More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7130 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011981  Avi_7130  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  100 
 
 
289 aa  578  1e-164  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.53 
 
 
287 aa  280  1e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.369839  normal  0.616625 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3336  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  50.53 
 
 
287 aa  280  1e-74  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5258  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
304 aa  278  7e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.837407 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5901  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.32 
 
 
304 aa  277  2e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3270  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.71 
 
 
304 aa  274  2.0000000000000002e-72  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1009  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  50.18 
 
 
278 aa  269  4e-71  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.507901  hitchhiker  0.00360584 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3635  hypothetical protein  49.82 
 
 
287 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.493501  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1360  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  49.82 
 
 
304 aa  263  2e-69  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.80723  normal  0.0410595 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6277  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  51.46 
 
 
301 aa  261  8e-69  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.187889  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4740  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.2 
 
 
318 aa  260  2e-68  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.284735  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2657  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.82 
 
 
301 aa  260  2e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.364659  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1906  ABC transporter permease  45.85 
 
 
293 aa  259  4e-68  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.343914  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2918  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.47 
 
 
304 aa  258  6e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.241078  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0102  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  47.2 
 
 
317 aa  258  1e-67  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0368205  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0207  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  44.56 
 
 
298 aa  256  4e-67  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0627412 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2471  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.81 
 
 
303 aa  249  4e-65  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  49.29 
 
 
311 aa  246  3e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3535  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  48.66 
 
 
305 aa  243  3.9999999999999997e-63  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.273694  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3373  ABC transporter permease protein  48.96 
 
 
325 aa  241  9e-63  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.713677 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2892  ABC transporter permease  48.06 
 
 
276 aa  222  4.9999999999999996e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.0679863 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5874  ABC transporter membrane spanning protein (spermidine/putrescine)  31.91 
 
 
299 aa  167  1e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0994  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
307 aa  151  1e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4068  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.76 
 
 
289 aa  129  4.0000000000000003e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.270331  normal  0.616396 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2402  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  35.47 
 
 
362 aa  123  5e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3521  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  36.94 
 
 
296 aa  121  9.999999999999999e-27  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3074  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.28 
 
 
287 aa  117  1.9999999999999998e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.716489  normal  0.098121 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2172  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.67 
 
 
295 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0510016  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0017  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  32.48 
 
 
295 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1646  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.48 
 
 
295 aa  115  6e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.257053  normal  0.557332 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1599  spermidine/putrescine transport system permease protein  31.36 
 
 
293 aa  113  3e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.120621  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003482  spermidine putrescine ABC transporter permease component PotB  31.46 
 
 
286 aa  111  1.0000000000000001e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000668861  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0371  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.75 
 
 
281 aa  110  2.0000000000000002e-23  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1861  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.7 
 
 
286 aa  110  2.0000000000000002e-23  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.317879  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01123  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.38 
 
 
275 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2522  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  34.38 
 
 
285 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000172169  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1959  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.98 
 
 
277 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.448664  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1566  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.38 
 
 
287 aa  110  3e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000236366 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1326  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.98 
 
 
287 aa  110  3e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0226525 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1245  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.38 
 
 
285 aa  110  3e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.332009  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2478  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.38 
 
 
285 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.165165  normal  0.578338 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.73 
 
 
286 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01131  hypothetical protein  34.38 
 
 
275 aa  110  3e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2001  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.38 
 
 
285 aa  110  3e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.819816 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1288  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  34.38 
 
 
287 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2141  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.98 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0242928 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1304  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.98 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1342  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.98 
 
 
287 aa  110  4.0000000000000004e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.377668 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6579  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.33 
 
 
302 aa  109  5e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.21378  normal  0.43558 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0202  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.68 
 
 
288 aa  109  6e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.505302 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1038  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.53 
 
 
286 aa  109  6e-23  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000702638  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1062  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.96 
 
 
297 aa  108  7.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.756738  normal  0.356506 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3671  polyamine ABC transporter, permease protein  31.58 
 
 
292 aa  108  8.000000000000001e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2399  ABC putrescine transporter, inner membrane subunit  30.96 
 
 
297 aa  108  9.000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1508  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  31.12 
 
 
301 aa  108  9.000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0734046  normal  0.0460711 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1542  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  30.4 
 
 
281 aa  108  9.000000000000001e-23  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.412621 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1581  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  31.73 
 
 
285 aa  108  1e-22  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0688524  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1338  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.39 
 
 
282 aa  107  2e-22  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.727492  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4006  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.39 
 
 
282 aa  107  2e-22  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.369906  hitchhiker  0.00000000961653 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1638  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  32.28 
 
 
285 aa  107  2e-22  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1303  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.98 
 
 
287 aa  107  2e-22  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2146  spermidine/putrescine ABC transporter membrane protein  33.58 
 
 
286 aa  107  3e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6152  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.12 
 
 
301 aa  107  3e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.63 
 
 
296 aa  106  4e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0764825  normal  0.0907135 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0822  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.82 
 
 
307 aa  106  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1200  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.39 
 
 
282 aa  106  6e-22  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.163674  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1298  spermidine/putrescine ABC transporter permease  30.39 
 
 
282 aa  106  6e-22  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4154  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.4 
 
 
296 aa  105  7e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.700172  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1767  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.17 
 
 
278 aa  105  1e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013923  Nmag_3863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.3 
 
 
306 aa  104  2e-21  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.0668504  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4944  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.22 
 
 
588 aa  103  4e-21  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.0237049  normal  0.467133 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0354  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.89 
 
 
305 aa  103  5e-21  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0181159  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1863  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.65 
 
 
285 aa  102  6e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.844332  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3605  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.01 
 
 
295 aa  101  1e-20  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0391464 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04240  putative permease of ABC transporter  31.23 
 
 
309 aa  102  1e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2375  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.24 
 
 
304 aa  101  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.113051  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4673  putrescine ABC transporter, permease protein  28.99 
 
 
317 aa  100  2e-20  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1147  hypothetical protein  30.74 
 
 
282 aa  100  2e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1480  ABC transporter, permease protein  26.56 
 
 
276 aa  100  2e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00172714  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2865  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  33.07 
 
 
295 aa  100  2e-20  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1142  hypothetical protein  30.74 
 
 
282 aa  100  3e-20  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0864  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.64 
 
 
308 aa  100  3e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6380  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.87 
 
 
318 aa  100  4e-20  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.879791  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0312  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29.36 
 
 
303 aa  99.4  5e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.696873  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2285  putrescine transporter subunit: membrane component of ABC superfamily  27.99 
 
 
319 aa  99.4  6e-20  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.688912  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6347  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.06 
 
 
328 aa  99.4  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2812  ABC spermidine/putrescine transporter, inner membrane subunit  29.06 
 
 
328 aa  99.4  7e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1399  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.23 
 
 
282 aa  99  8e-20  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.291151  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2804  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.77 
 
 
299 aa  99  8e-20  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.22661  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1440  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.23 
 
 
282 aa  99  9e-20  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00199938  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2907  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  28.57 
 
 
331 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1642  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  31.76 
 
 
302 aa  99  9e-20  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1178  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  30.23 
 
 
282 aa  98.6  1e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1180  spermidine/putrescine ABC transporter, permease  30.23 
 
 
282 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.00976508  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8305  ABC transporter membrane spanning protein (mannopine)  27.5 
 
 
285 aa  98.2  1e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2097  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  32.04 
 
 
313 aa  98.2  1e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.036296  normal  0.0908673 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2872  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  30.32 
 
 
323 aa  98.6  1e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.134658 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1376  spermidine/putrescine ABC transporter, permease protein  30.23 
 
 
282 aa  98.6  1e-19  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000078006 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2992  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29 
 
 
328 aa  97.4  2e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2998  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  29 
 
 
328 aa  97.8  2e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.131392  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>