More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0328 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009439  Pmen_4126  alcohol dehydrogenase  93.23 
 
 
399 aa  744    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0328  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  100 
 
 
399 aa  816    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.225321 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0053  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase oxidoreductase protein  81.45 
 
 
398 aa  663    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.085418 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0738  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.7 
 
 
399 aa  660    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0455  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  87.15 
 
 
399 aa  695    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0468  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.45 
 
 
399 aa  659    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0712  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.45 
 
 
399 aa  659    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4718  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  86.97 
 
 
399 aa  700    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4824  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  79.4 
 
 
398 aa  659    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5192  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  78.39 
 
 
398 aa  647    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.371518  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0351  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  99.5 
 
 
399 aa  812    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0853836  normal  0.45592 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2104  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.45 
 
 
399 aa  659    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1008  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.45 
 
 
399 aa  659    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.817957  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5202  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  91.48 
 
 
399 aa  730    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0670131 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0564  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  78.39 
 
 
398 aa  647    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0826  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.7 
 
 
399 aa  660    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1870  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.7 
 
 
477 aa  640    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6209  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  86.47 
 
 
399 aa  687    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1589  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  78.2 
 
 
399 aa  636    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.152931  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1981  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  80.45 
 
 
399 aa  659    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.657316  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3278  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  78.39 
 
 
398 aa  647    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.240401  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4879  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  97.74 
 
 
399 aa  773    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.734833 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3307  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  78.95 
 
 
399 aa  664    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4502  alcohol dehydrogenase  78.64 
 
 
398 aa  647    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_71560  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  86.72 
 
 
399 aa  688    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3539  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  79.15 
 
 
398 aa  650    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.671185  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5090  alcohol dehydrogenase  78.39 
 
 
398 aa  647    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0197015  normal  0.843392 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5027  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  78.64 
 
 
398 aa  647    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.441343  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0350  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  99.75 
 
 
399 aa  813    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.383522 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3227  alcohol dehydrogenase  80.92 
 
 
399 aa  632  1e-180  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.315388 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5061  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  77.94 
 
 
399 aa  633  1e-180  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0129321 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4487  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  73.03 
 
 
396 aa  582  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.321496  normal 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6435  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  72.77 
 
 
396 aa  580  1e-164  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00150982 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0995  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  70.92 
 
 
397 aa  575  1.0000000000000001e-163  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.171586  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0335  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  72.43 
 
 
395 aa  572  1.0000000000000001e-162  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0139  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  70.89 
 
 
395 aa  569  1e-161  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4039  putative glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  70.23 
 
 
398 aa  563  1.0000000000000001e-159  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1186  alcohol dehydrogenase  73.12 
 
 
394 aa  563  1.0000000000000001e-159  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3959  Formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  69.73 
 
 
410 aa  558  1e-158  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0139443  normal  0.927501 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4601  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  69.62 
 
 
396 aa  550  1e-155  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4806  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  68.97 
 
 
409 aa  546  1e-154  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.510842  normal  0.975685 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3453  formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  70.89 
 
 
396 aa  547  1e-154  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  hitchhiker  0.000209354  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3060  formaldehyde dehydrogenase glutathione-independent  70.15 
 
 
397 aa  541  1e-153  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00702018 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3740  hypothetical protein  67.4 
 
 
408 aa  543  1e-153  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.180285  normal  0.0188939 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4986  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  69.36 
 
 
406 aa  541  1e-153  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2920  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  66.83 
 
 
406 aa  529  1e-149  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.754967  normal  0.420653 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0560  alcohol dehydrogenase  66.17 
 
 
403 aa  530  1e-149  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1013  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  66.92 
 
 
403 aa  530  1e-149  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.424822 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4421  formaldehyde dehydrogenase, glutathione- independent  66.58 
 
 
405 aa  525  1e-148  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.400614  normal  0.424332 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0850  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  67.86 
 
 
397 aa  521  1e-147  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3691  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  66.17 
 
 
403 aa  498  1e-140  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4302  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  66.26 
 
 
406 aa  500  1e-140  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.271716 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_04320  formaldehyde dehydrogenase, glutathione-independent  53.42 
 
 
397 aa  401  9.999999999999999e-111  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0111  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  45.23 
 
 
404 aa  350  3e-95  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0147  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  47.04 
 
 
390 aa  297  2e-79  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_26960  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  46.39 
 
 
372 aa  292  6e-78  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.537835  normal  0.314257 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1837  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.99 
 
 
389 aa  291  1e-77  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  0.607752  normal  0.577621 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1474  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.85 
 
 
380 aa  291  1e-77  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.228942  normal  0.246435 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_3025  putative alcohol dehydrogenase  46.42 
 
 
380 aa  289  6e-77  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0678  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.5 
 
 
388 aa  287  2e-76  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
BN001306  ANIA_09114  hypothetical protein  43.22 
 
 
400 aa  282  6.000000000000001e-75  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3462  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  41.95 
 
 
382 aa  281  1e-74  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013745  Htur_4723  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  44.7 
 
 
387 aa  280  2e-74  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  0.592653  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2296  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  41.07 
 
 
379 aa  280  3e-74  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06280  theronine dehydrogenase-like Zn-dependent dehydrogenase  42.86 
 
 
384 aa  273  3e-72  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0561  alcohol dehydrogenase  41.16 
 
 
404 aa  270  4e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.324844  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2410  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  41.42 
 
 
379 aa  264  2e-69  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0077  putative glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  42.97 
 
 
378 aa  263  4.999999999999999e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.621151  hitchhiker  0.00187852 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2676  glutathione-independent formaldehyde dehydrogenase  40.63 
 
 
379 aa  257  2e-67  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.976197  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1573  alcohol dehydrogenase  41.95 
 
 
377 aa  255  1.0000000000000001e-66  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0483191 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3009  alcohol dehydrogenase  40.37 
 
 
379 aa  238  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.479087  normal  0.692711 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2449  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  38.46 
 
 
417 aa  209  6e-53  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.250445  n/a   
 
 
-
 
NC_007412  Ava_C0165  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  36.52 
 
 
389 aa  203  6e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2149  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  35.86 
 
 
386 aa  198  1.0000000000000001e-49  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.406335  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0065  alcohol dehydrogenase  34.88 
 
 
386 aa  196  9e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.130136  normal  0.343389 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3010  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  35.1 
 
 
398 aa  194  3e-48  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.609837  decreased coverage  0.000185041 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5446  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.52 
 
 
392 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.715601  normal  0.534231 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3683  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.41 
 
 
397 aa  193  5e-48  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0322  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.1 
 
 
387 aa  192  1e-47  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0122  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.75 
 
 
401 aa  190  4e-47  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.566245 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3970  alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.26 
 
 
400 aa  189  9e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.143776 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2429  alcohol dehydrogenase  34.5 
 
 
400 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0410446  normal  0.763827 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0160  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33 
 
 
392 aa  187  3e-46  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5345  alcohol dehydrogenase  33.73 
 
 
399 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.501465  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0575  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35.01 
 
 
389 aa  184  3e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0041  alcohol dehydrogenase GroES-like protein  34.17 
 
 
405 aa  184  3e-45  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal  0.950338 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0573  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.5 
 
 
389 aa  183  4.0000000000000006e-45  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4500  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.51 
 
 
392 aa  183  5.0000000000000004e-45  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.658078  normal  0.320847 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0139  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  35 
 
 
401 aa  183  5.0000000000000004e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3112  Zn-dependent alcohol dehydrogenase  35.26 
 
 
388 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.152698  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2300  alcohol dehydrogenase  34.59 
 
 
388 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.394357  hitchhiker  0.00000777829 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4498  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.76 
 
 
389 aa  180  4e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.709145 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36660  putative alcohol dehydrogenase (Zn-dependent)  33.08 
 
 
415 aa  180  4e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000975221  normal  0.705006 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0166  putative glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  34.16 
 
 
395 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912922  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2984  alcohol dehydrogenase  33.67 
 
 
400 aa  179  5.999999999999999e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.29856  normal  0.505288 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1352  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  33.5 
 
 
388 aa  179  5.999999999999999e-44  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1875  glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  34.76 
 
 
411 aa  179  8e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.231387  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3527  zinc-containing alcohol dehydrogenase superfamily protein  34.01 
 
 
411 aa  177  3e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.129082  normal  0.366185 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2540  Alcohol dehydrogenase GroES domain protein  37.15 
 
 
384 aa  177  4e-43  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.14774  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2838  alcohol dehydrogenase, glutathione-dependent formaldehyde dehydrogenase  31.17 
 
 
377 aa  176  6e-43  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.409585  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>