235 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2088 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_2374  major facilitator superfamily MFS_1  92.21 
 
 		 401 aa  706    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2088  major facilitator superfamily MFS_1  100 
 
 		 398 aa  783    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3706  major facilitator superfamily transporter  47.68 
 
 		 390 aa  339  5.9999999999999996e-92  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.62913 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1336  major facilitator transporter  48.08 
 
 		 404 aa  332  6e-90  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.160012 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0907  major facilitator transporter  46.44 
 
 		 402 aa  330  2e-89  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.379242  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00812  predicted transporter  46.44 
 
 		 402 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.490752  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2797  major facilitator superfamily MFS_1  46.44 
 
 		 402 aa  331  2e-89  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.354207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0917  major facilitator transporter  46.44 
 
 		 402 aa  331  2e-89  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00829  hypothetical protein  46.44 
 
 		 402 aa  331  2e-89  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.48628  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0998  transporter, major facilitator family  46.44 
 
 		 402 aa  330  2e-89  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.207413 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0872  major facilitator transporter  46.17 
 
 		 402 aa  330  3e-89  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2500  transporter, major facilitator family  46.17 
 
 		 402 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2797  major facilitator transporter  47.61 
 
 		 375 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.569839  normal  0.408376 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1001  hypothetical protein  46.17 
 
 		 403 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.705543  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1020  inner membrane protein YbjJ  46.17 
 
 		 403 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.241467  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0904  inner membrane protein YbjJ  46.17 
 
 		 403 aa  320  3e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0940  inner membrane protein YbjJ  46.17 
 
 		 403 aa  319  7e-86  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0972  inner membrane protein YbjJ  46.17 
 
 		 403 aa  318  1e-85  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.929819  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4303  major facilitator superfamily MFS_1  47.89 
 
 		 433 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.530625  normal  0.111618 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_18420  fucose permease  46.21 
 
 		 414 aa  298  1e-79  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.29199 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3154  hypothetical protein  43.23 
 
 		 397 aa  292  6e-78  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.0000811574  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3401  hypothetical protein  43.23 
 
 		 397 aa  292  6e-78  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0773641  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3376  hypothetical protein  42.71 
 
 		 397 aa  290  4e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1875  hypothetical protein  41.41 
 
 		 397 aa  283  5.000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2654  major facilitator transporter  44.35 
 
 		 391 aa  281  2e-74  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3079  major facilitator transporter  40.89 
 
 		 397 aa  278  1e-73  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0284057  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_31500  fucose permease  44.14 
 
 		 404 aa  278  1e-73  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4261  major facilitator superfamily MFS_1  40.36 
 
 		 427 aa  277  2e-73  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.426527  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2780  major facilitator superfamily MFS_1  40.26 
 
 		 395 aa  226  5.0000000000000005e-58  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.109964  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1769  major facilitator transporter  35.37 
 
 		 388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.632189  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3724  major facilitator superfamily MFS_1  39.41 
 
 		 391 aa  211  1e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.830199  normal  0.0194681 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4139  major facilitator transporter  35.23 
 
 		 400 aa  205  1e-51  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.896136  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0566  major facilitator superfamily MFS_1  35.77 
 
 		 425 aa  204  3e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00689697 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3060  major facilitator superfamily MFS_1  38.04 
 
 		 402 aa  201  1.9999999999999998e-50  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.154269  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0704  integral membrane protein  43.41 
 
 		 282 aa  199  6e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.64582  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0602  major facilitator superfamily MFS_1  34.11 
 
 		 413 aa  197  2.0000000000000003e-49  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.101866  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2537  major facilitator transporter  34.58 
 
 		 404 aa  196  8.000000000000001e-49  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.274022  normal  0.434493 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3917  major facilitator superfamily MFS_1  35.96 
 
 		 397 aa  190  4e-47  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3025  major facilitator transporter  37 
 
 		 433 aa  185  1.0000000000000001e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0666  major facilitator superfamily MFS_1  35.49 
 
 		 409 aa  176  5e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0347459  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3179  major facilitator superfamily MFS_1  37.21 
 
 		 413 aa  172  1e-41  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0130031 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2690  major facilitator superfamily MFS_1  33.42 
 
 		 464 aa  169  7e-41  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0049  major facilitator superfamily MFS_1  30.32 
 
 		 480 aa  167  4e-40  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.200181  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2534  major facilitator transporter  31.93 
 
 		 417 aa  162  7e-39  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.441567  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3874  major facilitator superfamily MFS_1  38.48 
 
 		 397 aa  161  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.369996  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3048  sugar (and other) transporter, C-terminal region  48.8 
 
 		 182 aa  159  7e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00412524  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2737  major facilitator superfamily MFS_1  35.7 
 
 		 423 aa  159  7e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00369572 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2714  major facilitator transporter  32.46 
 
 		 404 aa  153  5e-36  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.773773  hitchhiker  0.00188089 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_07710  Major Facilitator Superfamily transporter  26.49 
 
 		 502 aa  149  8e-35  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.18857  normal  0.036031 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0923  major facilitator superfamily MFS_1  31.03 
 
 		 385 aa  147  2.0000000000000003e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.174621  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3180  major facilitator superfamily MFS_1  32.31 
 
 		 446 aa  144  2e-33  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0150137 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0565  major facilitator superfamily MFS_1  26.85 
 
 		 443 aa  143  6e-33  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.308939  normal  0.0136421 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3049  sugar (and other) transporter, N-terminal region  38.78 
 
 		 207 aa  138  1e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000734773  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2689  major facilitator superfamily MFS_1  34.03 
 
 		 433 aa  137  2e-31  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1165  major facilitator superfamily MFS_1  26.87 
 
 		 387 aa  130  3e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.104586 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2952  major facilitator superfamily MFS_1  30.91 
 
 		 379 aa  129  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.105005 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1552  major facilitator superfamily MFS_1  27.57 
 
 		 386 aa  125  2e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2159  major facilitator superfamily MFS_1  27.44 
 
 		 391 aa  125  2e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0853792  normal  0.5938 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1167  major facilitator transporter  26.46 
 
 		 405 aa  121  3e-26  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0114  major facilitator transporter  28.57 
 
 		 403 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1109  major facilitator superfamily MFS_1  30.48 
 
 		 389 aa  114  3e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0848827  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4331  MFS permease  29.18 
 
 		 384 aa  114  4.0000000000000004e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.611947  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3207  major facilitator superfamily MFS_1  30.48 
 
 		 389 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1715  putative transporter  28.45 
 
 		 397 aa  111  2.0000000000000002e-23  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3134  major facilitator transporter  28.91 
 
 		 396 aa  110  3e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0461  major facilitator superfamily MFS_1  28.34 
 
 		 381 aa  109  9.000000000000001e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3265  major facilitator transporter  31.02 
 
 		 384 aa  109  9.000000000000001e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.025013  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5300  major facilitator superfamily MFS_1  29.61 
 
 		 394 aa  108  1e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5733  major facilitator superfamily MFS_1  29.25 
 
 		 394 aa  108  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.594753  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1121  major facilitator transporter  27.47 
 
 		 397 aa  108  2e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5020  major facilitator superfamily MFS_1  27.88 
 
 		 390 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.850855  normal  0.118195 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2151  major facilitator superfamily MFS_1  25.78 
 
 		 388 aa  107  3e-22  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000894415  normal  1 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6269  major facilitator superfamily MFS_1  27.73 
 
 		 394 aa  107  5e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.280386  normal  0.421192 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3330  major facilitator transporter  26.84 
 
 		 391 aa  107  5e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1509  major facilitator superfamily MFS_1  24.93 
 
 		 387 aa  107  5e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.553774  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2464  major facilitator superfamily MFS_1  24.08 
 
 		 387 aa  106  8e-22  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.163506  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2285  major facilitator transporter  27 
 
 		 386 aa  105  1e-21  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1162  major facilitator transporter  27.18 
 
 		 384 aa  104  3e-21  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.019331  normal  0.470763 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18660  hypothetical protein  27.32 
 
 		 383 aa  103  5e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.166024 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1615  hypothetical protein  27.87 
 
 		 383 aa  103  6e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1877  major facilitator superfamily MFS_1  29.64 
 
 		 392 aa  101  2e-20  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8112  major facilitator transporter  28.35 
 
 		 396 aa  101  2e-20  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.743041 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3360  major facilitator transporter  30.33 
 
 		 383 aa  100  4e-20  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0738289  normal  0.406179 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0396  major facilitator superfamily MFS_1  28.49 
 
 		 373 aa  100  6e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0909  major facilitator superfamily MFS_1  28.05 
 
 		 377 aa  99.8  7e-20  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4324  major facilitator transporter  27.75 
 
 		 403 aa  99.8  8e-20  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5362  major facilitator superfamily MFS_1  27.51 
 
 		 403 aa  97.8  3e-19  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0503  major facilitator superfamily MFS_1  26.89 
 
 		 369 aa  97.4  4e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.114936 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2808  major facilitator superfamily MFS_1  26.42 
 
 		 398 aa  96.7  6e-19  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.794185  normal  0.146653 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1567  major facilitator transporter  28.16 
 
 		 392 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.251372 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1499  major facilitator superfamily MFS_1  26.84 
 
 		 379 aa  95.1  2e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.276684  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4432  major facilitator transporter  28.26 
 
 		 419 aa  95.1  2e-18  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4953  major facilitator superfamily MFS_1  25.06 
 
 		 465 aa  94.4  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2902  amino acid ABC transporter, permease protein, putative  27.53 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3406  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.53 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.126603  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1638  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.53 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.501244  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2963  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.53 
 
 		 402 aa  94  4e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.798243  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3400  major facilitator transporter  27.37 
 
 		 400 aa  93.6  5e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1860  major facilitator superfamily MFS_1  28.41 
 
 		 385 aa  94  5e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3911  putative amino acid ABC transporter, permease protein  27.53 
 
 		 402 aa  93.6  6e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.531832  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>