More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SERP0541 on replicon NC_002976
Organism: Staphylococcus epidermidis RP62A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002976  SERP0541  general stress protein 13  100 
 
 		 126 aa  259  1e-68  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0955  RNA-binding S1 domain-containing protein  94.35 
 
 		 125 aa  244  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0974  RNA-binding S1 domain-containing protein  94.35 
 
 		 125 aa  244  2e-64  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2860  general stress protein 13  41.18 
 
 		 121 aa  89.4  2e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  41.67 
 
 		 133 aa  85.1  3e-16  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  42.15 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  42.15 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0202  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4722  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5032  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0608546  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  6e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  6e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  6e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  6e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  41.32 
 
 		 114 aa  84.3  6e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0543  hypothetical protein  52.86 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  unclonable  0.000000100816  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  52.86 
 
 		 133 aa  79.7  0.00000000000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000417558  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  51.43 
 
 		 133 aa  79  0.00000000000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  38.33 
 
 		 140 aa  79.3  0.00000000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000144376  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  41.03 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1710  RNA-binding protein  37.82 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.034913  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  47.89 
 
 		 120 aa  75.1  0.0000000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131287  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  48.57 
 
 		 144 aa  75.1  0.0000000000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000220475  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  42.05 
 
 		 128 aa  73.6  0.000000000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000417569  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  52.11 
 
 		 120 aa  72  0.000000000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000591466  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  47.14 
 
 		 124 aa  71.2  0.000000000004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0324  hypothetical protein  35.54 
 
 		 124 aa  70.9  0.000000000005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  42.86 
 
 		 132 aa  70.9  0.000000000005  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000238948  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0066  RNA binding S1 domain protein  43.24 
 
 		 129 aa  70.5  0.000000000007  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0677  hypothetical protein  38.46 
 
 		 121 aa  69.7  0.00000000001  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  42.86 
 
 		 152 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000148596  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  42.86 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117621  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15110  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family  37.89 
 
 		 376 aa  68.6  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000544172  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000079318  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  42.86 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000157952  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000137683  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119651  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  42.86 
 
 		 161 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000341067  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  42.86 
 
 		 160 aa  68.2  0.00000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  30.09 
 
 		 132 aa  68.2  0.00000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  33.88 
 
 		 130 aa  67.8  0.00000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000304617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  43.66 
 
 		 134 aa  67.8  0.00000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.42 
 
 		 126 aa  67  0.00000000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1437  RNA binding S1 domain protein  42.86 
 
 		 400 aa  65.9  0.0000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.245145  normal  0.159598 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1178  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  43.9 
 
 		 677 aa  65.1  0.0000000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.426785  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  41.67 
 
 		 140 aa  65.1  0.0000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0265  RNA binding S1 domain-containing protein  41.1 
 
 		 125 aa  65.5  0.0000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.383538  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0970  RNA-binding protein  36.22 
 
 		 143 aa  65.1  0.0000000003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0917  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.19 
 
 		 696 aa  64.3  0.0000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.327573  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1098  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.19 
 
 		 696 aa  64.3  0.0000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1567  30S ribosomal protein S1  44.3 
 
 		 558 aa  63.5  0.0000000008  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.449646  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  44.29 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  44.29 
 
 		 134 aa  63.5  0.0000000008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  44.93 
 
 		 152 aa  63.9  0.0000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  42.25 
 
 		 164 aa  63.5  0.0000000009  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0729  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.25 
 
 		 695 aa  63.5  0.000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.504772  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1979  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  47.62 
 
 		 710 aa  62.4  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.0000019638  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2015  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.89 
 
 		 411 aa  62.8  0.000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0652883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0481  30S ribosomal protein S1  43.42 
 
 		 557 aa  62.4  0.000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2405  30S ribosomal protein S1  43.3 
 
 		 378 aa  62.4  0.000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2117  30S ribosomal protein S1  43.3 
 
 		 378 aa  62.4  0.000000002  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2860  ribosomal protein S1  37.04 
 
 		 557 aa  62.4  0.000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.105288 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2435  30S ribosomal protein S1  32.71 
 
 		 568 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.411435  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1520  30S ribosomal protein S1  32.71 
 
 		 568 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446628  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2347  30S ribosomal protein S1  32.71 
 
 		 568 aa  61.6  0.000000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.139373  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0514  30S ribosomal protein S1  43.04 
 
 		 557 aa  62  0.000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0074  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.44 
 
 		 700 aa  61.2  0.000000004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.983734  normal  1 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0788  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  36.05 
 
 		 732 aa  61.2  0.000000004  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.000000677019  normal  0.144869 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1730  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.84 
 
 		 403 aa  61.2  0.000000005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0218599  normal  0.469855 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1146  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.36 
 
 		 654 aa  61.2  0.000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.778055  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2301  30S ribosomal protein S1  32.71 
 
 		 578 aa  60.8  0.000000006  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.75877  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0981  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.06 
 
 		 124 aa  60.8  0.000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000445297  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1149  RNA-binding S1 domain-containing protein  43.06 
 
 		 124 aa  60.5  0.000000007  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.00000879414  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0080  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.03 
 
 		 700 aa  60.5  0.000000007  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0817  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.25 
 
 		 722 aa  60.1  0.000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2207  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.28 
 
 		 705 aa  60.1  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1007  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.89 
 
 		 693 aa  59.7  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0328519  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1228  RNA-binding protein  43.84 
 
 		 131 aa  59.7  0.00000001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0834946  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1055  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  42.25 
 
 		 722 aa  60.1  0.00000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0559  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.19 
 
 		 692 aa  59.3  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  0.745175 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1107  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.56 
 
 		 749 aa  59.3  0.00000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.583336  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3070  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.89 
 
 		 707 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.526485  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0627  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.84 
 
 		 697 aa  58.9  0.00000002  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1632  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.89 
 
 		 703 aa  58.9  0.00000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.141024  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0395  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.19 
 
 		 690 aa  59.3  0.00000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2872  RNA binding S1 domain protein  45.21 
 
 		 529 aa  59.3  0.00000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.569342  normal  1 
 
 
-
 
NC_002620  TC0230  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.66 
 
 		 693 aa  58.9  0.00000003  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  0.336814  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2102  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase/S1 RNA-binding domain protein  37.18 
 
 		 676 aa  58.5  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.573374 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1309  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.44 
 
 		 691 aa  58.5  0.00000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1167  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.56 
 
 		 721 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.859366  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4287  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.71 
 
 		 393 aa  58.5  0.00000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000310337  normal  0.0146408 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1031  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  38.89 
 
 		 702 aa  58.5  0.00000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0967354  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1399  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  40.85 
 
 		 751 aa  58.5  0.00000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.104449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0674  RNA binding S1  38.57 
 
 		 127 aa  58.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.175739 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1235  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  41.56 
 
 		 721 aa  58.5  0.00000003  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.434132  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1805  RNA-binding S1 domain-containing protein  36.71 
 
 		 123 aa  58.9  0.00000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000194904  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1638  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  37.5 
 
 		 705 aa  57.8  0.00000004  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.32153 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>