80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_3382 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_3382  major facilitator transporter  100 
 
 		 398 aa  788    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03949  osmolarity sensor protein  59.95 
 
 		 392 aa  421  1e-116  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7075  major facilitator family transporter  28.99 
 
 		 370 aa  126  5e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.240881  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3689  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 395 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.890108  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0694  transporter, major facilitator family protein  24.11 
 
 		 393 aa  67  0.0000000006  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0838  major facilitator family transporter  23.83 
 
 		 397 aa  66.6  0.0000000007  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2123  major facilitator superfamily MFS_1  21.93 
 
 		 395 aa  62  0.00000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.226237  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1293  major facilitator superfamily MFS_1  23.82 
 
 		 407 aa  60.5  0.00000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.180985  normal  0.234354 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1115  major facilitator superfamily MFS_1  23.45 
 
 		 393 aa  60.5  0.00000006  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.948444  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2860  major facilitator transporter  27.6 
 
 		 398 aa  57  0.0000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.085124 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0680  major facilitator superfamily MFS_1  22.51 
 
 		 384 aa  57  0.0000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.668541  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2780  major facilitator superfamily MFS_1  28.03 
 
 		 395 aa  56.2  0.0000009  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1336  major facilitator transporter  25.66 
 
 		 404 aa  55.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0010  major facilitator transporter  24.16 
 
 		 376 aa  55.5  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000260757 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2115  major facilitator transporter  21.84 
 
 		 386 aa  55.5  0.000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2340  major facilitator superfamily MFS_1  22.28 
 
 		 417 aa  53.9  0.000005  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1662  major facilitator superfamily MFS_1  23.34 
 
 		 388 aa  53.1  0.000008  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0998  transporter, major facilitator family  25.92 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.207413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0872  major facilitator transporter  25.5 
 
 		 402 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2500  transporter, major facilitator family  25.63 
 
 		 402 aa  52.4  0.00001  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0917  major facilitator transporter  25.63 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2797  major facilitator superfamily MFS_1  25.63 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.354207  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00812  predicted transporter  25.63 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.490752  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00829  hypothetical protein  25.63 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.48628  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0907  major facilitator transporter  25.35 
 
 		 402 aa  51.6  0.00003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.379242  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3798  major facilitator transporter  22.93 
 
 		 412 aa  50.1  0.00007  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000146089 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1001  hypothetical protein  24.65 
 
 		 403 aa  49.7  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.705543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0904  inner membrane protein YbjJ  24.65 
 
 		 403 aa  49.7  0.00009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09450  major facilitator superfamily MFS_1  20.27 
 
 		 422 aa  49.3  0.0001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00253075  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2341  major facilitator superfamily MFS_1  23.21 
 
 		 390 aa  48.1  0.0002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1020  inner membrane protein YbjJ  24.36 
 
 		 403 aa  48.5  0.0002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241467  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0065  major facilitator family transporter  21.82 
 
 		 388 aa  48.1  0.0003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0309  major facilitator superfamily MFS_1  20.78 
 
 		 394 aa  47.8  0.0004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.265647  normal  0.0116051 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0068  transporter, putative  21.82 
 
 		 391 aa  47.4  0.0004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5069  major facilitator transporter  23.97 
 
 		 430 aa  47.4  0.0005  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0940  inner membrane protein YbjJ  24.36 
 
 		 403 aa  47  0.0005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  24.88 
 
 		 428 aa  47  0.0005  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1762  major facilitator superfamily (MFS)transporter  25.16 
 
 		 401 aa  47.4  0.0005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0112506  normal  0.0259533 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4043  general substrate transporter  26.85 
 
 		 452 aa  47.4  0.0005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3270  hypothetical protein  22.88 
 
 		 400 aa  47.4  0.0005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0972  inner membrane protein YbjJ  24.36 
 
 		 403 aa  47  0.0006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.929819  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1254  nitrate/nitrite transporter  28 
 
 		 424 aa  46.6  0.0007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0509  hypothetical protein  21.85 
 
 		 397 aa  46.6  0.0007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3279  hypothetical protein  22.88 
 
 		 400 aa  46.6  0.0008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763123  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3044  hypothetical protein  22.88 
 
 		 400 aa  46.6  0.0008  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00880496  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1817  major facilitator transporter  25.63 
 
 		 406 aa  46.6  0.0008  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  hitchhiker  0.00000443507  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2772  major facilitator superfamily MFS_1  24.37 
 
 		 429 aa  45.8  0.001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2797  major facilitator transporter  25 
 
 		 375 aa  46.2  0.001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.569839  normal  0.408376 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4009  major facilitator transporter  23.79 
 
 		 436 aa  46.2  0.001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.636189  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1829  General substrate transporter  25.5 
 
 		 480 aa  45.1  0.002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.392144  normal  0.18053 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1068  major facilitator transporter  21.51 
 
 		 395 aa  45.4  0.002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.355091 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0208  major facilitator transporter  23.69 
 
 		 400 aa  45.1  0.002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4593  hypothetical protein  19.39 
 
 		 394 aa  45.1  0.002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1875  hypothetical protein  21.16 
 
 		 397 aa  45.4  0.002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1157  EmrB/QacA family drug resistance transporter  27.71 
 
 		 504 aa  44.3  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.153598  normal  0.545064 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3702  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.73 
 
 		 509 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4666  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.73 
 
 		 509 aa  44.7  0.003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.481677  normal  0.435005 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0551  hypothetical protein  20.11 
 
 		 398 aa  44.7  0.003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0545  major facilitator superfamily MFS_1  29.01 
 
 		 399 aa  44.3  0.004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.161827 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2498  major facilitator transporter  25.31 
 
 		 435 aa  44.3  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.761213  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5634  EmrB/QacA family drug resistance transporter  23.73 
 
 		 504 aa  44.3  0.004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.327669 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0419  major facilitator transporter  21.43 
 
 		 394 aa  44.3  0.004  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.664236  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2681  general substrate transporter  25.5 
 
 		 438 aa  43.9  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.31051 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0829  major facilitator transporter  26.56 
 
 		 407 aa  43.9  0.005  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.260896  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01910  transport transmembrane protein  23.34 
 
 		 418 aa  43.5  0.006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.0394187 
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0066  major facilitator superfamily permease  22.13 
 
 		 401 aa  43.5  0.006  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.110022  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0534  major facilitator transporter  22.84 
 
 		 391 aa  43.5  0.007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.479778 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0085  putative metabolite transport protein YaaU  26.17 
 
 		 468 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0088  putative metabolite transport protein YaaU  26.17 
 
 		 468 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0089  putative metabolite transport protein YaaU  26.17 
 
 		 468 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.343682  normal  0.458255 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0086  putative metabolite transport protein YaaU  26.17 
 
 		 468 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.509383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1310  major facilitator transporter  27.91 
 
 		 401 aa  43.5  0.007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0992483  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0085  putative metabolite transport protein YaaU  26.17 
 
 		 468 aa  43.5  0.007  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2963  major facilitator superfamily MFS_1  23.12 
 
 		 421 aa  43.1  0.008  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000121972  normal  0.284618 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1860  major facilitator superfamily MFS_1  23.71 
 
 		 385 aa  43.1  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3234  general substrate transporter  24.83 
 
 		 445 aa  43.1  0.009  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1383  major facilitator transporter  27.17 
 
 		 401 aa  43.1  0.009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04815  permease  21.27 
 
 		 431 aa  43.1  0.009  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0914  major facilitator transporter  23.58 
 
 		 396 aa  42.7  0.01  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0293  major facilitator superfamily MFS_1  29.08 
 
 		 710 aa  42.7  0.01  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.189593  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>