More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_0438 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  100 
 
 		 221 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  86.43 
 
 		 221 aa  391  1e-108  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  86.47 
 
 		 219 aa  369  1e-101  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  77.98 
 
 		 219 aa  350  8e-96  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  79.34 
 
 		 228 aa  345  3e-94  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  75.23 
 
 		 224 aa  340  9e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  75.23 
 
 		 225 aa  336  1.9999999999999998e-91  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  68.22 
 
 		 232 aa  293  1e-78  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  64.79 
 
 		 219 aa  277  8e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  64.02 
 
 		 244 aa  277  1e-73  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  63.26 
 
 		 225 aa  276  1e-73  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  63.85 
 
 		 219 aa  274  9e-73  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  65.22 
 
 		 227 aa  273  2.0000000000000002e-72  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  63.89 
 
 		 226 aa  271  7e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  62.91 
 
 		 219 aa  270  9e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  63.33 
 
 		 227 aa  270  9e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  63.89 
 
 		 226 aa  268  2.9999999999999997e-71  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  61.68 
 
 		 247 aa  268  4e-71  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  68.75 
 
 		 230 aa  268  5.9999999999999995e-71  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  61.21 
 
 		 247 aa  268  7e-71  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  62.69 
 
 		 230 aa  264  8.999999999999999e-70  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  63.43 
 
 		 250 aa  263  1e-69  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  61.03 
 
 		 219 aa  263  2e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  59.72 
 
 		 242 aa  263  2e-69  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  62.44 
 
 		 230 aa  261  6.999999999999999e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  59.35 
 
 		 250 aa  254  7e-67  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  52.49 
 
 		 226 aa  248  5e-65  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  58.22 
 
 		 218 aa  238  5e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  60.09 
 
 		 220 aa  237  1e-61  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  56.07 
 
 		 218 aa  235  4e-61  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  57.94 
 
 		 217 aa  234  7e-61  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  58.33 
 
 		 217 aa  233  1.0000000000000001e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  63.73 
 
 		 214 aa  228  4e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  57.75 
 
 		 221 aa  227  1e-58  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  60.42 
 
 		 191 aa  224  8e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  61.34 
 
 		 221 aa  223  2e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  61.34 
 
 		 221 aa  221  6e-57  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  59.07 
 
 		 248 aa  219  1.9999999999999999e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  59.62 
 
 		 220 aa  219  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  46.63 
 
 		 225 aa  213  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  50.7 
 
 		 226 aa  210  1e-53  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  52.66 
 
 		 225 aa  209  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  61.14 
 
 		 229 aa  203  2e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  44.21 
 
 		 219 aa  169  4e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  48.44 
 
 		 223 aa  159  3e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  48.44 
 
 		 227 aa  157  9e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  44.2 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  41.63 
 
 		 233 aa  154  1e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  45.13 
 
 		 244 aa  153  2e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  43.29 
 
 		 231 aa  153  2e-36  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  45.87 
 
 		 238 aa  152  4e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  46.35 
 
 		 213 aa  151  8e-36  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1215  hypothetical protein  38.22 
 
 		 231 aa  150  2e-35  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.157009  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  44.2 
 
 		 232 aa  149  4e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  43.3 
 
 		 227 aa  148  7e-35  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  43.5 
 
 		 232 aa  147  9e-35  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  44.2 
 
 		 232 aa  147  9e-35  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  38.84 
 
 		 230 aa  146  3e-34  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1352  alanine racemase domain protein  48.96 
 
 		 223 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  39.82 
 
 		 233 aa  144  1e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  41.01 
 
 		 236 aa  142  3e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2415  alanine racemase domain protein  43.11 
 
 		 237 aa  142  4e-33  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_1062  hypothetical protein  38.89 
 
 		 216 aa  142  5e-33  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  42.67 
 
 		 229 aa  142  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  45.7 
 
 		 257 aa  142  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  40.09 
 
 		 235 aa  141  7e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  40.52 
 
 		 230 aa  141  8e-33  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  39.21 
 
 		 243 aa  141  9e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2507  alanine racemase domain protein  46.12 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.813169 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  45.18 
 
 		 238 aa  140  9.999999999999999e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  37.56 
 
 		 244 aa  139  3e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0247  hypothetical protein  47.03 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0731  hypothetical protein  47.03 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.18938  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  38.46 
 
 		 234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  36.2 
 
 		 228 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  44.34 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0953  hypothetical protein  40.18 
 
 		 225 aa  138  6e-32  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.00000358691  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2683  hypothetical protein  46.49 
 
 		 240 aa  138  7e-32  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.175356 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0647  alanine racemase domain-containing protein  45.77 
 
 		 232 aa  138  7.999999999999999e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2477  hypothetical protein  40.18 
 
 		 235 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.58685  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  38.79 
 
 		 230 aa  137  8.999999999999999e-32  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0699  alanine racemase domain-containing protein  46.77 
 
 		 232 aa  137  1e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.239195  normal  0.289763 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0621  hypothetical protein  46.27 
 
 		 268 aa  137  1e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  38.01 
 
 		 238 aa  137  1e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  38.94 
 
 		 234 aa  137  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4812  alanine racemase domain protein  40 
 
 		 232 aa  135  4e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2937  hypothetical protein  41.59 
 
 		 229 aa  135  5e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 		 241 aa  134  8e-31  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2875  alanine racemase domain protein  41.63 
 
 		 234 aa  134  9e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.99771  normal  0.581883 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  36.21 
 
 		 244 aa  134  9e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0712  alanine racemase domain-containing protein  40 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  37.73 
 
 		 226 aa  134  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  40.62 
 
 		 228 aa  134  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1189  hypothetical protein  45.25 
 
 		 245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3352  hypothetical protein  37.84 
 
 		 237 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2598  hypothetical protein  45.25 
 
 		 245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.734317  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0328  hypothetical protein  45.25 
 
 		 245 aa  133  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  36.65 
 
 		 232 aa  133  1.9999999999999998e-30  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1789  alanine racemase domain protein  39.91 
 
 		 246 aa  134  1.9999999999999998e-30  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.259627  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3607  alanine racemase domain protein  37.33 
 
 		 237 aa  133  1.9999999999999998e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.94886  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>