More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_4126 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009656  PSPA7_6209  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  87.47 
 
 
399 aa  697    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0328  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  93.23 
 
 
399 aa  744    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.225321 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1981  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  81.95 
 
 
399 aa  667    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0053  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  81.95 
 
 
398 aa  665    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.085418 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0350  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  92.98 
 
 
399 aa  742    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0455  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  90.66 
 
 
399 aa  712    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0468  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  81.95 
 
 
399 aa  667    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5061  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  79.45 
 
 
399 aa  637    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0129321 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3227  alcohol dehydrogenase  80.56 
 
 
399 aa  635    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4718  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  90.73 
 
 
399 aa  717    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0826  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  82.21 
 
 
399 aa  668    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4824  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  80.4 
 
 
398 aa  662    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2104  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  82.21 
 
 
399 aa  668    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5202  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  93.73 
 
 
399 aa  744    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0670131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0564  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  79.4 
 
 
398 aa  652    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1870  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  81.7 
 
 
477 aa  647    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1589  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  79.45 
 
 
399 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152931  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3307  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  80.95 
 
 
399 aa  672    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3278  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  79.4 
 
 
398 aa  652    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4879  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  93.73 
 
 
399 aa  746    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.734833 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5027  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  79.65 
 
 
398 aa  652    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.441343  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4126  alcohol dehydrogenase  100 
 
 
399 aa  813    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0738  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  82.21 
 
 
399 aa  668    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4502  alcohol dehydrogenase  79.65 
 
 
398 aa  652    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71560  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  87.72 
 
 
399 aa  699    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1008  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  81.95 
 
 
399 aa  667    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.817957  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0712  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  81.95 
 
 
399 aa  667    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0351  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  92.98 
 
 
399 aa  742    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0853836  normal  0.45592 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3539  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  80.9 
 
 
398 aa  661    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.671185  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5090  alcohol dehydrogenase  79.4 
 
 
398 aa  652    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0197015  normal  0.843392 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5192  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  79.4 
 
 
398 aa  652    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.371518  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6435  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  74.55 
 
 
396 aa  586  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00150982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4487  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  74.55 
 
 
396 aa  585  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.321496  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0335  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  74.94 
 
 
395 aa  581  1.0000000000000001e-165  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0139  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  71.97 
 
 
395 aa  580  1e-164  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0995  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  70.89 
 
 
397 aa  574  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171586  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1186  alcohol dehydrogenase  74.37 
 
 
394 aa  564  1e-160  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4039  putative glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  70.15 
 
 
398 aa  559  1e-158  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4601  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  70.45 
 
 
396 aa  558  1e-158  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3453  formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  73.3 
 
 
396 aa  559  1e-158  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000209354  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3959  Formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  68.56 
 
 
410 aa  553  1e-156  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0139443  normal  0.927501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3740  hypothetical protein  67.16 
 
 
408 aa  544  1e-154  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.0188939 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4806  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  68.98 
 
 
409 aa  543  1e-153  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.510842  normal  0.975685 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4986  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  69.36 
 
 
406 aa  543  1e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3060  formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  70.3 
 
 
397 aa  541  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702018 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4421  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  68.07 
 
 
405 aa  537  1e-151  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.400614  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2920  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  67.65 
 
 
406 aa  535  1e-151  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.754967  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1013  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  65.52 
 
 
403 aa  530  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.424822 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0850  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  68.88 
 
 
397 aa  528  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0560  alcohol dehydrogenase  65.02 
 
 
403 aa  528  1e-149  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3691  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  66.01 
 
 
403 aa  501  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4302  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  65.43 
 
 
406 aa  494  9.999999999999999e-139  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.271716 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04320  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  53.15 
 
 
397 aa  400  9.999999999999999e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0111  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  45.84 
 
 
404 aa  348  8e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0147  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  45.9 
 
 
390 aa  288  2e-76  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1837  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.22 
 
 
389 aa  285  8e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.607752  normal  0.577621 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1474  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  43.8 
 
 
380 aa  283  4.0000000000000003e-75  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.228942  normal  0.246435 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09114  hypothetical protein  43.54 
 
 
400 aa  281  1e-74  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3025  putative alcohol dehydrogenase  45.89 
 
 
380 aa  281  2e-74  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4723  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.85 
 
 
387 aa  280  3e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.592653  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26960  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  45.36 
 
 
372 aa  280  3e-74  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537835  normal  0.314257 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0678  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.19 
 
 
388 aa  279  5e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2296  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  41.07 
 
 
379 aa  278  2e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3462  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  41.95 
 
 
382 aa  275  7e-73  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2410  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  43.01 
 
 
379 aa  268  1e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0561  alcohol dehydrogenase  41.26 
 
 
404 aa  266  2.9999999999999995e-70  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.324844  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06280  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  41.8 
 
 
384 aa  265  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0077  putative glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  43.5 
 
 
378 aa  264  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621151  hitchhiker  0.00187852 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2676  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  42.22 
 
 
379 aa  262  6.999999999999999e-69  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.976197  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1573  alcohol dehydrogenase  42.22 
 
 
377 aa  253  4.0000000000000004e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0483191 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3009  alcohol dehydrogenase  41.42 
 
 
379 aa  239  8e-62  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.479087  normal  0.692711 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0165  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  37.19 
 
 
389 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2449  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  38.21 
 
 
417 aa  202  9.999999999999999e-51  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.250445  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2149  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  35.68 
 
 
386 aa  196  4.0000000000000005e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.406335  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5345  alcohol dehydrogenase  35.16 
 
 
399 aa  193  4e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.501465  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3970  alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.41 
 
 
400 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.143776 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3683  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.41 
 
 
397 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0065  alcohol dehydrogenase  35.28 
 
 
386 aa  190  4e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.130136  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0122  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  36.07 
 
 
401 aa  190  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.566245 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5446  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.76 
 
 
392 aa  190  4e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.715601  normal  0.534231 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2429  alcohol dehydrogenase  36.27 
 
 
400 aa  189  7e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0410446  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3010  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  35.1 
 
 
398 aa  189  7e-47  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.609837  decreased coverage  0.000185041 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0322  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.61 
 
 
387 aa  189  8e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3112  Zn-dependent alcohol dehydrogenase  36.78 
 
 
388 aa  186  5e-46  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.152698  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0139  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.32 
 
 
401 aa  185  1.0000000000000001e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1352  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.75 
 
 
388 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2300  alcohol dehydrogenase  35.09 
 
 
388 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394357  hitchhiker  0.00000777829 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1875  glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  35.77 
 
 
411 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231387  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0573  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.5 
 
 
389 aa  183  5.0000000000000004e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0041  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.25 
 
 
405 aa  182  7e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2984  alcohol dehydrogenase  34.17 
 
 
400 aa  182  1e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.29856  normal  0.505288 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3527  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.67 
 
 
411 aa  181  2e-44  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129082  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1328  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.83 
 
 
390 aa  180  2.9999999999999997e-44  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975088  normal  0.273782 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4500  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.17 
 
 
392 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.658078  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2838  alcohol dehydrogenase, glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  32.38 
 
 
377 aa  179  8e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.409585  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4498  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.83 
 
 
389 aa  179  9e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36660  putative alcohol dehydrogenase (Zn-dependent)  33.84 
 
 
415 aa  179  1e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000975221  normal  0.705006 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0160  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.09 
 
 
392 aa  177  2e-43  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0764  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.33 
 
 
390 aa  177  2e-43  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.732281  normal  0.967769 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3114  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  32.11 
 
 
377 aa  178  2e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>