More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_0096 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  100 
 
 		 225 aa  457  9.999999999999999e-129  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  85.78 
 
 		 224 aa  393  1e-108  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  81.22 
 
 		 228 aa  360  8e-99  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  77.21 
 
 		 219 aa  348  4e-95  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  76.39 
 
 		 221 aa  342  2e-93  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  75.23 
 
 		 221 aa  336  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  74.88 
 
 		 219 aa  323  2e-87  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  68.3 
 
 		 232 aa  302  2.0000000000000002e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  64.25 
 
 		 227 aa  281  7.000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  63.51 
 
 		 227 aa  280  1e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  61.75 
 
 		 225 aa  272  3e-72  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  64.43 
 
 		 230 aa  272  4.0000000000000004e-72  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  60.93 
 
 		 244 aa  272  4.0000000000000004e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  62.44 
 
 		 219 aa  269  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  62.05 
 
 		 230 aa  269  2.9999999999999997e-71  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  63.85 
 
 		 219 aa  268  2.9999999999999997e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  61.11 
 
 		 226 aa  267  1e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  61.97 
 
 		 219 aa  266  2e-70  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  59.53 
 
 		 247 aa  266  2e-70  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  61.97 
 
 		 219 aa  265  5e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  61.11 
 
 		 226 aa  265  5.999999999999999e-70  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  64.8 
 
 		 250 aa  264  8e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  58.6 
 
 		 247 aa  263  1e-69  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  59.39 
 
 		 230 aa  262  3e-69  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  58.6 
 
 		 250 aa  256  1e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  56.02 
 
 		 242 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  62.37 
 
 		 220 aa  241  5e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  60.31 
 
 		 217 aa  240  1e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  56.07 
 
 		 218 aa  236  2e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  57.14 
 
 		 221 aa  235  4e-61  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  59.59 
 
 		 218 aa  234  6e-61  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  63.21 
 
 		 214 aa  233  2.0000000000000002e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  60.82 
 
 		 221 aa  233  2.0000000000000002e-60  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  60.82 
 
 		 221 aa  232  4.0000000000000004e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  61.14 
 
 		 217 aa  231  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  49.77 
 
 		 226 aa  231  6e-60  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  58.55 
 
 		 226 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  59.9 
 
 		 191 aa  221  4.9999999999999996e-57  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  55.44 
 
 		 225 aa  221  9e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  56.22 
 
 		 220 aa  218  3.9999999999999997e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  58.03 
 
 		 248 aa  216  2e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  43.66 
 
 		 225 aa  206  3e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  58.55 
 
 		 229 aa  205  5e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  41.98 
 
 		 219 aa  161  6e-39  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  45.88 
 
 		 223 aa  161  9e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  45.88 
 
 		 227 aa  159  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  44.33 
 
 		 213 aa  154  9e-37  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  45.45 
 
 		 227 aa  149  5e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  46.39 
 
 		 223 aa  145  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  41.44 
 
 		 231 aa  144  1e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  42.36 
 
 		 238 aa  142  3e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  40.87 
 
 		 244 aa  141  9e-33  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  37.83 
 
 		 235 aa  141  9.999999999999999e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1062  hypothetical protein  39.81 
 
 		 216 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  39.13 
 
 		 233 aa  139  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  38.26 
 
 		 234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  38.84 
 
 		 230 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 		 230 aa  138  6e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  39.46 
 
 		 225 aa  136  2e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  39.57 
 
 		 241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  44.8 
 
 		 232 aa  135  5e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  37.33 
 
 		 243 aa  134  9.999999999999999e-31  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  37.56 
 
 		 233 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  39.51 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0460  alanine racemase domain protein  42.24 
 
 		 228 aa  132  3e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2875  alanine racemase domain protein  39.55 
 
 		 234 aa  132  3e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99771  normal  0.581883 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 		 230 aa  132  3.9999999999999996e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  40.69 
 
 		 231 aa  132  5e-30  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  40.19 
 
 		 228 aa  131  6.999999999999999e-30  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0939  alanine racemase domain protein  37.73 
 
 		 229 aa  131  9e-30  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  43.44 
 
 		 257 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0699  alanine racemase domain-containing protein  44.34 
 
 		 232 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.239195  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  40.39 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1215  hypothetical protein  35.53 
 
 		 231 aa  131  1.0000000000000001e-29  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.157009  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  40.72 
 
 		 229 aa  129  2.0000000000000002e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0247  hypothetical protein  44.34 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0731  hypothetical protein  44.34 
 
 		 239 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18938  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1702  alanine racemase domain-containing protein  39.72 
 
 		 214 aa  129  3e-29  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.348168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0647  alanine racemase domain-containing protein  44.06 
 
 		 232 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0621  hypothetical protein  44.55 
 
 		 268 aa  129  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1189  hypothetical protein  43.89 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2598  hypothetical protein  43.89 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.734317  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2411  hypothetical protein  43.89 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.429006  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  39.47 
 
 		 234 aa  129  4.0000000000000003e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0328  hypothetical protein  43.89 
 
 		 245 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3346  hypothetical protein  43.89 
 
 		 305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2208  alanine racemase domain protein  40.57 
 
 		 272 aa  128  6e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.834769 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  39.29 
 
 		 228 aa  128  7.000000000000001e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0372  alanine racemase domain protein  41.44 
 
 		 237 aa  128  9.000000000000001e-29  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  39.53 
 
 		 234 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  39.53 
 
 		 234 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  39.53 
 
 		 234 aa  128  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  39.53 
 
 		 234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3333  hypothetical protein  43.44 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3299  hypothetical protein  43.44 
 
 		 232 aa  127  1.0000000000000001e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.244071  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1414  alanine racemase domain-containing protein  39.02 
 
 		 234 aa  127  1.0000000000000001e-28  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.0000108104  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  37.95 
 
 		 236 aa  127  1.0000000000000001e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  34.68 
 
 		 224 aa  126  2.0000000000000002e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  36.28 
 
 		 244 aa  127  2.0000000000000002e-28  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2937  hypothetical protein  40.81 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>