More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_1675 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_0487  putative malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  72.2 
 
 		 610 aa  868    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.853743  normal  0.367436 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2314  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  74.67 
 
 		 612 aa  894    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.284269  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0714  TPP-requiring enzyme IolD  64.3 
 
 		 607 aa  770    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.83955  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3838  thiamine pyrophosphate protein central region  64.46 
 
 		 607 aa  784    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3284  acetolactate synthase  73.03 
 
 		 614 aa  903    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.787406  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3561  thiamine pyrophosphate protein central region  58.79 
 
 		 622 aa  680    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.238424 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1134  thiamine pyrophosphate protein central region  59.64 
 
 		 616 aa  689    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.474291 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0077  acetolactate synthase  66.61 
 
 		 607 aa  833    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7802  thiamine pyrophosphate protein central region  77.28 
 
 		 612 aa  961    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.821593  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0981  thiamine pyrophosphate protein central region  59.31 
 
 		 616 aa  684    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1675  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  100 
 
 		 609 aa  1244    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.915417 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0670  TPP-requiring enzyme IolD  64.3 
 
 		 607 aa  770    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4016  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  73.52 
 
 		 614 aa  907    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1595  thiamine pyrophosphate protein central region  53.48 
 
 		 620 aa  633  1e-180  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1601  thiamine pyrophosphate protein central region  54.68 
 
 		 649 aa  622  1e-177  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.392192  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1325  putative myo-inositol catabolism LolD protein  52.97 
 
 		 659 aa  622  1e-177  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0912  iolD protein  56.84 
 
 		 661 aa  616  1e-175  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2648  iolD protein  56.36 
 
 		 667 aa  615  1e-175  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.190604  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1676  iolD protein  56.96 
 
 		 646 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.479049  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1654  iolD protein  56.79 
 
 		 646 aa  613  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.72162  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1830  iolD protein  56.68 
 
 		 661 aa  614  9.999999999999999e-175  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.301996  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0725  iolD protein  57.12 
 
 		 646 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.165076  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1443  iolD protein  57.12 
 
 		 646 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0437  iolD protein  57.12 
 
 		 646 aa  615  9.999999999999999e-175  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2810  thiamine pyrophosphate protein central region  53.13 
 
 		 657 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.595591  normal  0.165764 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1239  putative acetolactate synthase protein  52.7 
 
 		 627 aa  597  1e-169  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3315  thiamine pyrophosphate protein central region  51.93 
 
 		 618 aa  590  1e-167  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1341  thiamine pyrophosphate protein central region  54.43 
 
 		 627 aa  590  1e-167  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2931  thiamine pyrophosphate protein central region  52.4 
 
 		 627 aa  582  1.0000000000000001e-165  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.224802 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1400  thiamine pyrophosphate protein central region  54.04 
 
 		 627 aa  583  1.0000000000000001e-165  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4566  acetolactate synthase  53.57 
 
 		 636 aa  582  1.0000000000000001e-165  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.958598  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0940  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  54.58 
 
 		 627 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0172702  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1422  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  54.58 
 
 		 627 aa  578  1e-164  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0066  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  52.77 
 
 		 627 aa  580  1e-164  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.354472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1302  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  54.26 
 
 		 627 aa  575  1.0000000000000001e-163  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1893  thiamine pyrophosphate protein central region  54.9 
 
 		 638 aa  577  1.0000000000000001e-163  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.259574 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1718  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  47.49 
 
 		 626 aa  537  1e-151  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4491  thiamine pyrophosphate protein central region  50.72 
 
 		 637 aa  536  1e-151  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0431429  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1695  thiamine pyrophosphate protein central region  47.52 
 
 		 624 aa  534  1e-150  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2599  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  45.37 
 
 		 649 aa  515  1e-144  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.443683  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0659  thiamine pyrophosphate protein central region  46.7 
 
 		 623 aa  509  1e-143  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.101601  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1524  thiamine pyrophosphate protein central region  44.68 
 
 		 623 aa  507  9.999999999999999e-143  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2834  thiamine pyrophosphate protein central region  44.35 
 
 		 613 aa  503  1e-141  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1800  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  46.07 
 
 		 626 aa  504  1e-141  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.749934 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3075  thiamine pyrophosphate protein central region  48.63 
 
 		 623 aa  499  1e-140  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.433048  normal  0.875201 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3608  thiamine pyrophosphate protein central region  43.92 
 
 		 669 aa  495  1e-139  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.908775  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2745  thiamine pyrophosphate protein central region  44.27 
 
 		 649 aa  493  9.999999999999999e-139  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5695  thiamine pyrophosphate protein central region  42.33 
 
 		 621 aa  490  1e-137  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.728148 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5566  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  46.13 
 
 		 612 aa  489  1e-137  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0302  myo-inositol catabolism protein  42.19 
 
 		 644 aa  488  1e-136  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3348  thiamine pyrophosphate enzyme, central region  45.66 
 
 		 622 aa  488  1e-136  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0194169  normal  0.142166 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0728  thiamine pyrophosphate protein central region  44.85 
 
 		 645 aa  486  1e-136  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.244688  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1621  hypothetical protein  42.81 
 
 		 623 aa  483  1e-135  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1616  hypothetical protein  42.83 
 
 		 623 aa  484  1e-135  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4019  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.46 
 
 		 649 aa  483  1e-135  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.14756 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2335  iolD protein  40.91 
 
 		 644 aa  479  1e-134  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.646914  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2298  malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  40.91 
 
 		 644 aa  479  1e-134  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2530  putative iolD protein  41.07 
 
 		 644 aa  480  1e-134  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000612889 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2254  myo-inositol catabolism protein, malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  41.54 
 
 		 644 aa  481  1e-134  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2514  acetolactate synthase IolD  40.91 
 
 		 644 aa  479  1e-134  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.868451  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4056  thiamine pyrophosphate protein central region  44.37 
 
 		 643 aa  478  1e-133  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5446  thiamine pyrophosphate protein central region  44.83 
 
 		 664 aa  476  1e-133  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.432939  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50100  myo-inositol catabolism protein IolD  43.08 
 
 		 645 aa  474  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.443282  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0939  thiamine pyrophosphate protein central region  41.83 
 
 		 660 aa  473  1e-132  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3121  thiamine pyrophosphate protein central region  44.8 
 
 		 652 aa  473  1e-132  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1420  thiamine pyrophosphate enzyme protein  45.78 
 
 		 623 aa  473  1e-132  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.406796  normal  0.238501 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0822  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  42.24 
 
 		 654 aa  475  1e-132  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.837061  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4539  thiamine pyrophosphate protein central region  43.54 
 
 		 637 aa  472  1e-132  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.366125  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3495  iolD protein  43.19 
 
 		 645 aa  469  1.0000000000000001e-131  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0154384  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1335  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  44.86 
 
 		 643 aa  471  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0084  myo-inositol catabolism protein IolD  40.25 
 
 		 639 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4714  probable malonic semialdehyde oxidative decarboxylase  42.93 
 
 		 646 aa  466  9.999999999999999e-131  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.163823  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3269  pyruvate decarboxylase:pyruvate decarboxylase  43.3 
 
 		 645 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.149274  normal  0.620007 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1578  myo-inositol catabolism protein  41.89 
 
 		 645 aa  459  9.999999999999999e-129  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.505237  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6846  thiamine pyrophosphate protein central region  46.1 
 
 		 616 aa  460  9.999999999999999e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.243842  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1269  thiamine pyrophosphate protein central region  45.38 
 
 		 621 aa  461  9.999999999999999e-129  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.710125 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3002  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding protein  44.67 
 
 		 643 aa  461  9.999999999999999e-129  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  57.75 
 
 		 924 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3048  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  44.11 
 
 		 648 aa  455  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4015  thiamine pyrophosphate protein central region  40.35 
 
 		 638 aa  454  1.0000000000000001e-126  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1876  thiamine pyrophosphate-dependent enzyme  43.49 
 
 		 648 aa  452  1.0000000000000001e-126  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00662616 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2976  thiamine pyrophosphate-dependent enzyme  43.49 
 
 		 648 aa  454  1.0000000000000001e-126  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3342  thiamine pyrophosphate protein domain protein TPP-binding  43.49 
 
 		 643 aa  441  9.999999999999999e-123  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.621165  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1369  thiamine pyrophosphate protein central region  42.06 
 
 		 644 aa  441  9.999999999999999e-123  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4659  thiamine pyrophosphate protein central region  40.31 
 
 		 646 aa  434  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0138  thiamine pyrophosphate protein central region  40.63 
 
 		 653 aa  423  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4209  thiamine pyrophosphate protein central region  39.37 
 
 		 624 aa  373  1e-102  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.423105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6968  thiamine pyrophosphate protein central region  29.79 
 
 		 595 aa  189  1e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_01970  acetolactate synthase, large subunit  28.28 
 
 		 622 aa  189  2e-46  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00241919  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1519  thiamine pyrophosphate enzyme-like TPP-binding  29.79 
 
 		 595 aa  189  2e-46  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6310  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  29.79 
 
 		 595 aa  189  2e-46  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.683934  normal  0.626612 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0325  thiamine pyrophosphate protein central region  29.57 
 
 		 576 aa  185  2.0000000000000003e-45  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.555432  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1092  thiamine pyrophosphate binding domain-containing protein  28.28 
 
 		 600 aa  185  2.0000000000000003e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1903  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  29.95 
 
 		 563 aa  181  4e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3347  acetolactate synthase, large subunit, biosynthetic type  25.78 
 
 		 561 aa  181  4e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.18132  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4046  thiamine pyrophosphate protein central region  29.27 
 
 		 587 aa  181  4.999999999999999e-44  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.26689  normal  0.848458 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4383  thiamine pyrophosphate protein central region  28.12 
 
 		 578 aa  179  1e-43  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  decreased coverage  0.00140196  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_05291  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  28.19 
 
 		 617 aa  178  3e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0526  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  26.99 
 
 		 587 aa  177  7e-43  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_05821  acetolactate synthase 3 catalytic subunit  27.3 
 
 		 587 aa  177  7e-43  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.449821  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>