More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_0207 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010524  Lcho_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  100 
 
 
298 aa  596  1e-169  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0627412 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5258  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.63 
 
 
304 aa  427  1e-118  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.837407 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.04 
 
 
278 aa  424  1e-118  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.507901  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  69.73 
 
 
304 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5901  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  68.24 
 
 
304 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  72.28 
 
 
304 aa  406  1.0000000000000001e-112  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80723  normal  0.0410595 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3373  ABC transporter permease protein  72.98 
 
 
325 aa  401  1e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.713677 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  70.03 
 
 
305 aa  402  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  72.28 
 
 
303 aa  399  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  67.93 
 
 
317 aa  392  1e-108  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0368205  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.1 
 
 
318 aa  392  1e-108  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  66.55 
 
 
311 aa  358  7e-98  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3336  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  56.49 
 
 
287 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.49 
 
 
287 aa  340  2e-92  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.369839  normal  0.616625 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2892  ABC transporter permease  64.09 
 
 
276 aa  330  2e-89  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0679863 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3635  hypothetical protein  56.49 
 
 
287 aa  325  6e-88  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.493501  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6277  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  55.05 
 
 
301 aa  295  9e-79  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.187889  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  57.19 
 
 
301 aa  294  1e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.364659  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  56.31 
 
 
304 aa  289  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.241078  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1906  ABC transporter permease  48.26 
 
 
293 aa  273  2.0000000000000002e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7130  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  44.56 
 
 
289 aa  256  4e-67  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5874  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  37.68 
 
 
299 aa  196  3e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  37.45 
 
 
307 aa  171  1e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1599  spermidine/putrescine transport system permease protein  35.11 
 
 
293 aa  161  1e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120621  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.24 
 
 
289 aa  152  5e-36  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.270331  normal  0.616396 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.66 
 
 
295 aa  148  1.0000000000000001e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0510016  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  32.63 
 
 
317 aa  146  4.0000000000000006e-34  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0017  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  35.31 
 
 
295 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.31 
 
 
295 aa  144  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.257053  normal  0.557332 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.38 
 
 
295 aa  142  9e-33  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.96 
 
 
296 aa  140  3e-32  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
304 aa  140  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.89 
 
 
307 aa  136  5e-31  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.52 
 
 
362 aa  135  7.000000000000001e-31  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  32.48 
 
 
309 aa  134  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.11 
 
 
287 aa  133  3e-30  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.716489  normal  0.098121 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.2 
 
 
297 aa  132  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6067  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.37 
 
 
323 aa  132  9e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1262  ABC-type spermidine/putrescine transport system  39.09 
 
 
322 aa  131  1.0000000000000001e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2399  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  30.2 
 
 
297 aa  131  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6330  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.508263  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1749  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1765  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
308 aa  131  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.806732 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.17 
 
 
301 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.14 
 
 
296 aa  130  2.0000000000000002e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7681  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.64 
 
 
297 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.962209  normal  0.12531 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.97 
 
 
328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.97 
 
 
328 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2278  putrescine ABC transporter, permease protein  32.13 
 
 
309 aa  130  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0728081  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3017  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 
328 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.95 
 
 
301 aa  130  3e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2384  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 
328 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.833701  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3045  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.86 
 
 
331 aa  130  3e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.97 
 
 
328 aa  130  3e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.34 
 
 
328 aa  129  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0348  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.14 
 
 
302 aa  129  5.0000000000000004e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.09 
 
 
281 aa  129  6e-29  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1670  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
309 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0925484  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1673  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
309 aa  129  7.000000000000001e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.02 
 
 
308 aa  129  8.000000000000001e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1511  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.61 
 
 
309 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.35956 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5048  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.61 
 
 
308 aa  128  1.0000000000000001e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.145296  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1016  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  30.49 
 
 
330 aa  128  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.725697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.62 
 
 
286 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.48 
 
 
331 aa  127  2.0000000000000002e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3095  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
301 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0587247  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2421  putative ABC spermidine/putrescine transporter permease protein  32.54 
 
 
291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2982  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
293 aa  126  5e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.12997  normal  0.783486 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.65 
 
 
286 aa  126  5e-28  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1158  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.79 
 
 
286 aa  126  5e-28  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000395482  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2916  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
301 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0057841  normal  0.437411 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.17 
 
 
301 aa  126  5e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0768287  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.04 
 
 
282 aa  125  6e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.04 
 
 
282 aa  125  6e-28  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3007  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.97 
 
 
299 aa  126  6e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.360446  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3029  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.69 
 
 
285 aa  125  7e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00751229  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.33 
 
 
282 aa  124  1e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4862  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  31.82 
 
 
306 aa  125  1e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0975  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.87 
 
 
301 aa  125  1e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0938  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit PotH  30.11 
 
 
324 aa  124  1e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.123183  normal  0.465808 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1133  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31 
 
 
301 aa  125  1e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  29.33 
 
 
282 aa  124  1e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4662  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.85 
 
 
324 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.93633  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2914  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.32 
 
 
278 aa  124  2e-27  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4253  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.18 
 
 
301 aa  124  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0288  ABC transporter permease  32.43 
 
 
306 aa  124  2e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2818  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.83 
 
 
293 aa  124  2e-27  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.913053 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  30.62 
 
 
286 aa  124  2e-27  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1201  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
301 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0492814  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1168  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
301 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0126623  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5238  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.91 
 
 
306 aa  123  3e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5402  binding-protein dependent transport system inner membrane protein  33.03 
 
 
306 aa  124  3e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.434189  decreased coverage  0.000259931 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5839  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  32.81 
 
 
288 aa  123  3e-27  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3190  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
301 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.90235  normal  0.0128197 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1110  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.3 
 
 
301 aa  124  3e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000446726  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  28.77 
 
 
285 aa  123  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1610  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  35.29 
 
 
303 aa  123  4e-27  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0588164  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0724  putrescine ABC transporter, permease protein PotH  30.63 
 
 
326 aa  123  4e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5302  putrescine ABC transporter, permease protein  31.82 
 
 
317 aa  123  4e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0285  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.96 
 
 
306 aa  123  4e-27  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.678954 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>