90 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_1164 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009654  Mmwyl1_1227  hypothetical protein  70.67 
 
 
448 aa  635    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1164  hypothetical protein  100 
 
 
446 aa  909    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.301898  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3167  protein of unknown function DUF1446  96.86 
 
 
446 aa  882    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0474207  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1474  hypothetical protein  63.82 
 
 
445 aa  572  1.0000000000000001e-162  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.274913  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0825  hypothetical protein  61.26 
 
 
445 aa  559  1e-158  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.372095 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4091  protein of unknown function DUF1446  59.91 
 
 
452 aa  547  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4171  hypothetical protein  58.2 
 
 
445 aa  545  1e-154  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4048  hypothetical protein  60.14 
 
 
445 aa  541  1e-153  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.905115 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3689  protein of unknown function DUF1446  60.14 
 
 
444 aa  538  9.999999999999999e-153  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.539292  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3735  protein of unknown function DUF1446  59.51 
 
 
451 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4812  protein of unknown function DUF1446  59.51 
 
 
451 aa  533  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.532923  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3292  hypothetical protein  59.18 
 
 
452 aa  525  1e-148  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5610  hypothetical protein  59.46 
 
 
445 aa  522  1e-147  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2673  hypothetical protein  56.76 
 
 
454 aa  524  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0708192  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6706  hypothetical protein  58.2 
 
 
444 aa  519  1e-146  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0392889 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6325  hypothetical protein  57.24 
 
 
452 aa  511  1e-144  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.877291 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1368  hypothetical protein  57.66 
 
 
461 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1271  hypothetical protein  57.66 
 
 
453 aa  509  1e-143  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.11625 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0886  hypothetical protein  57.66 
 
 
461 aa  509  1e-143  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4511  hypothetical protein  57.43 
 
 
452 aa  500  1e-140  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.697863 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1928  hypothetical protein  56.08 
 
 
453 aa  494  1e-139  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0148071 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1346  hypothetical protein  57.43 
 
 
461 aa  497  1e-139  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0284571 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1245  hypothetical protein  57.43 
 
 
453 aa  492  9.999999999999999e-139  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1495  hypothetical protein  53.38 
 
 
454 aa  482  1e-135  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.123064  normal  0.999066 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18500  Protein of unknown function (DUF1446)  52.03 
 
 
441 aa  461  1e-129  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4147  protein of unknown function DUF1446  51.12 
 
 
445 aa  454  1.0000000000000001e-126  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4610  hypothetical protein  46.41 
 
 
451 aa  402  1e-111  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0976  hypothetical protein  50.12 
 
 
442 aa  404  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000643753  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1939  hypothetical protein  49.63 
 
 
445 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  unclonable  1.28662e-16  normal  0.114888 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4625  hypothetical protein  46.41 
 
 
451 aa  403  1e-111  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.245969  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2111  hypothetical protein  43.97 
 
 
451 aa  398  1e-109  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.310455  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0192  protein of unknown function DUF1446  47.91 
 
 
445 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000279886  decreased coverage  0.000101954 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1910  protein of unknown function DUF1446  44.79 
 
 
450 aa  376  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1818  hypothetical protein  44.12 
 
 
450 aa  372  1e-102  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.991899 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3666  protein of unknown function DUF1446  48.06 
 
 
443 aa  370  1e-101  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3392  hypothetical protein  43.52 
 
 
450 aa  360  3e-98  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.703348  normal  0.110524 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2040  protein of unknown function DUF1446  45.21 
 
 
473 aa  343  4e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.378243  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0713  hypothetical protein  42.7 
 
 
482 aa  342  1e-92  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2761  hypothetical protein  45.09 
 
 
458 aa  339  7e-92  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  decreased coverage  0.0046084  normal  0.122953 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5398  hypothetical protein  43.2 
 
 
453 aa  335  1e-90  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5880  hypothetical protein  45.76 
 
 
466 aa  323  4e-87  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17100  hypothetical protein  42.98 
 
 
449 aa  311  2e-83  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.550956  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3945  hypothetical protein  34.67 
 
 
596 aa  248  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0110  protein of unknown function DUF1446  36.42 
 
 
590 aa  248  2e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2802  hypothetical protein  37 
 
 
598 aa  246  4.9999999999999997e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.780991  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2689  hypothetical protein  34.65 
 
 
612 aa  239  5e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.217964  normal 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3627  hypothetical protein  37.32 
 
 
607 aa  235  9e-61  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0103  protein of unknown function DUF1446  41.16 
 
 
590 aa  234  3e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2268  hypothetical protein  35.03 
 
 
600 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_26750  hypothetical protein  34.6 
 
 
600 aa  232  9e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0040  protein of unknown function DUF1446  39.71 
 
 
616 aa  232  1e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.479807  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2176  hypothetical protein  41.49 
 
 
596 aa  232  1e-59  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0320  hypothetical protein  33.56 
 
 
603 aa  227  3e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4188  hypothetical protein  35.52 
 
 
608 aa  224  3e-57  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.217981  normal  0.463566 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4459  hypothetical protein  34.94 
 
 
599 aa  221  1.9999999999999999e-56  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286851  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4431  protein of unknown function DUF1446  39.94 
 
 
581 aa  220  3.9999999999999997e-56  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.0308789 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1725  hypothetical protein  33.9 
 
 
627 aa  217  2.9999999999999998e-55  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0106987  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4598  hypothetical protein  37.26 
 
 
578 aa  217  4e-55  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0342  hypothetical protein  36.96 
 
 
587 aa  216  8e-55  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3206  hypothetical protein  38.67 
 
 
574 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.136417  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3268  hypothetical protein  38.67 
 
 
574 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.133796  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3217  hypothetical protein  38.67 
 
 
574 aa  215  1.9999999999999998e-54  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.784644  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6360  hypothetical protein  36.52 
 
 
619 aa  207  4e-52  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  decreased coverage  0.00827876  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_16490  Protein of unknown function (DUF1446)  40.58 
 
 
561 aa  204  2e-51  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_4325  hypothetical protein  36.68 
 
 
562 aa  202  9.999999999999999e-51  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.0144573 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4304  hypothetical protein  38.61 
 
 
575 aa  200  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.488796  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4390  hypothetical protein  38.61 
 
 
575 aa  200  3.9999999999999996e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.392949  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3831  protein of unknown function DUF1446  37.19 
 
 
587 aa  199  7.999999999999999e-50  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.0438804  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4684  hypothetical protein  38.29 
 
 
575 aa  198  2.0000000000000003e-49  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.667747 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1033  protein of unknown function DUF1446  37.15 
 
 
588 aa  194  2e-48  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.62804  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2416  hypothetical protein  34.7 
 
 
571 aa  193  6e-48  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.011341  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4846  hypothetical protein  36.05 
 
 
570 aa  193  6e-48  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.726466  normal  0.275126 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10994  hypothetical protein  37.58 
 
 
560 aa  191  2e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.59299e-17  normal  0.631418 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4555  hypothetical protein  35.93 
 
 
584 aa  190  4e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.655173  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6153  protein of unknown function DUF1446  34.79 
 
 
594 aa  184  2.0000000000000003e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.723364  normal  0.255067 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3231  protein of unknown function DUF1446  35.32 
 
 
596 aa  183  4.0000000000000006e-45  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.113119  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4765  hypothetical protein  35.83 
 
 
562 aa  183  5.0000000000000004e-45  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000030187 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2826  protein of unknown function DUF1446  33.58 
 
 
580 aa  172  7.999999999999999e-42  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.125317  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1885  hypothetical protein  34.16 
 
 
578 aa  168  2e-40  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.181463 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06205  conserved hypothetical protein  28.64 
 
 
654 aa  149  8e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal 
 
 
-
 
BN001308  ANIA_10086  DUF1446 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_6G11420)  30.21 
 
 
587 aa  145  2e-33  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.483728  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1720  hypothetical protein  25.31 
 
 
464 aa  53.1  0.000008  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.279763  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1119  hypothetical protein  26.67 
 
 
452 aa  53.1  0.000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15420  hypothetical protein  28.9 
 
 
461 aa  50.8  0.00005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000364962  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2427  hypothetical protein  31.29 
 
 
452 aa  50.4  0.00006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.807516  normal  0.477108 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0486  hypothetical protein  24.46 
 
 
484 aa  50.4  0.00007  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0985  hypothetical protein  25 
 
 
452 aa  48.5  0.0002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.961433 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1343  hypothetical protein  27.67 
 
 
445 aa  47.8  0.0004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0538  hypothetical protein  23.01 
 
 
464 aa  47.4  0.0005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.0918925 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1876  hypothetical protein  29.31 
 
 
455 aa  46.2  0.001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.189586  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>