More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1285 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1285  alanine racemase domain-containing protein  100 
 
 		 230 aa  466  9.999999999999999e-131  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0288  alanine racemase domain protein  66.02 
 
 		 219 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0174  hypothetical protein  62.91 
 
 		 228 aa  276  3e-73  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.405099  normal  0.913317 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0438  hypothetical protein  64.79 
 
 		 221 aa  275  4e-73  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0096  hypothetical protein  59.39 
 
 		 225 aa  275  5e-73  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480165  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0278  alanine racemase domain-containing protein  62.22 
 
 		 232 aa  275  5e-73  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.334709  normal  0.0228737 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0282  hypothetical protein  60.73 
 
 		 219 aa  273  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.118746 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0089  hypothetical protein  60.55 
 
 		 224 aa  273  2.0000000000000002e-72  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.937473  normal  0.0909898 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0383  hypothetical protein  60.45 
 
 		 221 aa  268  5e-71  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.69916  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3208  hypothetical protein  60.19 
 
 		 225 aa  266  1e-70  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.491657  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1808  hypothetical protein  61.57 
 
 		 226 aa  265  2.9999999999999995e-70  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0335  alanine racemase domain protein  61.21 
 
 		 230 aa  261  4e-69  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00537658 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4249  alanine racemase domain protein  61.86 
 
 		 219 aa  261  6e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.405464 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1741  hypothetical protein  61.11 
 
 		 226 aa  260  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0048  hypothetical protein  59.62 
 
 		 218 aa  259  3e-68  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.434055 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3923  alanine racemase domain protein  59.81 
 
 		 219 aa  258  4e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.823584  normal  0.338994 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1403  alanine racemase domain-containing protein  59.52 
 
 		 227 aa  256  2e-67  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.113582 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4380  hypothetical protein  58.88 
 
 		 219 aa  256  3e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3197  alanine racemase domain-containing protein  59.35 
 
 		 219 aa  255  5e-67  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0226  alanine racemase domain-containing protein  60.28 
 
 		 230 aa  255  5e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0695521  normal  0.167093 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1094  alanine racemase domain-containing protein  62.44 
 
 		 250 aa  253  3e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1021  alanine racemase domain protein  60.68 
 
 		 227 aa  252  4.0000000000000004e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.952251  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2762  alanine racemase domain-containing protein  61.03 
 
 		 217 aa  252  4.0000000000000004e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0716815  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0042  alanine racemase domain protein  60.48 
 
 		 218 aa  250  1e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000221923 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1857  alanine racemase domain protein  57.41 
 
 		 247 aa  250  2e-65  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.821186 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1661  alanine racemase domain protein  57.41 
 
 		 244 aa  247  1e-64  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.19823 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1578  alanine racemase domain-containing protein  56.48 
 
 		 247 aa  247  1e-64  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.417677  normal  0.0750539 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4107  alanine racemase domain-containing protein  56.02 
 
 		 250 aa  243  3e-63  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.760524  normal  0.399061 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0414  hypothetical protein  57.28 
 
 		 217 aa  242  3.9999999999999997e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.720535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0102  hypothetical protein  51.6 
 
 		 226 aa  237  9e-62  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3634  hypothetical protein  55.14 
 
 		 242 aa  234  8e-61  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.205526  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3131  alanine racemase domain-containing protein  56.81 
 
 		 220 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.803662  hitchhiker  0.000192693 
 
 
-
 
NC_003296  RS01766  hypothetical protein  54.29 
 
 		 226 aa  232  4.0000000000000004e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.720058  normal  0.155386 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0844  hypothetical protein  58.22 
 
 		 221 aa  229  2e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2502  alanine racemase domain-containing protein  57.75 
 
 		 221 aa  228  7e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.936846  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5034  alanine racemase domain-containing protein  62.37 
 
 		 214 aa  225  4e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.355489 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2856  alanine racemase domain-containing protein  57.48 
 
 		 221 aa  223  3e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0170216  normal  0.0492664 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2952  hypothetical protein  53.7 
 
 		 225 aa  221  7e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0415  alanine racemase domain protein  49.09 
 
 		 225 aa  220  9.999999999999999e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.837437  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0628  alanine racemase domain protein  54.12 
 
 		 248 aa  212  2.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0643141 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3024  hypothetical protein  55.56 
 
 		 220 aa  212  3.9999999999999995e-54  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0433  hypothetical protein  57.51 
 
 		 191 aa  205  5e-52  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2054  alanine racemase domain-containing protein  54.5 
 
 		 229 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0733965  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2164  alanine racemase domain protein  40.76 
 
 		 219 aa  176  4e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1763  alanine racemase domain protein  47.16 
 
 		 231 aa  168  8e-41  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.510381  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1137  alanine racemase domain-containing protein  43.75 
 
 		 233 aa  162  3e-39  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.218353  normal  0.343329 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4204  hypothetical protein  45.65 
 
 		 231 aa  155  6e-37  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.810944  hitchhiker  0.00932277 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3879  hypothetical protein  40.81 
 
 		 239 aa  154  1e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.145132  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2860  hypothetical protein  41.52 
 
 		 228 aa  153  2e-36  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00719508  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2168  alanine racemase domain protein  44.93 
 
 		 244 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1127  alanine racemase domain-containing protein  40.99 
 
 		 233 aa  150  1e-35  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0116545  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02781  predicted enzyme  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.121558  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0744  alanine racemase domain protein  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3383  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0763  alanine racemase domain-containing protein  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.265197  hitchhiker  0.00045087 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02744  hypothetical protein  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.108166  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4254  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.499723  normal  0.581588 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3093  alanine racemase  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000310002 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3295  alanine racemase  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3111  alanine racemase  41.33 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2687  alanine racemase domain-containing protein  40.18 
 
 		 232 aa  149  3e-35  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.91415  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3443  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  40.97 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0820315 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3274  alanine racemase family  40.97 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.0475278 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3347  alanine racemase family  40.97 
 
 		 234 aa  149  5e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.335784  normal  0.144225 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3263  pyridoxal phosphate enzyme, YggS family  40.97 
 
 		 234 aa  148  6e-35  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3339  alanine racemase family protein  40.53 
 
 		 234 aa  145  4.0000000000000006e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.519694 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2108  hypothetical protein  43.27 
 
 		 241 aa  144  8.000000000000001e-34  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3641  hypothetical protein  40.99 
 
 		 226 aa  144  9e-34  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1288  hypothetical protein  43.81 
 
 		 232 aa  144  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3759  hypothetical protein  41.67 
 
 		 238 aa  143  2e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.125293  normal  0.217424 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03578  hypothetical protein  39.46 
 
 		 236 aa  143  2e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3025  alanine racemase domain-containing protein  39.56 
 
 		 232 aa  144  2e-33  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000116618  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3981  hypothetical protein  43.89 
 
 		 232 aa  144  2e-33  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.409738 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3718  hypothetical protein  39.73 
 
 		 227 aa  143  2e-33  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3657  alanine racemase domain-containing protein  39.47 
 
 		 235 aa  143  2e-33  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.0664896  normal  0.80837 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1630  alanine racemase domain-containing protein  42.86 
 
 		 229 aa  142  4e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00531953 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2503  hypothetical protein  42.08 
 
 		 227 aa  142  5e-33  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1332  alanine racemase domain-containing protein  40.18 
 
 		 244 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00993906 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3040  alanine racemase domain-containing protein  39.11 
 
 		 232 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000913695  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0816  alanine racemase domain protein  39.37 
 
 		 230 aa  139  1.9999999999999998e-32  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000000900984  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1179  alanine racemase domain-containing protein  39.65 
 
 		 227 aa  140  1.9999999999999998e-32  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1338  alanine racemase domain protein  38.67 
 
 		 239 aa  139  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00300901  hitchhiker  0.000000312862 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2801  hypothetical protein  41.96 
 
 		 229 aa  139  3e-32  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1264  hypothetical protein  38.39 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00567806  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1194  hypothetical protein  37.95 
 
 		 238 aa  139  3e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0326541  normal  0.680899 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0760  alanine racemase domain protein  37.97 
 
 		 241 aa  139  3.9999999999999997e-32  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2517  alanine racemase domain-containing protein  41.96 
 
 		 232 aa  139  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.225473  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1193  hypothetical protein  38.39 
 
 		 238 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0107185  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0717  alanine racemase domain protein  42.08 
 
 		 232 aa  138  6e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.799329 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2937  hypothetical protein  41.78 
 
 		 229 aa  138  6e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3183  alanine racemase domain-containing protein  38.67 
 
 		 232 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000633261  normal  0.03889 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2477  hypothetical protein  43.17 
 
 		 235 aa  138  7.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.58685  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2919  alanine racemase domain protein  43.48 
 
 		 238 aa  138  8.999999999999999e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1449  alanine racemase domain protein  41.67 
 
 		 223 aa  138  8.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1232  alanine racemase domain-containing protein  40.18 
 
 		 234 aa  137  1e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000871207  normal  0.432188 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3817  hypothetical protein  45.09 
 
 		 257 aa  137  1e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.101482  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0945  alanine racemase domain-containing protein  41.78 
 
 		 228 aa  136  2e-31  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002457  hypothetical protein  39.04 
 
 		 233 aa  136  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2732  hypothetical protein  39.83 
 
 		 244 aa  136  3.0000000000000003e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.688712  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3357  alanine racemase domain-containing protein  40.89 
 
 		 233 aa  135  5e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00164594 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>