More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5166 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_5166  sigma-54 dependent transcriptional regulator  100 
 
 
276 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5073  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  97.46 
 
 
276 aa  539  9.999999999999999e-153  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5223  putative sigma54 specific transcriptional regulator  96.74 
 
 
276 aa  535  1e-151  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6189  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0299  putative sigma54 specific transcriptional regulator  92.75 
 
 
276 aa  515  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  77.45 
 
 
316 aa  434  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  77.82 
 
 
316 aa  435  1e-121  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0222  response regulator receiver domain-containing protein  79.4 
 
 
310 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.641426  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  73.53 
 
 
309 aa  404  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1175  transcriptional regulator  69.4 
 
 
324 aa  371  1e-102  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13000  transcriptional regulator  69.03 
 
 
324 aa  368  1e-101  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.597599 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4342  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  69.96 
 
 
276 aa  346  2e-94  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  53.21 
 
 
381 aa  271  1e-71  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.05 
 
 
391 aa  270  2.9999999999999997e-71  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  53.79 
 
 
361 aa  265  8e-70  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  53.41 
 
 
352 aa  264  1e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  53.79 
 
 
361 aa  263  2e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  55.2 
 
 
343 aa  258  1e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  51.52 
 
 
367 aa  256  3e-67  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.37 
 
 
366 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.14 
 
 
367 aa  250  1e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  52.29 
 
 
367 aa  251  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  51.52 
 
 
376 aa  251  1e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  52.04 
 
 
373 aa  250  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  51.52 
 
 
376 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
372 aa  246  2e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.31 
 
 
375 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.57 
 
 
376 aa  246  2e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.31 
 
 
375 aa  247  2e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.71 
 
 
375 aa  246  3e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  50 
 
 
368 aa  245  4.9999999999999997e-64  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  49.62 
 
 
368 aa  244  9e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  51.53 
 
 
367 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51.53 
 
 
367 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  50 
 
 
375 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.32 
 
 
376 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.32 
 
 
366 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  52.96 
 
 
389 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.63 
 
 
377 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  51.35 
 
 
481 aa  206  4e-52  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.481364  normal  0.940549 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.44 
 
 
459 aa  205  5e-52  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.56 
 
 
463 aa  205  7e-52  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.61 
 
 
461 aa  204  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1599  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  45.31 
 
 
457 aa  204  9e-52  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.05 
 
 
459 aa  204  1e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.12 
 
 
476 aa  204  1e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
445 aa  204  1e-51  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  48.58 
 
 
470 aa  203  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
449 aa  202  3e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1772  putative sigma54 specific transcriptional regulator  47.22 
 
 
386 aa  202  4e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1619  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.86 
 
 
456 aa  202  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0776  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.8 
 
 
465 aa  201  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  49.17 
 
 
472 aa  201  7e-51  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.61 
 
 
486 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0945  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.86 
 
 
459 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.540348  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.48 
 
 
455 aa  200  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.75 
 
 
478 aa  200  1.9999999999999998e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0775  helix-turn-helix, Fis-type  42.75 
 
 
457 aa  199  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.118214 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3268  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.92 
 
 
483 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.474695  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  48.58 
 
 
473 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2827  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.96 
 
 
470 aa  198  7e-50  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.0126149 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.76 
 
 
441 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.76 
 
 
441 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.76 
 
 
441 aa  198  7.999999999999999e-50  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.86 
 
 
459 aa  198  7.999999999999999e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  47.86 
 
 
484 aa  198  9e-50  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0704  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.49 
 
 
453 aa  197  1.0000000000000001e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0489  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  42.34 
 
 
473 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4371  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  46.09 
 
 
451 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.109269  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1270  Fis family transcriptional regulator  43.8 
 
 
464 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2897  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.62 
 
 
473 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.189439  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3238  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  42.54 
 
 
662 aa  196  2.0000000000000003e-49  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0144494  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.67 
 
 
373 aa  196  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.68 
 
 
458 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.12736  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0157  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.52 
 
 
448 aa  197  2.0000000000000003e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0197  two component Fis family transcriptional regulator  46.96 
 
 
449 aa  196  3e-49  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.756512 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.02 
 
 
480 aa  196  3e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1058  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.39 
 
 
462 aa  196  3e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.0191246 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1292  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.34 
 
 
466 aa  196  3e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.11 
 
 
441 aa  196  3e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3375  two-component response regulator CbrB  47.66 
 
 
472 aa  196  3e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0307811  normal  0.146362 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1496  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.09 
 
 
451 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.190196  normal  0.699272 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2438  helix-turn-helix, Fis-type  44.17 
 
 
451 aa  196  4.0000000000000005e-49  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.213238  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1711  NifA subfamily transcriptional regulator  45.22 
 
 
608 aa  196  4.0000000000000005e-49  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.478536  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.37 
 
 
453 aa  196  5.000000000000001e-49  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.545382 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.72 
 
 
451 aa  195  6e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.92 
 
 
448 aa  195  6e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  45.99 
 
 
453 aa  195  6e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.25 
 
 
459 aa  195  7e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.36 
 
 
458 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4696  putative two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.21 
 
 
480 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.511164  decreased coverage  0.00000622606 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4253  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  44.11 
 
 
512 aa  195  8.000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4561  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.21 
 
 
480 aa  195  8.000000000000001e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.601271  hitchhiker  0.000975449 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0707  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.34 
 
 
469 aa  194  9e-49  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.112148  normal  0.322603 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  42.06 
 
 
459 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4406  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.08 
 
 
483 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.378923  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4383  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.08 
 
 
483 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.246116  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0214  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.39 
 
 
455 aa  194  1e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.662344 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.86 
 
 
459 aa  194  1e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3062  two-component response regulator CbrB  44.73 
 
 
463 aa  194  1e-48  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.19 
 
 
455 aa  194  1e-48  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>