More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3689 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009832  Spro_3930  monosaccharide-transporting ATPase  89.3 
 
 		 360 aa  647    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.612132  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3886  inner-membrane translocator  98.4 
 
 		 376 aa  743    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3689  inner-membrane translocator  100 
 
 		 376 aa  750    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0764  ribose ABC transporter, permease  79.42 
 
 		 349 aa  523  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.228645  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3344  inner-membrane translocator  60.56 
 
 		 363 aa  413  1e-114  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2712  inner-membrane translocator  57.81 
 
 		 362 aa  409  1e-113  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4515  Monosaccharide-transporting ATPase  60.66 
 
 		 346 aa  402  1e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00130543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5041  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  57.22 
 
 		 352 aa  400  9.999999999999999e-111  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6410  inner-membrane translocator  60.06 
 
 		 346 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000000197566  normal  0.503091 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1594  monosaccharide-transporting ATPase  56.55 
 
 		 354 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.723616  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0808  inner-membrane translocator  36.93 
 
 		 353 aa  188  1e-46  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.308747  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1812  inner-membrane translocator  36.25 
 
 		 344 aa  171  2e-41  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0354893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3219  monosaccharide-transporting ATPase  33.13 
 
 		 331 aa  159  7e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0680  inner-membrane translocator  37.25 
 
 		 343 aa  156  5.0000000000000005e-37  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0101  inner-membrane translocator  36.59 
 
 		 342 aa  155  1e-36  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.832216  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2521  monosaccharide-transporting ATPase  33.02 
 
 		 331 aa  153  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2424  ribose ABC transporter, permease protein  33.02 
 
 		 331 aa  153  5.9999999999999996e-36  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3078  ribose ABC transporter permease  33.02 
 
 		 331 aa  153  5.9999999999999996e-36  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2344  inner-membrane translocator  33.67 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0936841  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  32.89 
 
 		 317 aa  137  2e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1136  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 331 aa  133  5e-30  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2416  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 335 aa  133  6e-30  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1661  inner-membrane translocator  32.32 
 
 		 331 aa  132  9e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00394287  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2339  inner-membrane translocator  35.19 
 
 		 341 aa  129  6e-29  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138167  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1932  inner-membrane translocator  32.01 
 
 		 331 aa  129  7.000000000000001e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0640579  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0638  monosaccharide-transporting ATPase  26.71 
 
 		 332 aa  129  1.0000000000000001e-28  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0715262  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  28.71 
 
 		 314 aa  127  3e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0518  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  31.61 
 
 		 336 aa  126  5e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  32.49 
 
 		 348 aa  125  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2316  inner-membrane translocator  31.71 
 
 		 331 aa  124  2e-27  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00754552  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  30.77 
 
 		 333 aa  124  2e-27  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3204  inner-membrane translocator  29.58 
 
 		 348 aa  123  4e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000146759  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1738  inner-membrane translocator  27.02 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2578  ABC transporter permease  30.56 
 
 		 343 aa  120  4.9999999999999996e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.127654 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3622  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 334 aa  119  9.999999999999999e-26  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0843  Monosaccharide-transporting ATPase  27.16 
 
 		 336 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6561  Monosaccharide-transporting ATPase  29.35 
 
 		 352 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5160  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  27.81 
 
 		 348 aa  118  1.9999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  29.69 
 
 		 345 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  33 
 
 		 343 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4599  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 340 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.033778 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2404  inner-membrane translocator  31.45 
 
 		 315 aa  117  3.9999999999999997e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.72307 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0184  inner-membrane translocator  30.74 
 
 		 326 aa  117  3.9999999999999997e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  28.05 
 
 		 835 aa  117  5e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  29.69 
 
 		 345 aa  116  5e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  28.96 
 
 		 345 aa  115  8.999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  29.06 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  29.06 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0406  inner-membrane translocator  27.35 
 
 		 361 aa  115  1.0000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0907  methylthioribose transport system permease protein  26.35 
 
 		 329 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3593  monosaccharide-transporting ATPase  29.77 
 
 		 329 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0780  inner-membrane translocator  30.5 
 
 		 328 aa  114  2.0000000000000002e-24  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.219344  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  29.33 
 
 		 312 aa  114  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4336  Monosaccharide-transporting ATPase  28.82 
 
 		 340 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  28.32 
 
 		 345 aa  114  3e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  31.18 
 
 		 341 aa  114  3e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  30.1 
 
 		 314 aa  114  3e-24  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  31.33 
 
 		 322 aa  114  3e-24  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2782  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2826  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.700859  normal  0.0291669 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2809  inner-membrane translocator  32.59 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.0829098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3785  monosaccharide-transporting ATPase  31.13 
 
 		 337 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0107495 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3092  inner-membrane translocator  32 
 
 		 325 aa  113  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.281303  normal  0.348975 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7025  monosaccharide-transporting ATPase  30.69 
 
 		 335 aa  113  5e-24  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.560665  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  30.9 
 
 		 347 aa  113  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2302  inner-membrane translocator  30.69 
 
 		 327 aa  113  7.000000000000001e-24  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0887388 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2809  monosaccharide-transporting ATPase  30.53 
 
 		 337 aa  112  8.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  31.88 
 
 		 336 aa  112  8.000000000000001e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  27.94 
 
 		 346 aa  112  9e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  29.52 
 
 		 306 aa  112  9e-24  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  28.39 
 
 		 310 aa  112  9e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3353  inner-membrane translocator  29.62 
 
 		 319 aa  112  1.0000000000000001e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2034  Monosaccharide-transporting ATPase  33.96 
 
 		 326 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0584323  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0362  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 383 aa  112  1.0000000000000001e-23  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4121  inner-membrane translocator  28.48 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.49492  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  30.36 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  28.57 
 
 		 328 aa  111  2.0000000000000002e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1902  inner-membrane translocator  29.08 
 
 		 319 aa  112  2.0000000000000002e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0227487  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  30.61 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1602  monosaccharide-transporting ATPase  32.96 
 
 		 315 aa  111  2.0000000000000002e-23  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  31.84 
 
 		 327 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0610  inner-membrane translocator  31.12 
 
 		 358 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3727  Monosaccharide-transporting ATPase  35.57 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.587944  normal  0.0169743 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0886  ABC sugar transporter, inner-membrane subunit  30.13 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0350071  normal  0.652921 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  28.03 
 
 		 331 aa  111  3e-23  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3549  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4580  Monosaccharide-transporting ATPase  29.24 
 
 		 328 aa  110  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000124272  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4818  inner-membrane translocator  30.13 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.414014  normal  0.232318 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  28.06 
 
 		 310 aa  110  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  31.08 
 
 		 322 aa  110  3e-23  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5465  monosaccharide-transporting ATPase  30.13 
 
 		 337 aa  110  3e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.050328 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  29.51 
 
 		 341 aa  110  5e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  28.57 
 
 		 324 aa  110  5e-23  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  31.82 
 
 		 324 aa  110  5e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0502  monosaccharide-transporting ATPase  29.8 
 
 		 333 aa  109  6e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475125 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4722  monosaccharide-transporting ATPase  29.8 
 
 		 335 aa  109  7.000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.278194 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2604  inner-membrane translocator  28.96 
 
 		 317 aa  109  7.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.104291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0539  inner-membrane translocator  29.11 
 
 		 322 aa  109  7.000000000000001e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  29.32 
 
 		 309 aa  109  9.000000000000001e-23  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3234  Monosaccharide-transporting ATPase  30.26 
 
 		 335 aa  108  1e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197254  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>