More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_3344 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_3344  inner-membrane translocator  100 
 
 		 363 aa  706    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.666045  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2712  inner-membrane translocator  85.56 
 
 		 362 aa  610  1e-173  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.216754 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4515  Monosaccharide-transporting ATPase  70.55 
 
 		 346 aa  475  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  decreased coverage  0.00130543  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6410  inner-membrane translocator  69.97 
 
 		 346 aa  476  1e-133  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  decreased coverage  0.0000000197566  normal  0.503091 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5041  ABC transporter membrane spanning protein (sugar)  67.42 
 
 		 352 aa  473  1e-132  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3886  inner-membrane translocator  59.44 
 
 		 376 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3930  monosaccharide-transporting ATPase  61.96 
 
 		 360 aa  404  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.612132  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3689  inner-membrane translocator  60.56 
 
 		 376 aa  388  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0764  ribose ABC transporter, permease  59.54 
 
 		 349 aa  387  1e-106  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.228645  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1594  monosaccharide-transporting ATPase  64.52 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.723616  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0808  inner-membrane translocator  38.46 
 
 		 353 aa  201  9.999999999999999e-51  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.308747  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1812  inner-membrane translocator  38.18 
 
 		 344 aa  173  5e-42  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0354893  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0101  inner-membrane translocator  37.37 
 
 		 342 aa  149  7e-35  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.832216  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2344  inner-membrane translocator  34.01 
 
 		 352 aa  149  9e-35  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0936841  normal  0.0828736 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0680  inner-membrane translocator  32.84 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  32.21 
 
 		 317 aa  135  9.999999999999999e-31  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2404  inner-membrane translocator  35.69 
 
 		 315 aa  133  5e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.72307 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3219  monosaccharide-transporting ATPase  30.77 
 
 		 331 aa  133  6e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  33.68 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  33.68 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  33.68 
 
 		 330 aa  131  2.0000000000000002e-29  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  32.07 
 
 		 312 aa  129  1.0000000000000001e-28  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  31.93 
 
 		 326 aa  127  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3130  inner-membrane translocator  31.41 
 
 		 333 aa  127  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0780017  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  31.32 
 
 		 324 aa  126  6e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  30.75 
 
 		 345 aa  126  6e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  33.58 
 
 		 309 aa  125  8.000000000000001e-28  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0907  methylthioribose transport system permease protein  28.3 
 
 		 329 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4135  inner-membrane translocator  32.3 
 
 		 321 aa  124  2e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011881  Achl_4607  Monosaccharide-transporting ATPase  31.58 
 
 		 348 aa  124  2e-27  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7025  monosaccharide-transporting ATPase  31.25 
 
 		 335 aa  124  3e-27  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.560665  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3353  inner-membrane translocator  33 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2424  ribose ABC transporter, permease protein  30.12 
 
 		 331 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2521  monosaccharide-transporting ATPase  30.12 
 
 		 331 aa  123  5e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3078  ribose ABC transporter permease  30.12 
 
 		 331 aa  123  5e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1643  inner-membrane translocator  32.51 
 
 		 320 aa  122  7e-27  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.00000000313624  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0638  monosaccharide-transporting ATPase  26.81 
 
 		 332 aa  122  7e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0715262  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0033  sugar ABC transporter, permease  29.32 
 
 		 316 aa  122  8e-27  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.696552  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1738  inner-membrane translocator  28.81 
 
 		 337 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2604  inner-membrane translocator  31.25 
 
 		 317 aa  121  1.9999999999999998e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.104291  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4580  Monosaccharide-transporting ATPase  29.5 
 
 		 328 aa  120  3e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.000124272  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2302  inner-membrane translocator  30.53 
 
 		 327 aa  120  3e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.0887388 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  33.07 
 
 		 314 aa  120  4.9999999999999996e-26  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0712  inner-membrane translocator  35.04 
 
 		 310 aa  119  6e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0709957  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  33.46 
 
 		 323 aa  119  9e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1131  monosaccharide-transporting ATPase  32.83 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2698  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.83 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4121  inner-membrane translocator  32.17 
 
 		 328 aa  118  9.999999999999999e-26  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.49492  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2699  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.52 
 
 		 332 aa  117  1.9999999999999998e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3234  Monosaccharide-transporting ATPase  30.47 
 
 		 335 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.197254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3779  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.52 
 
 		 332 aa  117  3.9999999999999997e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02438  predicted sugar transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  32.83 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1122  Monosaccharide-transporting ATPase  32.83 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02402  hypothetical protein  32.83 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0184  inner-membrane translocator  31.44 
 
 		 326 aa  116  5e-25  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2831  putative sugar ABC transporter, permease protein  32.83 
 
 		 332 aa  116  5e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6344  monosaccharide-transporting ATPase  32.45 
 
 		 343 aa  116  5e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0383311  normal  0.17282 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  33.6 
 
 		 322 aa  116  6e-25  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7366  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  32.7 
 
 		 325 aa  115  8.999999999999998e-25  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0539  inner-membrane translocator  29.72 
 
 		 322 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  32.48 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1602  monosaccharide-transporting ATPase  30.95 
 
 		 315 aa  115  1.0000000000000001e-24  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  28.81 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  32.48 
 
 		 311 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  27.63 
 
 		 314 aa  114  2.0000000000000002e-24  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_11050  monosaccharide ABC transporter membrane protein  31.4 
 
 		 358 aa  114  2.0000000000000002e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.543201 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2883  inner-membrane translocator  33.07 
 
 		 348 aa  115  2.0000000000000002e-24  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.797919 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3129  inner-membrane translocator  30.62 
 
 		 335 aa  114  2.0000000000000002e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.196604  hitchhiker  0.00122058 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3002  inner-membrane translocator  32.4 
 
 		 336 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0663  monosaccharide-transporting ATPase  29.26 
 
 		 331 aa  114  3e-24  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3593  monosaccharide-transporting ATPase  30.16 
 
 		 329 aa  114  3e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 328 aa  114  4.0000000000000004e-24  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0502  monosaccharide-transporting ATPase  32.17 
 
 		 333 aa  113  4.0000000000000004e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00475125 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3488  sugar ABC transporter, permease protein  31.78 
 
 		 341 aa  113  5e-24  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.294731  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3108  monosaccharide-transporting ATPase  31.21 
 
 		 313 aa  113  6e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0985733  hitchhiker  0.000124889 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1136  inner-membrane translocator  31.27 
 
 		 331 aa  113  6e-24  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3622  inner-membrane translocator  33.33 
 
 		 334 aa  112  7.000000000000001e-24  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  27.81 
 
 		 345 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  27.81 
 
 		 345 aa  112  7.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  27.81 
 
 		 345 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3092  inner-membrane translocator  32.76 
 
 		 325 aa  112  8.000000000000001e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.281303  normal  0.348975 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  32.87 
 
 		 324 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  32.12 
 
 		 311 aa  112  8.000000000000001e-24  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0406  inner-membrane translocator  31.04 
 
 		 361 aa  112  8.000000000000001e-24  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0456  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transporter permease  31.58 
 
 		 310 aa  112  8.000000000000001e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02651  Ribose transport system permease protein rbsC  35.27 
 
 		 327 aa  112  1.0000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  31.75 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2414  monosaccharide-transporting ATPase  29.74 
 
 		 360 aa  112  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.346544  normal  0.517943 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  32.12 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  31.75 
 
 		 311 aa  111  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2442  monosaccharide-transporting ATPase  30.51 
 
 		 349 aa  112  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  31.9 
 
 		 306 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0361  carbohydrate ABC transporter permease  31.58 
 
 		 310 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0416  Monosaccharide-transporting ATPase  26.33 
 
 		 335 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000387261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3204  inner-membrane translocator  29.86 
 
 		 348 aa  111  1.0000000000000001e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.0000146759  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0893  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  28.26 
 
 		 328 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  31.75 
 
 		 311 aa  112  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  33.11 
 
 		 336 aa  112  1.0000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  30.28 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  33.71 
 
 		 322 aa  111  2.0000000000000002e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>