More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_0518 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009952  Dshi_0518  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  100 
 
 		 336 aa  651    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4829  monosaccharide-transporting ATPase  72.84 
 
 		 350 aa  408  1e-113  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.333898  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5887  monosaccharide-transporting ATPase  74.07 
 
 		 348 aa  398  9.999999999999999e-111  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0742654  normal  0.67986 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2339  inner-membrane translocator  60.49 
 
 		 341 aa  322  4e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138167  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5160  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  54.01 
 
 		 348 aa  310  2.9999999999999997e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6561  Monosaccharide-transporting ATPase  54.29 
 
 		 352 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1257  inner-membrane translocator  54.27 
 
 		 353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6575  inner-membrane translocator  54.27 
 
 		 353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.425022  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6180  monosaccharide-transporting ATPase  54.27 
 
 		 353 aa  283  4.0000000000000003e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.282099 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2578  ABC transporter permease  53.35 
 
 		 343 aa  281  8.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.127654 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6146  inner-membrane translocator  54.78 
 
 		 349 aa  281  1e-74  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.226395  hitchhiker  0.00489124 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0638  monosaccharide-transporting ATPase  43.79 
 
 		 332 aa  264  2e-69  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0715262  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1738  inner-membrane translocator  42.55 
 
 		 337 aa  252  6e-66  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0907  methylthioribose transport system permease protein  40.81 
 
 		 329 aa  247  2e-64  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0406  inner-membrane translocator  42.68 
 
 		 361 aa  236  3e-61  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0663  monosaccharide-transporting ATPase  40.5 
 
 		 331 aa  233  4.0000000000000004e-60  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0843  Monosaccharide-transporting ATPase  42.37 
 
 		 336 aa  233  5e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0659  ribose ABC transporter, permease  40.5 
 
 		 329 aa  232  8.000000000000001e-60  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.717922  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3219  monosaccharide-transporting ATPase  40.85 
 
 		 331 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2521  monosaccharide-transporting ATPase  39.51 
 
 		 331 aa  226  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3078  ribose ABC transporter permease  39.51 
 
 		 331 aa  226  6e-58  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2424  ribose ABC transporter, permease protein  39.51 
 
 		 331 aa  226  6e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1136  inner-membrane translocator  40.85 
 
 		 331 aa  214  1.9999999999999998e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2416  inner-membrane translocator  40.18 
 
 		 335 aa  204  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1661  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00394287  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2316  inner-membrane translocator  40.56 
 
 		 331 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00754552  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1932  inner-membrane translocator  39.94 
 
 		 331 aa  197  3e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0640579  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  31.33 
 
 		 346 aa  150  3e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  33.55 
 
 		 310 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  33.73 
 
 		 334 aa  145  1e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  32.72 
 
 		 310 aa  145  1e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  32.42 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  32.13 
 
 		 343 aa  142  6e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  33.56 
 
 		 345 aa  142  9.999999999999999e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2914  monosaccharide-transporting ATPase  32.82 
 
 		 346 aa  140  1.9999999999999998e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.366692  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 306 aa  141  1.9999999999999998e-32  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2971  ribose ABC transporter, permease protein  32.23 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1872  sugar transport system permease  32.23 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00854988 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3043  monosaccharide-transporting ATPase  32.23 
 
 		 342 aa  139  4.999999999999999e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  34.36 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1962  monosaccharide-transporting ATPase  34.36 
 
 		 353 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0698409  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  34.36 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  34.36 
 
 		 330 aa  139  6e-32  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  32.42 
 
 		 835 aa  139  8.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5320  inner-membrane translocator  32.81 
 
 		 350 aa  139  8.999999999999999e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.306475  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0859  ribose ABC transporter, permease protein  32.82 
 
 		 346 aa  139  1e-31  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.479908  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  33.67 
 
 		 341 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  29.97 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1852  ribose ABC transporter, permease protein  34.05 
 
 		 353 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  33.64 
 
 		 315 aa  138  2e-31  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  32.54 
 
 		 345 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0362  inner-membrane translocator  32.62 
 
 		 383 aa  137  3.0000000000000003e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  35.11 
 
 		 324 aa  136  4e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2513  inner-membrane translocator  30.91 
 
 		 328 aa  136  5e-31  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.587124  normal  0.279488 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  31.64 
 
 		 345 aa  135  8e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  32.25 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  32.25 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  32.25 
 
 		 345 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  33.54 
 
 		 325 aa  135  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5319  inner-membrane translocator  31.47 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  34.28 
 
 		 333 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  32.89 
 
 		 312 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  30 
 
 		 342 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  30 
 
 		 334 aa  134  1.9999999999999998e-30  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  31.21 
 
 		 341 aa  134  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  29.62 
 
 		 342 aa  134  3e-30  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  31.38 
 
 		 347 aa  134  3e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  34.84 
 
 		 322 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  33.97 
 
 		 320 aa  133  3.9999999999999996e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  32.84 
 
 		 345 aa  133  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  33.68 
 
 		 327 aa  133  5e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0769  ribose transport system permease  30.84 
 
 		 342 aa  132  7.999999999999999e-30  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.00219185  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  32.06 
 
 		 328 aa  132  1.0000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  33.33 
 
 		 327 aa  131  1.0000000000000001e-29  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  35.92 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  31.15 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  29.29 
 
 		 331 aa  131  2.0000000000000002e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1087  inner-membrane translocator  31.72 
 
 		 339 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.10708 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4599  inner-membrane translocator  31 
 
 		 340 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.033778 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7808  inner-membrane translocator  32 
 
 		 344 aa  130  3e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695038  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3061  monosaccharide-transporting ATPase  33.54 
 
 		 355 aa  130  4.0000000000000003e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1874  monosaccharide-transporting ATPase  28.74 
 
 		 354 aa  130  4.0000000000000003e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.273612  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  33.33 
 
 		 323 aa  130  4.0000000000000003e-29  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  31.86 
 
 		 328 aa  130  5.0000000000000004e-29  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  33.01 
 
 		 327 aa  130  5.0000000000000004e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5041  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  31.83 
 
 		 352 aa  129  6e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1349  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  31.21 
 
 		 341 aa  129  6e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  31.58 
 
 		 331 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2809  monosaccharide-transporting ATPase  32.18 
 
 		 337 aa  129  6e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  32.24 
 
 		 309 aa  129  7.000000000000001e-29  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4336  Monosaccharide-transporting ATPase  31 
 
 		 340 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.895812  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  29.93 
 
 		 338 aa  129  9.000000000000001e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2077  inner-membrane translocator  32.92 
 
 		 333 aa  128  1.0000000000000001e-28  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00110578 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  32.89 
 
 		 322 aa  128  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  31.82 
 
 		 322 aa  129  1.0000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  31.07 
 
 		 310 aa  128  2.0000000000000002e-28  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  32 
 
 		 333 aa  127  2.0000000000000002e-28  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2721  inner-membrane translocator  32.93 
 
 		 332 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  31.61 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>