More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shel_10960 on replicon NC_013165
Organism: Slackia heliotrinireducens DSM 20476



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013216  Dtox_3180  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.45 
 
 
746 aa  639    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.846647 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1442  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.05 
 
 
735 aa  673    Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0841  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.99 
 
 
701 aa  645    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3845  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.3 
 
 
712 aa  679    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_07900  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.06 
 
 
705 aa  657    Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3658  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.59 
 
 
712 aa  681    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3548  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.59 
 
 
712 aa  682    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3566  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.59 
 
 
712 aa  682    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276153  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07600  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  78.12 
 
 
742 aa  1126    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.722392 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  77.42 
 
 
741 aa  1149    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1360  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
698 aa  653    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3854  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.3 
 
 
712 aa  679    Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.000000107333  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1334  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.93 
 
 
698 aa  653    Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.799065  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3670  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.86 
 
 
723 aa  647    Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.443696  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.59 
 
 
712 aa  681    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.58 
 
 
747 aa  644    Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.7 
 
 
696 aa  636    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1161  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.88 
 
 
712 aa  684    Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000184021  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1639  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
700 aa  649    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.7 
 
 
696 aa  636    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10960  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  100 
 
 
743 aa  1518    Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000522629  unclonable  0.00000000397306 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3629  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.16 
 
 
717 aa  672    Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  64.26 
 
 
732 aa  973    Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3905  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.88 
 
 
712 aa  686    Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.42 
 
 
686 aa  666    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00293848  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1339  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.74 
 
 
712 aa  683    Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0729219 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2459  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  52.03 
 
 
710 aa  689    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.00423347  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0906  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  50.79 
 
 
703 aa  652    Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.80141  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1450  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.14 
 
 
718 aa  663    Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.103052  normal  0.272177 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2047  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.38 
 
 
769 aa  642    Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.0512862  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0114  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.53 
 
 
741 aa  636    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  0.613671  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3818  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.59 
 
 
712 aa  682    Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  1.79465e-59 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2053  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  51.39 
 
 
723 aa  682    Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3232  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  50.07 
 
 
761 aa  647    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.555601 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2440  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.86 
 
 
716 aa  634  1e-180  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.225847  normal  0.0323804 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1944  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.5 
 
 
720 aa  633  1e-180  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0229407 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1005  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
718 aa  629  1e-179  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00579665 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.25 
 
 
746 aa  627  1e-178  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.42 
 
 
693 aa  625  1e-178  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01307  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.13 
 
 
704 aa  627  1e-178  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.624183  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4265  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.45 
 
 
715 aa  627  1e-178  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.50852 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.34 
 
 
755 aa  626  1e-178  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.64 
 
 
692 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2822  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.57 
 
 
700 aa  626  1e-178  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  unclonable  0.00000990055  hitchhiker  0.000418907 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.27 
 
 
690 aa  627  1e-178  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  49.71 
 
 
695 aa  624  1e-177  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0203  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.29 
 
 
709 aa  624  1e-177  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0643  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  46.27 
 
 
792 aa  624  1e-177  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3279  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.71 
 
 
718 aa  623  1e-177  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.825925 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1056  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.07 
 
 
747 aa  624  1e-177  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000737281  hitchhiker  0.00038852 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0605  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.98 
 
 
718 aa  624  1e-177  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0071  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.35 
 
 
714 aa  622  1e-177  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.000128899  normal 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1057  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.99 
 
 
701 aa  621  1e-176  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000971525  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1561  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.63 
 
 
699 aa  621  1e-176  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000000108143  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0436  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.62 
 
 
722 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0183  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.49 
 
 
700 aa  619  1e-176  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0227  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.57 
 
 
722 aa  620  1e-176  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.133448  normal  0.547858 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.28 
 
 
707 aa  620  1e-176  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0418  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.07 
 
 
700 aa  621  1e-176  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3556  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.85 
 
 
702 aa  621  1e-176  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000150136 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3384  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.78 
 
 
704 aa  615  1e-175  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000712799  hitchhiker  0.00355536 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1071  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.75 
 
 
718 aa  616  1e-175  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.679372  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.35 
 
 
700 aa  617  1e-175  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3192  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.15 
 
 
715 aa  615  1e-175  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  hitchhiker  0.002791  normal  0.0369352 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4382  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.32 
 
 
712 aa  615  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.968521 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2811  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.41 
 
 
702 aa  617  1e-175  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.212974  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0615  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.02 
 
 
711 aa  615  1e-175  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2897  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.39 
 
 
725 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2816  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.28 
 
 
729 aa  613  9.999999999999999e-175  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0489  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.35 
 
 
742 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.554464 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0256  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.69 
 
 
718 aa  613  9.999999999999999e-175  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3785  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.32 
 
 
708 aa  612  9.999999999999999e-175  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.668029  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0484  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.11 
 
 
715 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.102378 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0035  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.7 
 
 
748 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3935  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.47 
 
 
715 aa  613  9.999999999999999e-175  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.138516  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.69 
 
 
718 aa  613  9.999999999999999e-175  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1258  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.67 
 
 
733 aa  610  1e-173  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0934  3' exoribonuclease  47.16 
 
 
741 aa  612  1e-173  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00161965  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0028  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.03 
 
 
718 aa  611  1e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.171141 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2116  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.84 
 
 
695 aa  611  1e-173  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.375436  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1950  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.14 
 
 
740 aa  610  1e-173  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.139447  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1591  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.06 
 
 
697 aa  609  1e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000274375  normal  0.0293067 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2704  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.6 
 
 
722 aa  611  1e-173  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0597018  normal  0.0425513 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0268  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  48.39 
 
 
714 aa  609  1e-173  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00840028 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0743  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.42 
 
 
713 aa  608  1e-173  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.10381  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1234  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.71 
 
 
699 aa  610  1e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1707  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.5 
 
 
703 aa  608  1e-173  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2829  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.99 
 
 
699 aa  609  1e-173  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000362505  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3461  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.78 
 
 
706 aa  607  9.999999999999999e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03393  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.69 
 
 
710 aa  605  9.999999999999999e-173  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2685  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.08 
 
 
729 aa  608  9.999999999999999e-173  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.69 
 
 
777 aa  606  9.999999999999999e-173  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.67 
 
 
712 aa  608  9.999999999999999e-173  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.34 
 
 
704 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.000000445882  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0062  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.38 
 
 
720 aa  607  9.999999999999999e-173  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.733598  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0703  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.17 
 
 
713 aa  608  9.999999999999999e-173  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1541  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  46.62 
 
 
717 aa  606  9.999999999999999e-173  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.898255 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0175  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  48.1 
 
 
714 aa  608  9.999999999999999e-173  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0288  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  49.56 
 
 
730 aa  602  1.0000000000000001e-171  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0388227 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0408  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  47.7 
 
 
713 aa  602  1.0000000000000001e-171  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>