More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LACR_0970 on replicon NC_008527
Organism: Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008527  LACR_0970  RNA-binding protein  100 
 
 		 143 aa  290  6e-78  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0324  hypothetical protein  44.7 
 
 		 124 aa  112  1.0000000000000001e-24  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0677  hypothetical protein  45.24 
 
 		 121 aa  104  3e-22  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  37.5 
 
 		 114 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  37.5 
 
 		 114 aa  80.5  0.000000000000007  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  36.67 
 
 		 114 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  36.67 
 
 		 114 aa  79  0.00000000000002  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  36.67 
 
 		 114 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4722  general stress protein 13  36.36 
 
 		 114 aa  79  0.00000000000002  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  36.67 
 
 		 114 aa  79  0.00000000000002  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5032  general stress protein 13  36.67 
 
 		 114 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0608546  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  36.67 
 
 		 114 aa  79  0.00000000000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0202  general stress protein 13  36.67 
 
 		 114 aa  79.3  0.00000000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0448  RNA-binding protein  44 
 
 		 121 aa  79  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.308089 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  36.67 
 
 		 133 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1710  RNA-binding protein  35.2 
 
 		 127 aa  74.7  0.0000000000004  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.034913  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2860  general stress protein 13  35.54 
 
 		 121 aa  68.9  0.00000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1228  RNA-binding protein  35.97 
 
 		 131 aa  68.6  0.00000000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0834946  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0955  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.61 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0541  general stress protein 13  36.22 
 
 		 126 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0974  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.61 
 
 		 125 aa  65.1  0.0000000003  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  32.52 
 
 		 124 aa  64.3  0.0000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_2051  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  29.31 
 
 		 259 aa  61.6  0.000000003  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  31.01 
 
 		 132 aa  61.6  0.000000003  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0416  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  35.71 
 
 		 257 aa  61.2  0.000000005  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.131172  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10960  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  35.8 
 
 		 743 aa  60.8  0.000000006  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000522629  unclonable  0.00000000397306 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1567  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  34.52 
 
 		 268 aa  60.1  0.000000009  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1009  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  33.33 
 
 		 266 aa  60.1  0.000000009  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1301  RNA binding S1 domain protein  39.76 
 
 		 140 aa  58.9  0.00000002  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.0000152887  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  34.57 
 
 		 741 aa  58.9  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1951  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  30.36 
 
 		 263 aa  58.5  0.00000003  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.612676 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07600  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  32.11 
 
 		 742 aa  58.5  0.00000003  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.722392 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  38.38 
 
 		 126 aa  58.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0964  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  34.48 
 
 		 265 aa  57.4  0.00000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.497618  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0982  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  34.48 
 
 		 265 aa  57.4  0.00000007  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_10333  30S ribosomal protein S1  35.23 
 
 		 619 aa  57  0.00000008  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.869439  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1152  translation initiation factor 2, alpha subunit  33.71 
 
 		 254 aa  57  0.00000009  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  34.29 
 
 		 128 aa  56.6  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000417569  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3029  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.97 
 
 		 721 aa  56.2  0.0000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0000283556  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  39.53 
 
 		 140 aa  56.2  0.0000001  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0703  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  34.83 
 
 		 262 aa  56.6  0.0000001  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.35 
 
 		 713 aa  56.2  0.0000001  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0714  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  38.55 
 
 		 694 aa  55.8  0.0000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000369991  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.4 
 
 		 755 aa  55.8  0.0000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2790  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  32.14 
 
 		 266 aa  55.8  0.0000002  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  0.289487  n/a   
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_1299  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  28.07 
 
 		 257 aa  56.2  0.0000002  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0369  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.56 
 
 		 717 aa  55.8  0.0000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0870  translation initiation factor 2, alpha subunit  33.33 
 
 		 266 aa  55.8  0.0000002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1211  RNA binding S1 domain protein  37.21 
 
 		 284 aa  55.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  36.05 
 
 		 127 aa  56.2  0.0000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  43.75 
 
 		 140 aa  55.5  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000144376  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1699  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  32.18 
 
 		 265 aa  55.1  0.0000003  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.328913  n/a   
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30354  Putative mitochondrial ribosomal protein S1  30.23 
 
 		 352 aa  55.1  0.0000003  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  1  normal  0.0824042 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  32.32 
 
 		 399 aa  55.1  0.0000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_004310  BR2169  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.96 
 
 		 714 aa  54.7  0.0000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.184355  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  34.09 
 
 		 557 aa  54.7  0.0000004  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1009  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  27.83 
 
 		 265 aa  55.1  0.0000004  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  27.45 
 
 		 152 aa  54.7  0.0000004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000148596  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3968  RNA-binding S1 domain-containing protein  26.6 
 
 		 514 aa  54.7  0.0000004  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507698  normal  0.122374 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0896  30S ribosomal protein S1  32.26 
 
 		 408 aa  54.7  0.0000004  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000252731  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  38.64 
 
 		 720 aa  54.3  0.0000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  32.56 
 
 		 714 aa  54.3  0.0000005  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1128  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  26.72 
 
 		 264 aa  54.7  0.0000005  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1193  RNA binding S1 domain protein  31.91 
 
 		 500 aa  54.3  0.0000005  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  unclonable  0.00000667111  hitchhiker  0.00401101 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  33.71 
 
 		 733 aa  54.3  0.0000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  35.37 
 
 		 718 aa  53.9  0.0000007  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1422  RNA-binding S1 domain-containing protein  34.18 
 
 		 503 aa  53.9  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.324209  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2502  translation initiation factor 2, alpha subunit  29.59 
 
 		 266 aa  53.9  0.0000007  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.56 
 
 		 718 aa  53.9  0.0000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  30.23 
 
 		 777 aa  53.9  0.0000007  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2081  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  31.96 
 
 		 714 aa  53.9  0.0000008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0369235  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.73 
 
 		 746 aa  53.5  0.0000008  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2880  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  32.14 
 
 		 277 aa  53.5  0.0000009  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.651055  normal  0.408906 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.73 
 
 		 747 aa  53.5  0.0000009  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  32.61 
 
 		 164 aa  53.5  0.0000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0129  30S ribosomal protein S1  35.16 
 
 		 586 aa  53.5  0.0000009  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  decreased coverage  0.00811703  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1314  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  33.71 
 
 		 772 aa  53.5  0.0000009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.122367  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  35.63 
 
 		 678 aa  53.5  0.0000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  24.53 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000544172  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  24.53 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  24.53 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  24.53 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000079318  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  24.53 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  29.17 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000417558  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  37.8 
 
 		 705 aa  53.5  0.000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  24.53 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119651  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  24.53 
 
 		 160 aa  53.5  0.000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000137683  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2762  30S ribosomal protein S1  35.63 
 
 		 591 aa  53.1  0.000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.841821  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0419  RNA binding S1 domain protein  35.48 
 
 		 302 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  36.14 
 
 		 161 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000157952  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  29.17 
 
 		 133 aa  53.1  0.000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000100816  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0430  RNA binding S1 domain protein  35.48 
 
 		 302 aa  53.1  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.930952 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  33.72 
 
 		 712 aa  52.8  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  36.14 
 
 		 161 aa  52.8  0.000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000341067  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  31.87 
 
 		 732 aa  53.1  0.000001  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  31.4 
 
 		 715 aa  52  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  28.91 
 
 		 562 aa  52.8  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  39.53 
 
 		 124 aa  52.4  0.000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  34.09 
 
 		 686 aa  52.8  0.000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  32.56 
 
 		 715 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>