More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0048 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  100 
 
 
218 aa  444  1.0000000000000001e-124  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  72.43 
 
 
217 aa  328  3e-89  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  70.64 
 
 
218 aa  319  1.9999999999999998e-86  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  69.91 
 
 
220 aa  313  9.999999999999999e-85  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  72.56 
 
 
221 aa  301  6.000000000000001e-81  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  67.13 
 
 
217 aa  301  6.000000000000001e-81  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  72.09 
 
 
221 aa  299  2e-80  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  59.81 
 
 
232 aa  254  5e-67  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  59.81 
 
 
242 aa  246  2e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  61.46 
 
 
230 aa  246  3e-64  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  60.09 
 
 
230 aa  244  8e-64  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  58.22 
 
 
219 aa  244  9e-64  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  56.68 
 
 
247 aa  244  9.999999999999999e-64  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  56.22 
 
 
247 aa  243  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  60.61 
 
 
227 aa  241  3.9999999999999997e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  56.42 
 
 
225 aa  242  3.9999999999999997e-63  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  58.88 
 
 
228 aa  239  2e-62  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  59.15 
 
 
221 aa  239  2e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  56.07 
 
 
244 aa  239  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  58.22 
 
 
221 aa  238  5e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  59.71 
 
 
219 aa  238  5e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  56.67 
 
 
227 aa  236  1e-61  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  57.28 
 
 
219 aa  235  4e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  56.42 
 
 
226 aa  234  6e-61  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  54.38 
 
 
250 aa  234  6e-61  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  59.59 
 
 
225 aa  234  6e-61  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  57.28 
 
 
219 aa  234  7e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  57.75 
 
 
230 aa  233  1.0000000000000001e-60  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  56.42 
 
 
226 aa  232  3e-60  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  59.38 
 
 
214 aa  231  5e-60  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  56.34 
 
 
219 aa  230  1e-59  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  56.22 
 
 
250 aa  230  1e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  54.46 
 
 
224 aa  227  9e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  55.4 
 
 
219 aa  224  6e-58  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  55.28 
 
 
248 aa  222  3e-57  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  52.83 
 
 
221 aa  221  6e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  51.63 
 
 
226 aa  220  9.999999999999999e-57  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  52.76 
 
 
225 aa  210  2e-53  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  48.1 
 
 
226 aa  204  9e-52  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  51.42 
 
 
220 aa  200  9.999999999999999e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  51.83 
 
 
191 aa  197  1.0000000000000001e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  54.67 
 
 
229 aa  194  8.000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  44.29 
 
 
225 aa  189  2e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  47.79 
 
 
231 aa  176  3e-43  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  40.28 
 
 
219 aa  174  8e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  43.81 
 
 
227 aa  162  4.0000000000000004e-39  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3685  alanine racemase domain-containing protein  45.78 
 
 
237 aa  150  2e-35  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000728212  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0896  hypothetical protein  42.73 
 
 
231 aa  149  3e-35  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000533107 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1533  alanine racemase domain protein  41.85 
 
 
230 aa  148  5e-35  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  1.84787e-35 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  42.38 
 
 
223 aa  146  2.0000000000000003e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3256  alanine racemase domain-containing protein  42.86 
 
 
228 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.902673  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2707  alanine racemase domain protein  41.85 
 
 
230 aa  145  3e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0546341  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2263  alanine racemase domain protein  41.67 
 
 
212 aa  146  3e-34  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  42.38 
 
 
227 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1365  alanine racemase domain-containing protein  43.35 
 
 
213 aa  145  5e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0384344  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  42.22 
 
 
232 aa  145  5e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5319  hypothetical protein  42.99 
 
 
228 aa  144  9e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.213827 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0775  alanine racemase domain protein  36.4 
 
 
241 aa  144  9e-34  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.2038  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  38.16 
 
 
234 aa  144  9e-34  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  38.91 
 
 
226 aa  144  1e-33  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0536  alanine racemase domain-containing protein  41.78 
 
 
237 aa  143  2e-33  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4142  alanine racemase domain-containing protein  40.53 
 
 
243 aa  142  3e-33  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0792  hypothetical protein  36.73 
 
 
234 aa  142  4e-33  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000822407  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  40.18 
 
 
231 aa  142  4e-33  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  40.87 
 
 
236 aa  141  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0543  membrane protein, related to K+ transport  38.16 
 
 
255 aa  141  9e-33  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.42956  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  41.38 
 
 
233 aa  140  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0830  hypothetical protein  38.53 
 
 
232 aa  140  9.999999999999999e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  41.13 
 
 
230 aa  140  9.999999999999999e-33  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  37.28 
 
 
241 aa  140  9.999999999999999e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0477  hypothetical protein  41.63 
 
 
228 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0138  hypothetical protein  38.53 
 
 
242 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0131746 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0832  alanine racemase domain-containing protein  38.53 
 
 
232 aa  140  1.9999999999999998e-32  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.399806  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  37.61 
 
 
233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  37.72 
 
 
234 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  41.15 
 
 
232 aa  139  3e-32  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0596  alanine racemase domain protein  36.68 
 
 
235 aa  139  3e-32  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.0000000505441  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  37.72 
 
 
234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  37.72 
 
 
234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  37.72 
 
 
234 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6110  alanine racemase domain protein  39.82 
 
 
244 aa  139  3.9999999999999997e-32  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  38.43 
 
 
232 aa  138  6e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03080  alanine racemase domain protein  42.36 
 
 
234 aa  138  6e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.00378005  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1784  alanine racemase domain-containing protein  39.83 
 
 
241 aa  138  7e-32  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3054  hypothetical protein  41.99 
 
 
235 aa  137  1e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.281414  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  42.29 
 
 
232 aa  137  1e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1840  alanine racemase domain protein  44.75 
 
 
223 aa  137  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.656841  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2899  hypothetical protein  40.53 
 
 
222 aa  136  2e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000414809  unclonable  0.000000149465 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0013  hypothetical protein  38.43 
 
 
236 aa  136  2e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  37.28 
 
 
234 aa  137  2e-31  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3628  alanine racemase domain-containing protein  40.44 
 
 
234 aa  136  2e-31  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0245801  normal  0.188091 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  36.82 
 
 
233 aa  135  3.0000000000000003e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>