More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5160 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5160  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  100 
 
 		 348 aa  660    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6561  Monosaccharide-transporting ATPase  75.5 
 
 		 352 aa  467  9.999999999999999e-131  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.710124 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6146  inner-membrane translocator  76.22 
 
 		 349 aa  458  9.999999999999999e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.226395  hitchhiker  0.00489124 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2578  ABC transporter permease  65.42 
 
 		 343 aa  395  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.127654 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2339  inner-membrane translocator  57.1 
 
 		 341 aa  323  2e-87  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.138167  normal  0.65049 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6180  monosaccharide-transporting ATPase  53.91 
 
 		 353 aa  316  4e-85  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.282099 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1257  inner-membrane translocator  57.01 
 
 		 353 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6575  inner-membrane translocator  57.01 
 
 		 353 aa  315  5e-85  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.425022  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0518  ribose/xylose/arabinose/galactoside ABC-type transport system protein  54.01 
 
 		 336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009672  Oant_4829  monosaccharide-transporting ATPase  51.38 
 
 		 350 aa  273  4.0000000000000004e-72  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.333898  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1738  inner-membrane translocator  43.03 
 
 		 337 aa  271  9e-72  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5887  monosaccharide-transporting ATPase  51.45 
 
 		 348 aa  264  1e-69  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0742654  normal  0.67986 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0907  methylthioribose transport system permease protein  42.77 
 
 		 329 aa  258  1e-67  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0638  monosaccharide-transporting ATPase  45.37 
 
 		 332 aa  257  2e-67  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.0715262  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0843  Monosaccharide-transporting ATPase  44.98 
 
 		 336 aa  253  2.0000000000000002e-66  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0663  monosaccharide-transporting ATPase  43.41 
 
 		 331 aa  244  1.9999999999999999e-63  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0659  ribose ABC transporter, permease  42.77 
 
 		 329 aa  241  1e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.717922  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0406  inner-membrane translocator  40.96 
 
 		 361 aa  241  2e-62  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2424  ribose ABC transporter, permease protein  41.74 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3078  ribose ABC transporter permease  41.74 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2521  monosaccharide-transporting ATPase  41.74 
 
 		 331 aa  234  1.0000000000000001e-60  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3219  monosaccharide-transporting ATPase  40.72 
 
 		 331 aa  233  3e-60  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0102816 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2316  inner-membrane translocator  41.34 
 
 		 331 aa  208  1e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00754552  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1661  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00394287  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2416  inner-membrane translocator  39.59 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1932  inner-membrane translocator  42.37 
 
 		 331 aa  203  3e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0640579  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1136  inner-membrane translocator  40.06 
 
 		 331 aa  202  6e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  37.22 
 
 		 324 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  32.57 
 
 		 331 aa  160  4e-38  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2904  Monosaccharide-transporting ATPase  35.98 
 
 		 322 aa  159  7e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0339421 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  37.46 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  37.46 
 
 		 311 aa  155  1e-36  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  36.65 
 
 		 322 aa  154  2e-36  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4767  monosaccharide-transporting ATPase  33.04 
 
 		 320 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.424997 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 325 aa  153  4e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  37.12 
 
 		 311 aa  152  5.9999999999999996e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  33.44 
 
 		 315 aa  152  5.9999999999999996e-36  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  36.79 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  36.13 
 
 		 322 aa  152  1e-35  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1642  Monosaccharide-transporting ATPase  33.93 
 
 		 317 aa  151  1e-35  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000622557  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  36.79 
 
 		 311 aa  151  1e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000530424  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  36.45 
 
 		 311 aa  151  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  38.28 
 
 		 322 aa  151  2e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  36.49 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  36.49 
 
 		 311 aa  150  3e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2121  Monosaccharide-transporting ATPase  32.95 
 
 		 350 aa  150  4e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.83989 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  36.49 
 
 		 311 aa  150  4e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2804  inner-membrane translocator  34.7 
 
 		 324 aa  150  5e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.500539  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  34.97 
 
 		 327 aa  148  1.0000000000000001e-34  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09560  Monosaccharide-transporting ATPase  36.2 
 
 		 322 aa  148  1.0000000000000001e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.785729  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  34.36 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  33.79 
 
 		 322 aa  148  2.0000000000000003e-34  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  34.71 
 
 		 323 aa  146  4.0000000000000006e-34  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5319  inner-membrane translocator  34.13 
 
 		 342 aa  146  4.0000000000000006e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.300421  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0248  inner-membrane translocator  33.23 
 
 		 338 aa  145  8.000000000000001e-34  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_1337  amino acid or sugar ABC transport system, permease protein  34.19 
 
 		 333 aa  145  1e-33  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  0.485159 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3336  inner-membrane translocator  31.4 
 
 		 346 aa  145  1e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3346  monosaccharide-transporting ATPase  33.33 
 
 		 345 aa  145  1e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0869656  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4173  ribose ABC transporter permease protein  35.58 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00211847  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3165  Monosaccharide-transporting ATPase  34.19 
 
 		 310 aa  144  2e-33  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4446  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 345 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000908606 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  34.46 
 
 		 322 aa  144  2e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4966  monosaccharide-transporting ATPase  34.33 
 
 		 347 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  31.39 
 
 		 314 aa  144  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3329  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5246  monosaccharide-transporting ATPase  34.19 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.971428 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5038  inner-membrane translocator  34.19 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.893051 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3600  monosaccharide-transporting ATPase  34.05 
 
 		 345 aa  143  4e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0147335  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0625  ABC sugar transporter, inner membrane subunit  34.19 
 
 		 345 aa  143  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.983884  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  34.92 
 
 		 311 aa  143  5e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.0000352632  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  34.69 
 
 		 314 aa  142  7e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  30.81 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  30.81 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  30.81 
 
 		 330 aa  142  7e-33  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  0.000062023 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4899  ribose ABC transporter permease protein  35.48 
 
 		 321 aa  140  3e-32  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0818131  hitchhiker  0.000000774907 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1048  inner-membrane translocator  33.53 
 
 		 328 aa  140  3e-32  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4118  ribose ABC transporter permease protein  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.129793 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03636  ribose ABC transporter permease protein  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0321266  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4217  Monosaccharide-transporting ATPase  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03581  hypothetical protein  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0415585  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2283  monosaccharide-transporting ATPase  30.92 
 
 		 345 aa  140  3.9999999999999997e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.303171  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  33.55 
 
 		 311 aa  140  3.9999999999999997e-32  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4244  ribose ABC transporter permease protein  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00281805 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5186  ribose ABC transporter permease protein  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0679383  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3966  ribose ABC transporter permease protein  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.878402  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4266  ribose ABC transporter permease protein  37.63 
 
 		 321 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00636427  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  35.91 
 
 		 309 aa  139  6e-32  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3523  inner-membrane translocator  33.02 
 
 		 355 aa  139  8.999999999999999e-32  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5134  ABC transporter membrane spanning protein (ribose)  32.17 
 
 		 349 aa  139  1e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.180892  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  33.13 
 
 		 312 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  35.33 
 
 		 306 aa  137  2e-31  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4216  ribose ABC transporter permease protein  36.73 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.064291  normal  0.774246 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2686  Monosaccharide-transporting ATPase  37.46 
 
 		 325 aa  138  2e-31  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4095  ribose ABC transporter permease protein  36.73 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4275  ribose ABC transporter permease protein  36.73 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4110  ribose ABC transporter permease protein  36.73 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.401971  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4166  ribose ABC transporter permease protein  36.73 
 
 		 321 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  35.1 
 
 		 324 aa  137  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4171  Monosaccharide-transporting ATPase  31.1 
 
 		 341 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00275528 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>