More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0335 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  100 
 
 		 230 aa  466  9.999999999999999e-131  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  73.85 
 
 		 230 aa  317  7.999999999999999e-86  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  69.44 
 
 		 232 aa  291  5e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  66.2 
 
 		 225 aa  288  3e-77  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  66.2 
 
 		 219 aa  286  2e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  65.73 
 
 		 228 aa  285  4e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  62.05 
 
 		 225 aa  278  7e-74  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  63.85 
 
 		 224 aa  277  9e-74  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  65.4 
 
 		 227 aa  276  2e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  62.39 
 
 		 219 aa  274  8e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  65.7 
 
 		 227 aa  273  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  62.67 
 
 		 226 aa  270  9e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  60.93 
 
 		 219 aa  270  1e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  61.75 
 
 		 219 aa  269  2e-71  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  62.67 
 
 		 226 aa  269  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  62.44 
 
 		 221 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  61.97 
 
 		 221 aa  266  1e-70  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  58.62 
 
 		 244 aa  266  2e-70  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  66.5 
 
 		 250 aa  266  2e-70  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  60.47 
 
 		 219 aa  264  8e-70  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  61.35 
 
 		 219 aa  261  6.999999999999999e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  60.47 
 
 		 247 aa  260  1e-68  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  60 
 
 		 247 aa  259  2e-68  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  60.93 
 
 		 250 aa  258  5.0000000000000005e-68  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  62.69 
 
 		 230 aa  254  7e-67  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  56.05 
 
 		 225 aa  246  2e-64  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  54.19 
 
 		 242 aa  245  4.9999999999999997e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  57.41 
 
 		 218 aa  244  9e-64  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  57.75 
 
 		 218 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  54.5 
 
 		 226 aa  243  1.9999999999999999e-63  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  55.35 
 
 		 226 aa  234  7e-61  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  57.28 
 
 		 217 aa  233  2.0000000000000002e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  55.4 
 
 		 217 aa  231  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  55.96 
 
 		 220 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  47.06 
 
 		 225 aa  226  3e-58  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  56.28 
 
 		 220 aa  225  4e-58  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  56.54 
 
 		 221 aa  224  6e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  58.97 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  58.46 
 
 		 221 aa  222  4e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  59.38 
 
 		 214 aa  216  2.9999999999999998e-55  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  55.21 
 
 		 191 aa  207  8e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  53.57 
 
 		 248 aa  205  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  55.9 
 
 		 229 aa  184  1.0000000000000001e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  43.46 
 
 		 219 aa  170  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  44.49 
 
 		 231 aa  170  2e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  42.48 
 
 		 233 aa  160  2e-38  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  46.46 
 
 		 213 aa  159  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  42.68 
 
 		 244 aa  155  5.0000000000000005e-37  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  42.01 
 
 		 227 aa  154  8e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  44.25 
 
 		 227 aa  154  1e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  41.1 
 
 		 223 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  42.92 
 
 		 238 aa  150  1e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  40.71 
 
 		 233 aa  149  2e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0372  alanine racemase domain protein  43.28 
 
 		 237 aa  149  3e-35  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  43.17 
 
 		 232 aa  146  3e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  38.53 
 
 		 231 aa  145  4.0000000000000006e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  42.36 
 
 		 228 aa  145  6e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  37.72 
 
 		 237 aa  144  1e-33  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  39.04 
 
 		 234 aa  143  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  42.01 
 
 		 223 aa  142  3e-33  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1062  hypothetical protein  41.36 
 
 		 216 aa  143  3e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  39.74 
 
 		 232 aa  142  3e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  40.72 
 
 		 226 aa  142  4e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  39.83 
 
 		 241 aa  142  5e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  38.5 
 
 		 228 aa  142  6e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3040  alanine racemase domain-containing protein  39.74 
 
 		 232 aa  141  7e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000913695  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1702  alanine racemase domain-containing protein  41.82 
 
 		 214 aa  141  9.999999999999999e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.348168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1338  alanine racemase domain protein  39.74 
 
 		 239 aa  141  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00300901  hitchhiker  0.000000312862 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  38.05 
 
 		 244 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3183  alanine racemase domain-containing protein  39.74 
 
 		 232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000633261  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2263  alanine racemase domain protein  42.99 
 
 		 212 aa  139  3e-32  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 		 241 aa  139  3e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  36.96 
 
 		 235 aa  139  3e-32  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  43.67 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4812  alanine racemase domain protein  40.97 
 
 		 232 aa  139  4.999999999999999e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2477  hypothetical protein  39.74 
 
 		 235 aa  138  7e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.58685  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  39.3 
 
 		 230 aa  138  7.999999999999999e-32  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  40.52 
 
 		 239 aa  138  7.999999999999999e-32  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  39.3 
 
 		 230 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  38.96 
 
 		 241 aa  136  2e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  41.85 
 
 		 232 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  43.75 
 
 		 257 aa  136  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1555  alanine racemase domain protein  37.5 
 
 		 224 aa  136  3.0000000000000003e-31  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2682  hypothetical protein  39.15 
 
 		 235 aa  135  4e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00281403  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  40.87 
 
 		 234 aa  135  4e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  38.84 
 
 		 246 aa  135  5e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3718  hypothetical protein  37.61 
 
 		 227 aa  135  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  40.97 
 
 		 232 aa  135  6.0000000000000005e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1865  alanine racemase domain protein  45.3 
 
 		 242 aa  135  6.0000000000000005e-31  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.227715  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  38.05 
 
 		 232 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2919  alanine racemase domain protein  42.92 
 
 		 236 aa  135  8e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.489919  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  38.7 
 
 		 237 aa  134  9.999999999999999e-31  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3435  alanine racemase domain-containing protein  38.22 
 
 		 248 aa  134  9.999999999999999e-31  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00685853 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  37.61 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  36.68 
 
 		 243 aa  133  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2910  alanine racemase domain-containing protein  41.04 
 
 		 242 aa  133  1.9999999999999998e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  hitchhiker  0.0000373899  normal  0.226909 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4047  alanine racemase domain protein  39.73 
 
 		 233 aa  132  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0138922  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  36.24 
 
 		 244 aa  133  3e-30  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  37.28 
 
 		 238 aa  133  3e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3450  alanine racemase domain protein  37.72 
 
 		 237 aa  132  3e-30  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.000700042  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>