More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RSp0053 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_0350  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  81.2 
 
 
399 aa  636    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0328  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  81.45 
 
 
399 aa  638    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.225321 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0826  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.98 
 
 
399 aa  761    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4126  alcohol dehydrogenase  81.95 
 
 
399 aa  640    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0053  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  100 
 
 
398 aa  810    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.085418 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0468  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.73 
 
 
399 aa  759    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6209  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  81.95 
 
 
399 aa  640    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3539  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  93.22 
 
 
398 aa  759    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.671185  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1981  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.73 
 
 
399 aa  759    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5192  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  92.21 
 
 
398 aa  754    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.371518  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4824  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  94.47 
 
 
398 aa  776    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2104  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.73 
 
 
399 aa  760    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4879  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  82.46 
 
 
399 aa  645    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.734833 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5202  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  82.46 
 
 
399 aa  640    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0670131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0564  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  92.21 
 
 
398 aa  754    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1870  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.23 
 
 
477 aa  738    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0712  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.73 
 
 
399 aa  759    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0351  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  81.2 
 
 
399 aa  637    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0853836  normal  0.45592 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5027  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  92.21 
 
 
398 aa  754    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.441343  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1589  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  87.72 
 
 
399 aa  702    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152931  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1008  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.73 
 
 
399 aa  759    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.817957  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3278  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  92.21 
 
 
398 aa  754    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5061  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  87.22 
 
 
399 aa  699    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0129321 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0738  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  92.98 
 
 
399 aa  761    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4502  alcohol dehydrogenase  92.21 
 
 
398 aa  754    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71560  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  82.21 
 
 
399 aa  641    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3307  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  88.72 
 
 
399 aa  727    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5090  alcohol dehydrogenase  92.21 
 
 
398 aa  754    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0197015  normal  0.843392 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3227  alcohol dehydrogenase  79.8 
 
 
399 aa  629  1e-179  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4718  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  79.45 
 
 
399 aa  619  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0455  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  79.04 
 
 
399 aa  612  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6435  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  74.37 
 
 
396 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00150982 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4487  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  74.37 
 
 
396 aa  599  1e-170  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.321496  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0335  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  74.87 
 
 
395 aa  592  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0139  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  72.15 
 
 
395 aa  588  1e-167  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1186  alcohol dehydrogenase  75.06 
 
 
394 aa  585  1e-166  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4039  putative glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  71.68 
 
 
398 aa  580  1e-164  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4601  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  71.65 
 
 
396 aa  577  1.0000000000000001e-163  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3453  formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  73.48 
 
 
396 aa  575  1.0000000000000001e-163  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000209354  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0995  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  69.54 
 
 
397 aa  567  1e-160  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171586  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3959  Formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  68.73 
 
 
410 aa  558  1e-158  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0139443  normal  0.927501 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3740  hypothetical protein  68.8 
 
 
408 aa  556  1e-157  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.0188939 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2920  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  68.15 
 
 
406 aa  553  1e-156  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.754967  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1013  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  68.15 
 
 
403 aa  548  1e-155  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.424822 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4806  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  68.33 
 
 
409 aa  545  1e-154  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.510842  normal  0.975685 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3060  formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  69.85 
 
 
397 aa  547  1e-154  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702018 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0850  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  69.9 
 
 
397 aa  546  1e-154  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4986  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  68.8 
 
 
406 aa  543  1e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0560  alcohol dehydrogenase  66.67 
 
 
403 aa  536  1e-151  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4421  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  65.84 
 
 
405 aa  531  1e-150  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.400614  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4302  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  66.58 
 
 
406 aa  520  1e-146  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.271716 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3691  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  65.59 
 
 
403 aa  504  9.999999999999999e-143  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04320  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  55.05 
 
 
397 aa  421  1e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0111  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  45.34 
 
 
404 aa  357  1.9999999999999998e-97  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0147  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  46.39 
 
 
390 aa  302  8.000000000000001e-81  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3025  putative alcohol dehydrogenase  44.95 
 
 
380 aa  289  5.0000000000000004e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1837  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.44 
 
 
389 aa  288  2e-76  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.607752  normal  0.577621 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26960  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  44.19 
 
 
372 aa  285  9e-76  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537835  normal  0.314257 
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09114  hypothetical protein  42.71 
 
 
400 aa  281  1e-74  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1474  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  43.12 
 
 
380 aa  281  1e-74  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.228942  normal  0.246435 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0678  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  43.41 
 
 
388 aa  277  2e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4723  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.3 
 
 
387 aa  277  3e-73  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.592653  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2296  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  42.97 
 
 
379 aa  276  4e-73  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0561  alcohol dehydrogenase  41.09 
 
 
404 aa  273  3e-72  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.324844  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3462  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  40.48 
 
 
382 aa  269  8e-71  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2410  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  40.9 
 
 
379 aa  267  2.9999999999999995e-70  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06280  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  44.77 
 
 
384 aa  266  5.999999999999999e-70  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0077  putative glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  43.88 
 
 
378 aa  265  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621151  hitchhiker  0.00187852 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2676  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  39.34 
 
 
379 aa  259  5.0000000000000005e-68  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.976197  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1573  alcohol dehydrogenase  41.27 
 
 
377 aa  252  9.000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0483191 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3009  alcohol dehydrogenase  40.9 
 
 
379 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.479087  normal  0.692711 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3683  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.57 
 
 
397 aa  202  9e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5446  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.09 
 
 
392 aa  202  9.999999999999999e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.715601  normal  0.534231 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0065  alcohol dehydrogenase  35.49 
 
 
386 aa  202  9.999999999999999e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.130136  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0165  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  35.52 
 
 
389 aa  199  6e-50  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4500  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.32 
 
 
392 aa  197  2.0000000000000003e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.658078  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3010  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.69 
 
 
398 aa  197  3e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.609837  decreased coverage  0.000185041 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2449  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  37.02 
 
 
417 aa  197  4.0000000000000005e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.250445  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1352  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.09 
 
 
388 aa  195  9e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2838  alcohol dehydrogenase, glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  33.68 
 
 
377 aa  195  1e-48  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.409585  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0573  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.33 
 
 
389 aa  195  1e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0166  putative glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  34.58 
 
 
395 aa  195  1e-48  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912922  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3114  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  33.42 
 
 
377 aa  194  3e-48  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2912  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  33.42 
 
 
377 aa  192  6e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.549195  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3131  alcohol dehydrogenase  33.42 
 
 
377 aa  192  6e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2124  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  33.16 
 
 
377 aa  192  1e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.770168  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2881  alcohol dehydrogenase, glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  33.68 
 
 
377 aa  191  1e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.523818  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0041  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.05 
 
 
405 aa  192  1e-47  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0322  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.96 
 
 
387 aa  192  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3970  alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.01 
 
 
400 aa  191  2e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.143776 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3145  alcohol dehydrogenase, zinc-containing  33.42 
 
 
377 aa  191  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2149  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.47 
 
 
386 aa  191  2e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.406335  n/a   
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5345  alcohol dehydrogenase  33.98 
 
 
399 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.501465  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3133  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  33.42 
 
 
377 aa  191  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2482  putative zinc-containing dehydrogenase  34.58 
 
 
389 aa  190  4e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2300  alcohol dehydrogenase  35.51 
 
 
388 aa  190  4e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394357  hitchhiker  0.00000777829 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3155  oxidoreductase, zinc-binding dehydrogenase family  33.68 
 
 
377 aa  190  5e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.633298  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0122  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  34.66 
 
 
401 aa  189  5.999999999999999e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.566245 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4498  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.5 
 
 
389 aa  187  3e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1328  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.92 
 
 
390 aa  186  5e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.975088  normal  0.273782 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>