More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_3896 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010571  Oter_3896  shikimate 5-dehydrogenase  100 
 
 		 272 aa  545  1e-154  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  hitchhiker  0.00579021  normal  0.195582 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03620  Shikimate/quinate 5-dehydrogenase  61.6 
 
 		 283 aa  321  9.999999999999999e-87  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0590963  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1772  shikimate 5-dehydrogenase  56.51 
 
 		 285 aa  285  5e-76  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.380088  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7015  shikimate dehydrogenase substrate binding subunit  59.77 
 
 		 290 aa  284  1.0000000000000001e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0104  shikimate 5-dehydrogenase  55.3 
 
 		 284 aa  267  2e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.790482 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0070  shikimate 5-dehydrogenase  53.18 
 
 		 296 aa  266  4e-70  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.909797  normal  1 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0450  shikimate 5-dehydrogenase  35.04 
 
 		 278 aa  179  4e-44  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.0121036  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2458  shikimate 5-dehydrogenase  35.88 
 
 		 277 aa  174  9.999999999999999e-43  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000134489  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1018  shikimate 5-dehydrogenase  38.17 
 
 		 291 aa  168  9e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4232  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 277 aa  166  5e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4415  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 277 aa  165  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4356  shikimate 5-dehydrogenase  34.89 
 
 		 277 aa  165  8e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.110727 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4080  shikimate 5-dehydrogenase  34.53 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4561  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 308 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.120804  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4454  shikimate 5-dehydrogenase  34.17 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.809096  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4185  shikimate 5-dehydrogenase  33.33 
 
 		 277 aa  164  1.0000000000000001e-39  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.263341  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4467  shikimate 5-dehydrogenase  33.7 
 
 		 277 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00323757  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4070  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  163  3e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000710125  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0783  shikimate 5-dehydrogenase  33.81 
 
 		 277 aa  161  1e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000231913  hitchhiker  0.0000496147 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3060  shikimate 5-dehydrogenase  34.07 
 
 		 277 aa  157  1e-37  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.445957  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0854  shikimate dehydrogenase  34.02 
 
 		 298 aa  151  1e-35  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2671  shikimate 5-dehydrogenase  38.93 
 
 		 279 aa  149  5e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.134722  normal  0.358722 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2895  shikimate 5-dehydrogenase  38.25 
 
 		 279 aa  149  6e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0777149  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0656  shikimate 5-dehydrogenase  39.41 
 
 		 297 aa  148  8e-35  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.323596  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1503  shikimate 5-dehydrogenase  33.6 
 
 		 284 aa  147  1.0000000000000001e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0690  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 288 aa  148  1.0000000000000001e-34  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0993  shikimate 5-dehydrogenase  35.27 
 
 		 276 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1719  shikimate 5-dehydrogenase  33.72 
 
 		 279 aa  146  3e-34  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.049913  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_0550  shikimate 5-dehydrogenase  35.06 
 
 		 273 aa  146  4.0000000000000006e-34  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.950076 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0183  shikimate 5-dehydrogenase  32.28 
 
 		 280 aa  145  7.0000000000000006e-34  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1234  shikimate 5-dehydrogenase  37.85 
 
 		 279 aa  144  1e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2596  shikimate 5-dehydrogenase  39.16 
 
 		 290 aa  144  1e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0923  shikimate dehydrogenase  38.55 
 
 		 280 aa  144  2e-33  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2467  shikimate 5-dehydrogenase  39.22 
 
 		 288 aa  144  2e-33  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.502359  hitchhiker  0.0000000000141391 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2860  shikimate 5-dehydrogenase  35.74 
 
 		 276 aa  144  2e-33  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.928598  normal  0.516476 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0022  shikimate dehydrogenase  35.98 
 
 		 286 aa  142  4e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.301777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0663  shikimate 5-dehydrogenase  32.57 
 
 		 294 aa  143  4e-33  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_12500  shikimate 5-dehydrogenase  34.82 
 
 		 292 aa  140  1.9999999999999998e-32  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2356  shikimate 5-dehydrogenase  30.89 
 
 		 283 aa  140  1.9999999999999998e-32  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  4.49241e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0442  shikimate 5-dehydrogenase  32.31 
 
 		 286 aa  139  6e-32  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  0.437298  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0465  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 286 aa  138  8.999999999999999e-32  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2746  shikimate 5-dehydrogenase  36.26 
 
 		 288 aa  137  1e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0290691  normal  0.306598 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0689  shikimate 5-dehydrogenase  34.23 
 
 		 285 aa  137  1e-31  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3537  shikimate 5-dehydrogenase  38.96 
 
 		 295 aa  137  2e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.784567  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0743  shikimate 5-dehydrogenase  32.43 
 
 		 280 aa  137  2e-31  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.738673  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0148  shikimate 5-dehydrogenase  40.65 
 
 		 297 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_408  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 286 aa  137  2e-31  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1385  quinate/shikimate dehydrogenase  34.68 
 
 		 289 aa  136  3.0000000000000003e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.859901  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2187  shikimate 5-dehydrogenase  32.42 
 
 		 301 aa  135  5e-31  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.134368 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1630  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 290 aa  135  8e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_06560  shikimate 5-dehydrogenase  36.21 
 
 		 291 aa  134  9.999999999999999e-31  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1362  shikimate dehydrogenase  41.57 
 
 		 284 aa  134  9.999999999999999e-31  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.758988  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0524  shikimate 5-dehydrogenase  32.11 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1504  quinate/shikimate dehydrogenase  32.66 
 
 		 288 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0010931 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2408  quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  132  5e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.419065 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3106  shikimate 5-dehydrogenase  34.08 
 
 		 289 aa  132  7.999999999999999e-30  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.828808 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1908  quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01661  quinate/shikimate 5-dehydrogenase, NAD(P)-binding  32.26 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1950  Quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.210326  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01650  hypothetical protein  32.26 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1773  quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1939  quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000737953 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1895  quinate/shikimate dehydrogenase  32.26 
 
 		 288 aa  132  9e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1392  shikimate dehydrogenase  37.59 
 
 		 286 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.975798 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1054  shikimate 5-dehydrogenase  29.53 
 
 		 275 aa  130  2.0000000000000002e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3480  shikimate 5-dehydrogenase  39.34 
 
 		 279 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0253  shikimate 5-dehydrogenase  31.13 
 
 		 284 aa  130  3e-29  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  0.624987  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3450  shikimate 5-dehydrogenase  33.83 
 
 		 278 aa  129  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2683  shikimate 5-dehydrogenase  36.88 
 
 		 289 aa  129  6e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.905975  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2736  shikimate 5-dehydrogenase  34 
 
 		 298 aa  127  2.0000000000000002e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.302287  normal  0.994524 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2150  shikimate 5-dehydrogenase-like oxidoreductase  36.05 
 
 		 283 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.411469  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05960  shikimate 5-dehydrogenase  31.75 
 
 		 289 aa  126  4.0000000000000003e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1558  shikimate dehydrogenase  40.23 
 
 		 295 aa  125  5e-28  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.523819 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6806  shikimate 5-dehydrogenase  37.8 
 
 		 282 aa  125  6e-28  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0429993  normal  0.348952 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1829  shikimate 5-dehydrogenase  35.39 
 
 		 282 aa  125  9e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.037769 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3109  shikimate 5-dehydrogenase  33.46 
 
 		 286 aa  125  1e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3572  shikimate 5-dehydrogenase  33.45 
 
 		 284 aa  124  2e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.162128  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1154  shikimate 5-dehydrogenase  31.99 
 
 		 298 aa  124  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1652  shikimate 5-dehydrogenase  36.55 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0500  shikimate 5-dehydrogenase  38.24 
 
 		 318 aa  123  3e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.645133  normal  0.846515 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1564  shikimate 5-dehydrogenase  39.1 
 
 		 283 aa  122  6e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP1163  shikimate 5-dehydrogenase  32.88 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.33376  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2132  shikimate 5-dehydrogenase  38.78 
 
 		 284 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.123171  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1490  quinate/shikimate dehydrogenase  33.87 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.0135386 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2226  shikimate 5-dehydrogenase  40.54 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.584439  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3613  shikimate 5-dehydrogenase  38.68 
 
 		 283 aa  120  1.9999999999999998e-26  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1455  quinate/shikimate dehydrogenase  33.87 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.206578  normal  0.118327 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1813  quinate/shikimate dehydrogenase  33.87 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.648856  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1984  quinate/shikimate dehydrogenase  33.87 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000169212 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1471  quinate/shikimate dehydrogenase  33.87 
 
 		 288 aa  120  1.9999999999999998e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0124621 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1732  shikimate 5-dehydrogenase  32.39 
 
 		 305 aa  120  3e-26  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.035063 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1303  shikimate 5-dehydrogenase  29.25 
 
 		 279 aa  120  3e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.00894856  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21871  shikimate 5-dehydrogenase  29.46 
 
 		 311 aa  119  3.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4481  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.148819 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1989  shikimate 5-dehydrogenase  32.62 
 
 		 289 aa  119  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4417  shikimate 5-dehydrogenase  31.18 
 
 		 288 aa  119  4.9999999999999996e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1035  shikimate 5-dehydrogenase  39.37 
 
 		 287 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.32318  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1489  shikimate 5-dehydrogenase  36.59 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.06753 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0196  shikimate 5-dehydrogenase  32.77 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1489  shikimate 5-dehydrogenase  37.02 
 
 		 278 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.130432  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>