetical protein  45.59 
 
 		 528 aa  203  3e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 459 aa  203  3e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3294  Fis family proprionate catabolism activator  45.59 
 
 		 528 aa  202  4e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3276  proprionate catabolism activator, Fis family  45.21 
 
 		 528 aa  202  4e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.33 
 
 		 473 aa  202  4e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0354  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  45.59 
 
 		 528 aa  202  4e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3471  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.57 
 
 		 489 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3031  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50.93 
 
 		 527 aa  202  4e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.265414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2092  NifA subfamily transcriptional regulator  43.21 
 
 		 606 aa  203  4e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.103572 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0361  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  45.59 
 
 		 528 aa  202  6e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.785854  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.17 
 
 		 459 aa  202  6e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>