More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene LGAS_0448 on replicon NC_008530
Organism: Lactobacillus gasseri ATCC 33323



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008530  LGAS_0448  RNA-binding protein  100 
 
 		 121 aa  242  9.999999999999999e-64  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.308089 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1228  RNA-binding protein  43.2 
 
 		 131 aa  107  6e-23  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0834946  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2860  general stress protein 13  42.11 
 
 		 121 aa  91.7  3e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1710  RNA-binding protein  37.98 
 
 		 127 aa  86.7  9e-17  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.034913  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3006  general stress protein 13  42.11 
 
 		 124 aa  86.7  1e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0677  hypothetical protein  41.59 
 
 		 121 aa  86.7  1e-16  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5044  general stress protein 13  41.74 
 
 		 114 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5039  general stress protein 13  41.74 
 
 		 114 aa  85.9  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4770  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4610  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4632  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5132  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5011  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  85.1  3e-16  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0324  hypothetical protein  40.35 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0202  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5032  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  84.7  4e-16  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0608546  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4722  general stress protein 13  40.87 
 
 		 114 aa  84.3  5e-16  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3511  general stress protein 13  40.35 
 
 		 133 aa  83.2  0.000000000000001  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0970  RNA-binding protein  44 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0380  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  41.46 
 
 		 703 aa  69.7  0.00000000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  hitchhiker  0.00000345435  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0696  hypothetical protein  31.36 
 
 		 140 aa  68.6  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.0000000000983919  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2522  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  43.02 
 
 		 755 aa  67  0.00000000008  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00520  RNA binding S1 domain protein  48.44 
 
 		 124 aa  66.2  0.0000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  6.85433e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10960  polyribonucleotide nucleotidyltransferase (polynucleotide phosphorylase)  42.25 
 
 		 743 aa  66.6  0.0000000001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.000522629  unclonable  0.00000000397306 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0949  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.53 
 
 		 747 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3588  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  39.53 
 
 		 746 aa  65.9  0.0000000002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1211  RNA binding S1 domain protein  38.16 
 
 		 284 aa  65.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2662  RNA binding S1  45 
 
 		 140 aa  65.9  0.0000000002  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.0000000000144376  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1379  RNA binding S1 domain protein  38.67 
 
 		 552 aa  64.7  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000566824  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3880  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  37.21 
 
 		 777 aa  63.9  0.0000000008  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1019  hydroxymethylbutenyl pyrophosphate reductase  39.33 
 
 		 686 aa  63.5  0.0000000009  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.901496  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2797  hypothetical protein  31.36 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  unclonable  0.000000000939181  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2483  hypothetical protein  31.36 
 
 		 134 aa  63.2  0.000000001  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000579369  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0247  ribosomal protein S1  31.53 
 
 		 562 aa  63.2  0.000000001  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0058  hypothetical protein  42.19 
 
 		 132 aa  62.8  0.000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000238948  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0430  RNA binding S1 domain protein  38.16 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.930952 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0142  RNA binding S1 domain protein  38.64 
 
 		 128 aa  62  0.000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000417569  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0419  RNA binding S1 domain protein  38.16 
 
 		 302 aa  62.8  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0089  RNA binding S1  39.13 
 
 		 152 aa  62.4  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1422  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.54 
 
 		 503 aa  61.6  0.000000003  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.324209  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0056  hypothetical protein  40.62 
 
 		 152 aa  62  0.000000003  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.000000148596  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0110  RNA binding S1 domain-containing protein  35.44 
 
 		 558 aa  62  0.000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.000000433742  normal  0.284586 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0117  RNA binding S1 domain protein  36.99 
 
 		 598 aa  61.2  0.000000004  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0122  RNA-binding S1 domain-containing protein  37.93 
 
 		 126 aa  61.2  0.000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1314  RNA binding S1  39.76 
 
 		 773 aa  61.6  0.000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  0.207227 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0056  hypothetical protein  40.62 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000004  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000117621  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0059  hypothetical protein  40.62 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00000000544172  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0066  hypothetical protein  40.62 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000157952  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0060  hypothetical protein  40.62 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201317  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0056  hypothetical protein  40.62 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.61011e-20  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0056  hypothetical protein  40.62 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000000079318  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0056  hypothetical protein  42.86 
 
 		 132 aa  61.2  0.000000005  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3732  SSU ribosomal protein S1P  31.73 
 
 		 302 aa  61.2  0.000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.0000110633  normal  0.180719 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0060  hypothetical protein  40.62 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.000000000119651  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0067  hypothetical protein  40.62 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0070  hypothetical protein  40.62 
 
 		 160 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000137683  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0892  30S ribosomal protein S1  33.73 
 
 		 399 aa  61.2  0.000000005  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000236762  decreased coverage  0.00000000000000302812 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5250  hypothetical protein  40.62 
 
 		 161 aa  61.2  0.000000005  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000341067  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3968  RNA-binding S1 domain-containing protein  40.54 
 
 		 514 aa  60.8  0.000000006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00507698  normal  0.122374 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00510  RNA binding S1 domain protein  38.36 
 
 		 722 aa  60.8  0.000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000209068  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0013  polynucleotide phosphorylase/polyadenylase  35.9 
 
 		 713 aa  60.5  0.000000007  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1079  RNA binding S1 domain protein  40.23 
 
 		 427 aa  60.5  0.000000007  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0535  RNA binding S1 domain protein  35.63 
 
 		 609 aa  59.7  0.00000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1577  30S ribosomal protein S1  38.36 
 
 		 587 aa  59.7  0.00000001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00419028  normal  0.668764 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3080  RNA binding S1 domain protein  38.36 
 
 		 144 aa  59.3  0.00000002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  unclonable  0.000000000220475  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1161  RNA binding S1  38.55 
 
 		 784 aa  58.9  0.00000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.140399  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0092  RNA binding S1  36.36 
 
 		 130 aa  58.9  0.00000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000304617  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15110  CRISPR-associated RAMP protein, Cmr6 family  45.95 
 
 		 376 aa  58.9  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1292  ribosomal protein S1  37.21 
 
 		 720 aa  59.3  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1789  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  42.86 
 
 		 733 aa  59.3  0.00000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0075  RNA binding S1 domain protein  40.66 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000591466  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_19980  SSU ribosomal protein S1P  38.16 
 
 		 407 aa  58.9  0.00000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0653  RNA binding S1 domain protein  42.7 
 
 		 120 aa  58.9  0.00000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000000131287  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1628  Polyribonucleotide nucleotidyltransferase  36.62 
 
 		 741 aa  58.5  0.00000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000106447 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5522  30S ribosomal protein S1  46.38 
 
 		 495 aa  58.5  0.00000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10450  4-hydroxy-3-methylbut-2-enyl diphosphate reductase  40.24 
 
 		 678 aa  58.5  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000887819  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2169  30S ribosomal protein S1  34.75 
 
 		 387 aa  58.5  0.00000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.000000000104963  n/a   
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_1009  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  33.33 
 
 		 266 aa  58.5  0.00000003  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2415  polyribonucleotide nucleotidyltransferase  34.12 
 
 		 730 aa  58.2  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.556673 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3198  RNA binding S1 domain protein  45.71 
 
 		 488 aa  57.8  0.00000005  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.565242  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3572  RNA binding S1 domain protein  38.67 
 
 		 557 aa  57.8  0.00000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1221  30S ribosomal protein S1  34.18 
 
 		 382 aa  57.8  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.0000000730459  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0745  30S ribosomal protein S1  42.65 
 
 		 491 aa  57.4  0.00000006  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.146171  n/a   
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_2880  translation initiation factor IF-2 subunit alpha  31.68 
 
 		 277 aa  57.4  0.00000007  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  0.651055  normal  0.408906 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0265  RNA-binding S1 domain-containing protein  35.56 
 
 		 164 aa  57.4  0.00000007  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3570  30S ribosomal protein S1  36.11 
 
 		 294 aa  57.4  0.00000007  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.111769 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1089  30S ribosomal protein S1  40.54 
 
 		 515 aa  57  0.00000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0119116  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0146  hypothetical protein  38.36 
 
 		 133 aa  57  0.00000009  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_12990  30S ribosomal protein S1  44.93 
 
 		 492 aa  57  0.0000001  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  0.927286 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3561  30S ribosomal protein S1  44.93 
 
 		 481 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0469219  normal  0.360425 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3072  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 331 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0530  hypothetical protein  36.99 
 
 		 133 aa  56.2  0.0000001  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  unclonable  0.00000000417558  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3005  30S ribosomal protein S1  44.93 
 
 		 479 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2466  30S ribosomal protein S1  42.65 
 
 		 557 aa  56.2  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0000206931  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3095  RNA-binding S1 domain-containing protein  36 
 
 		 501 aa  56.6  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.000127417  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0149  30S ribosomal protein S1  34.78 
 
 		 569 aa  56.2  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3048  30S ribosomal protein S1  34.88 
 
 		 331 aa  56.6  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  hitchhiker  0.00340355  normal  0.25508 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0191  RNA binding S1 domain protein  29.37 
 
 		 134 aa  56.6  0.0000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2523  RNA binding S1 domain protein  35.06 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.270612  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3020  30S ribosomal protein S1  44.93 
 
 		 479 aa  56.6  0.0000001  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.156856  normal  0.0844361 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>