More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Acry_2054 on replicon NC_009484
Organism: Acidiphilium cryptum JF-5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 
229 aa  450  1e-125  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  65.64 
 
 
248 aa  239  2.9999999999999997e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  57.51 
 
 
230 aa  227  1e-58  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  56.22 
 
 
228 aa  225  4e-58  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  61.66 
 
 
227 aa  224  7e-58  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  55.05 
 
 
224 aa  219  3e-56  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  61.14 
 
 
221 aa  219  3e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  59.62 
 
 
220 aa  219  3.9999999999999997e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  61.14 
 
 
221 aa  218  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  60.62 
 
 
219 aa  218  6e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  54.59 
 
 
219 aa  218  7e-56  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  57.82 
 
 
227 aa  216  2e-55  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  58.55 
 
 
225 aa  216  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  56.22 
 
 
232 aa  214  5.9999999999999996e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  54.67 
 
 
218 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  53.99 
 
 
247 aa  211  7.999999999999999e-54  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  53.95 
 
 
242 aa  211  1e-53  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  53.52 
 
 
226 aa  210  2e-53  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  54.93 
 
 
225 aa  210  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  57.75 
 
 
217 aa  208  4e-53  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  53.05 
 
 
247 aa  208  5e-53  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  54.72 
 
 
226 aa  208  5e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  53.05 
 
 
219 aa  207  8e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  56.77 
 
 
219 aa  207  9e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  53.49 
 
 
219 aa  207  1e-52  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  53.99 
 
 
244 aa  207  1e-52  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  52.58 
 
 
226 aa  205  5e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  53.74 
 
 
217 aa  204  6e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  53.52 
 
 
219 aa  205  6e-52  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  52.78 
 
 
218 aa  204  8e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  55.87 
 
 
221 aa  204  9e-52  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  53.99 
 
 
250 aa  204  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  60.1 
 
 
214 aa  204  1e-51  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  55.73 
 
 
230 aa  202  3e-51  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  55.4 
 
 
221 aa  202  4e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  56.25 
 
 
191 aa  201  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  54.4 
 
 
250 aa  199  3e-50  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  56.25 
 
 
220 aa  196  2.0000000000000003e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  55.9 
 
 
230 aa  195  5.000000000000001e-49  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  53.61 
 
 
225 aa  193  2e-48  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  53.74 
 
 
221 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  45.64 
 
 
225 aa  190  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  47.15 
 
 
226 aa  181  1e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  44.02 
 
 
231 aa  159  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  42.5 
 
 
242 aa  158  6e-38  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  44.3 
 
 
232 aa  156  2e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  38.1 
 
 
219 aa  157  2e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  42.17 
 
 
237 aa  156  3e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  43.86 
 
 
232 aa  154  9e-37  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  43.91 
 
 
227 aa  154  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  46.15 
 
 
241 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  41.63 
 
 
235 aa  148  6e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  45.09 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  45.09 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  45.09 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  45.09 
 
 
234 aa  147  1.0000000000000001e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  48.44 
 
 
227 aa  146  3e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  41 
 
 
241 aa  146  3e-34  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  46.48 
 
 
223 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  44.64 
 
 
234 aa  145  6e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  43.04 
 
 
230 aa  144  9e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3450  alanine racemase domain protein  41.74 
 
 
237 aa  144  1e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  42.86 
 
 
230 aa  144  1e-33  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  41.3 
 
 
241 aa  141  8e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  41.13 
 
 
231 aa  140  9.999999999999999e-33  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  45.31 
 
 
213 aa  140  9.999999999999999e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  40.45 
 
 
232 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1264  hypothetical protein  39.04 
 
 
238 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00567806  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  42.86 
 
 
234 aa  141  9.999999999999999e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  39.73 
 
 
237 aa  139  1.9999999999999998e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  41.23 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  39.13 
 
 
234 aa  140  1.9999999999999998e-32  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  44.84 
 
 
232 aa  139  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2544  hypothetical protein  42.65 
 
 
231 aa  139  4.999999999999999e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1193  hypothetical protein  39.04 
 
 
238 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107185  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3590  hypothetical protein  44.87 
 
 
248 aa  137  1e-31  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3718  hypothetical protein  37.05 
 
 
227 aa  137  1e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  38.6 
 
 
238 aa  137  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  42.15 
 
 
237 aa  137  1e-31  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  43.35 
 
 
244 aa  137  2e-31  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2108  hypothetical protein  43.14 
 
 
241 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  40.61 
 
 
228 aa  136  3.0000000000000003e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  41.33 
 
 
237 aa  136  4e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3740  alanine racemase domain-containing protein  44.13 
 
 
240 aa  135  6.0000000000000005e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.0083568  unclonable  0.000000000341691 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  38.05 
 
 
244 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  37.23 
 
 
230 aa  135  7.000000000000001e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  41.1 
 
 
239 aa  134  8e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1536  hypothetical protein  43.3 
 
 
229 aa  134  9.999999999999999e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0403  PLP dependent enzymes class III-like protein  40.43 
 
 
228 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  47.32 
 
 
232 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  37.79 
 
 
228 aa  134  9.999999999999999e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  36.71 
 
 
235 aa  133  1.9999999999999998e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>