More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PA14_13000 on replicon NC_008463
Organism: Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008463  PA14_13000  transcriptional regulator  100 
 
 
324 aa  641    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.597599 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1175  transcriptional regulator  91.98 
 
 
324 aa  594  1e-169  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31690  Sigma54 -dependent activator protein  73.38 
 
 
309 aa  380  1e-104  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0327  sigma-54 factor, interaction region  70.38 
 
 
316 aa  372  1e-102  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.768789  normal  0.257375 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5166  sigma-54 dependent transcriptional regulator  69.03 
 
 
276 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.648773 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0299  putative sigma54 specific transcriptional regulator  69.23 
 
 
276 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0686936 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5217  sigma-54-binding protein  68.85 
 
 
316 aa  365  1e-100  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5073  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  68.66 
 
 
276 aa  366  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5223  putative sigma54 specific transcriptional regulator  69.08 
 
 
276 aa  367  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.6189  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0222  response regulator receiver domain-containing protein  68.85 
 
 
310 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.641426  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4342  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  65.17 
 
 
276 aa  331  9e-90  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0564  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  46.82 
 
 
391 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1567  sigma-54 factor, interaction region  53.28 
 
 
381 aa  272  6e-72  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0116194  hitchhiker  0.0000311693 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6136  putative sigma54 specific transcriptional regulator  55.38 
 
 
389 aa  264  1e-69  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0424882  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34150  putative transcriptional regulator  51.19 
 
 
361 aa  265  1e-69  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.093709  normal  0.232942 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2903  putative transcriptional regulator  51.19 
 
 
361 aa  261  8e-69  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3328  response regulator receiver protein  51.5 
 
 
352 aa  260  2e-68  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43900  Sigma54-dependent transcriptional activator protein  47.49 
 
 
367 aa  259  5.0000000000000005e-68  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6033  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  54.37 
 
 
376 aa  258  7e-68  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.516137  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7716  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.87 
 
 
366 aa  258  9e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.416499  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5803  putative sigma54 specific transcriptional regulator  54.66 
 
 
376 aa  256  4e-67  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3467  sigma-54 dependent transcriptional regulator, putative  53.82 
 
 
368 aa  256  5e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.154738  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3248  helix-turn-helix, Fis-type  53.82 
 
 
368 aa  255  7e-67  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.12684  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2612  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.63 
 
 
372 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2771  sigma-54 dependent transcriptional regulator  53.82 
 
 
367 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2982  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  53.82 
 
 
367 aa  251  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.165911  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0881  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50.17 
 
 
373 aa  251  2e-65  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.588109 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2908  putative transcriptional regulator  52.21 
 
 
376 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.259707  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34210  putative transcriptional regulator  52.21 
 
 
376 aa  249  5e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0247085  normal  0.0127418 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.82 
 
 
377 aa  249  5e-65  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.658574  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3993  putative sigma54 specific transcriptional regulator  51.39 
 
 
375 aa  248  8e-65  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.717934  normal  0.104831 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22350  sigma54-dependent activator protein  53.2 
 
 
343 aa  248  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0556  response regulator receiver protein  50.38 
 
 
367 aa  248  1e-64  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.154413  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5791  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
375 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6156  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  50 
 
 
375 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.164312  normal  0.688082 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6636  putative sigma54 specific transcriptional regulator  48.39 
 
 
375 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.992107 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2162  putative sigma54 specific transcriptional regulator  44.38 
 
 
366 aa  244  9.999999999999999e-64  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0332569  normal  0.224007 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3918  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  51 
 
 
367 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84668  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1993  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  47.44 
 
 
486 aa  211  2e-53  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0540  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.01 
 
 
445 aa  207  2e-52  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2853  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.99 
 
 
476 aa  206  6e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00285  DNA-binding transcriptional activator  44.98 
 
 
528 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00289  hypothetical protein  44.98 
 
 
528 aa  204  2e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0643  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.54 
 
 
478 aa  204  2e-51  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3294  Fis family proprionate catabolism activator  44.98 
 
 
528 aa  203  3e-51  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0361  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.98 
 
 
528 aa  202  4e-51  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.785854  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0401  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.98 
 
 
528 aa  203  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1248  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  44.44 
 
 
373 aa  203  4e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.81595 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0396  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.66 
 
 
528 aa  202  8e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3276  proprionate catabolism activator, Fis family  44.34 
 
 
528 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.59 
 
 
480 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0354  propionate catabolism operon regulatory protein PrpR  44.66 
 
 
528 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3903  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  42.19 
 
 
455 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000574971 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4836  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.72 
 
 
456 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  43.46 
 
 
453 aa  200  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1534  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.49 
 
 
463 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1472  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.55 
 
 
451 aa  199  5e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1461  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.5 
 
 
459 aa  199  6e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.402822  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1872  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.9 
 
 
459 aa  199  6e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.96 
 
 
449 aa  199  7e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3302  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.81 
 
 
472 aa  199  7.999999999999999e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.334689  normal  0.605218 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1696  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.72 
 
 
481 aa  198  7.999999999999999e-50  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.481364  normal  0.940549 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2274  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.49 
 
 
512 aa  198  9e-50  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1639  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  40.4 
 
 
473 aa  198  9e-50  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.701414  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3981  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  49.3 
 
 
433 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1016  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.46 
 
 
455 aa  198  1.0000000000000001e-49  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.963955  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.96 
 
 
480 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2245  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.02 
 
 
460 aa  198  1.0000000000000001e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1599  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.13 
 
 
457 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3450  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.58 
 
 
448 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0489  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.06 
 
 
473 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.170824 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3375  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.49 
 
 
461 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  47.58 
 
 
602 aa  196  3e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3819  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.77 
 
 
455 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.785821  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0812  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.97 
 
 
453 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0257022  hitchhiker  0.00000328811 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2180  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.5 
 
 
455 aa  196  4.0000000000000005e-49  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4272  two-component response regulator  43.27 
 
 
470 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.299925  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1276  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.5 
 
 
459 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  40.07 
 
 
451 aa  196  6e-49  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1016  two component Fis family transcriptional regulator  39.3 
 
 
490 aa  195  7e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0838008  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4389  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.33 
 
 
495 aa  196  7e-49  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.205713  normal  0.107293 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1270  Fis family transcriptional regulator  43.39 
 
 
464 aa  195  8.000000000000001e-49  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.912527  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3842  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.67 
 
 
459 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0615627  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  40.59 
 
 
453 aa  195  9e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.45 
 
 
478 aa  195  9e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.45 
 
 
478 aa  194  1e-48  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0595  helix-turn-helix, Fis-type  41.25 
 
 
459 aa  194  1e-48  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0300  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.05 
 
 
457 aa  194  1e-48  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0965  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  46.32 
 
 
466 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.605384  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4399  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  48.18 
 
 
484 aa  194  1e-48  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.400124  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0674  two-component response regulator CbrB  43.3 
 
 
453 aa  194  1e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0916838  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0236  sigma-54 transcriptional regulatory protein  45.41 
 
 
342 aa  194  2e-48  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.143809  normal  0.138456 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5055  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.44 
 
 
453 aa  194  2e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.39623  normal  0.545382 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2506  sensory box protein/sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.6 
 
 
564 aa  194  2e-48  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.92979  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0709  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.41 
 
 
342 aa  194  2e-48  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.821581  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5122  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  43.67 
 
 
454 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0127558 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0687  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.83 
 
 
459 aa  194  2e-48  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.120276  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50180  two-component response regulator  44.03 
 
 
473 aa  194  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.966541  hitchhiker  0.00555849 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2835  putative PAS/PAC sensor protein  38.93 
 
 
591 aa  193  3e-48  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  0.00000281177  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1364  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.38 
 
 
485 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>