More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_3488 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  100 
 
 		 341 aa  660    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3263  inner-membrane translocator  97.36 
 
 		 341 aa  620  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50300  ABC transporter permease  86.14 
 
 		 343 aa  559  1e-158  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4182  inner-membrane translocator  67.16 
 
 		 341 aa  445  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3854  Monosaccharide-transporting ATPase  67.74 
 
 		 341 aa  444  1.0000000000000001e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.297382 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4266  monosaccharide-transporting ATPase  70.37 
 
 		 341 aa  424  1e-117  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.525278  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2928  monosaccharide-transporting ATPase  65.55 
 
 		 351 aa  415  9.999999999999999e-116  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.110864  normal  0.21378 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1963  monosaccharide-transporting ATPase  67.54 
 
 		 342 aa  414  1e-114  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0528272 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1243  sugar transmembrane ABC transporter protein  68.13 
 
 		 341 aa  408  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.269264  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2822  monosaccharide-transporting ATPase  67.16 
 
 		 338 aa  408  1e-113  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7808  inner-membrane translocator  66.57 
 
 		 344 aa  404  1.0000000000000001e-112  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.695038  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4570  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  66.67 
 
 		 341 aa  402  1e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0055  inner-membrane translocator  63.22 
 
 		 363 aa  401  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3311  monosaccharide-transporting ATPase  64.92 
 
 		 341 aa  401  1e-111  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1345  monosaccharide-transporting ATPase  66.36 
 
 		 341 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0944  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 341 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.705108  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1404  monosaccharide-transporting ATPase  66.67 
 
 		 341 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.952292  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1306  inner-membrane translocator  66.36 
 
 		 341 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1426  inner-membrane translocator  66.67 
 
 		 341 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.370594  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1889  monosaccharide-transporting ATPase  66.36 
 
 		 341 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.94083  normal  0.398582 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1682  inner-membrane translocator  62.06 
 
 		 336 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0233719  normal  0.330784 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4009  inner-membrane translocator  53.23 
 
 		 336 aa  289  4e-77  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0911  ribose ABC transporter, permease protein  43.45 
 
 		 342 aa  255  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0965  monosaccharide-transporting ATPase  43.45 
 
 		 342 aa  256  6e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3880  sugar transport system permease  43.45 
 
 		 334 aa  255  6e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.0490565 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  48.81 
 
 		 338 aa  241  1e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1631  ribose ABC transporter, permease protein  43.36 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1575  ribose ABC transporter, permease protein  43.36 
 
 		 334 aa  236  3e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.136542  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4066  monosaccharide-transporting ATPase  44.08 
 
 		 334 aa  235  8e-61  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0158179  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1579  sugar ABC transporter permease  48.12 
 
 		 318 aa  235  9e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.827046  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1398  inner-membrane translocator  48.3 
 
 		 334 aa  232  8.000000000000001e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.00127371  normal  0.617276 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  47.28 
 
 		 310 aa  228  9e-59  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  46.6 
 
 		 310 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1792  sugar ABC transporter, permease protein  46.6 
 
 		 835 aa  224  2e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22090  inner-membrane translocator  45.42 
 
 		 308 aa  222  6e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  42.25 
 
 		 320 aa  220  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2570  inner-membrane translocator  45.16 
 
 		 325 aa  219  3.9999999999999997e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  41.85 
 
 		 312 aa  214  9.999999999999999e-55  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  38.89 
 
 		 346 aa  213  4.9999999999999996e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  39.08 
 
 		 345 aa  212  9e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  43.33 
 
 		 324 aa  209  6e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  43.73 
 
 		 331 aa  208  8e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  45.77 
 
 		 322 aa  208  1e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2045  inner-membrane translocator  41.25 
 
 		 342 aa  207  2e-52  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.459231 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 309 aa  206  3e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  46.08 
 
 		 328 aa  206  3e-52  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1550  beta-methylgalactoside transporter inner membrane component  38.6 
 
 		 342 aa  206  5e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1343  beta-methylgalactoside transporter inner membrane component  41.96 
 
 		 342 aa  205  8e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.854381  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0412  Monosaccharide-transporting ATPase  40.07 
 
 		 328 aa  203  3e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00266655  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  42.71 
 
 		 330 aa  202  5e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  42.71 
 
 		 330 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  42.71 
 
 		 330 aa  202  5e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2998  inner-membrane translocator  38.28 
 
 		 343 aa  202  6e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  44.48 
 
 		 311 aa  202  7e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  41.3 
 
 		 314 aa  202  7e-51  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  44.44 
 
 		 345 aa  202  8e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  44.13 
 
 		 311 aa  202  9e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  43.77 
 
 		 311 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  40.3 
 
 		 350 aa  201  9.999999999999999e-51  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1339  inner-membrane translocator  37.87 
 
 		 343 aa  201  9.999999999999999e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.698639  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  43.77 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  43.77 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  43.77 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1704  inner-membrane translocator  39.21 
 
 		 330 aa  201  1.9999999999999998e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.851457  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0148  Monosaccharide-transporting ATPase  43.64 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1458  Monosaccharide-transporting ATPase  41.82 
 
 		 333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0717887 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  43.77 
 
 		 311 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0288  inner-membrane translocator  41.16 
 
 		 331 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.247958 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  43.77 
 
 		 311 aa  200  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  43.42 
 
 		 311 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0799  beta-methylgalactoside transporter inner membrane component  39.74 
 
 		 334 aa  200  3.9999999999999996e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  44.3 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1400  D-ribose transport system permease protein  43.57 
 
 		 327 aa  199  7e-50  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.151364 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  43.06 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  43.06 
 
 		 311 aa  198  9e-50  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  41.54 
 
 		 336 aa  198  9e-50  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0502  monosaccharide-transporting ATPase  45.13 
 
 		 333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475125 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  42.14 
 
 		 310 aa  197  3e-49  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  41.16 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3217  ribose transport system permease protein RbsC  40.54 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.961558  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  42.76 
 
 		 336 aa  196  5.000000000000001e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0872  Monosaccharide-transporting ATPase  44.11 
 
 		 327 aa  196  6e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.320863  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  43.75 
 
 		 323 aa  196  6e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3234  Monosaccharide-transporting ATPase  44.16 
 
 		 335 aa  195  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  41.64 
 
 		 317 aa  195  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1030  monosaccharide-transporting ATPase  39.34 
 
 		 341 aa  193  3e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.608545 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3165  Monosaccharide-transporting ATPase  45.52 
 
 		 310 aa  193  4e-48  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  38.01 
 
 		 306 aa  192  6e-48  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  42.09 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11050  monosaccharide ABC transporter membrane protein  40.07 
 
 		 358 aa  191  2e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2971  ribose ABC transporter, permease protein  42.48 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3043  monosaccharide-transporting ATPase  42.48 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.782139  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 324 aa  191  2e-47  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1872  sugar transport system permease  42.48 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00854988 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  41.89 
 
 		 322 aa  191  2e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  44.41 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  44.59 
 
 		 348 aa  189  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0945  beta-methylgalactoside transporter inner membrane component  37.34 
 
 		 337 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  43.54 
 
 		 322 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1273  inner-membrane translocator  40.58 
 
 		 308 aa  189  7e-47  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.485087  normal  0.949472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>