More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0336 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0336  ribonuclease III  100 
 
 		 242 aa  491  9.999999999999999e-139  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1041  ribonuclease III  76.57 
 
 		 242 aa  358  4e-98  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.834225  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2273  ribonuclease III  51.25 
 
 		 239 aa  219  3e-56  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11290  RNAse III  51.93 
 
 		 234 aa  214  9.999999999999999e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  0.0299262 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1666  ribonuclease III  49.13 
 
 		 241 aa  207  1e-52  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.397284  normal  0.0114969 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2293  ribonuclease III  50.88 
 
 		 240 aa  205  6e-52  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.051216  hitchhiker  0.000715248 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0651  ribonuclease III  47.06 
 
 		 240 aa  196  2.0000000000000003e-49  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3433  ribonuclease III  51.54 
 
 		 268 aa  189  4e-47  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.699086  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1883  ribonuclease III  49.04 
 
 		 249 aa  186  4e-46  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0277805  normal  0.0189831 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_10860  RNAse III  50.23 
 
 		 228 aa  182  3e-45  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0129939  normal  0.199787 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4192  ribonuclease III  45.98 
 
 		 234 aa  179  2.9999999999999997e-44  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1609  ribonuclease III  47.71 
 
 		 252 aa  179  4e-44  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.425776  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2072  ribonuclease III  46.49 
 
 		 262 aa  179  4.999999999999999e-44  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.497475  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1574  ribonuclease III  46.29 
 
 		 246 aa  177  9e-44  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.0764716 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2122  ribonuclease III  46.43 
 
 		 243 aa  177  1e-43  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.0434013 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0212  ribonuclease III  50 
 
 		 248 aa  177  2e-43  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1177  ribonuclease III  47.06 
 
 		 252 aa  175  7e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.312769  hitchhiker  0.0000455541 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1287  ribonuclease III  47.06 
 
 		 252 aa  174  9.999999999999999e-43  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.134604  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8017  ribonuclease III  45.58 
 
 		 276 aa  173  1.9999999999999998e-42  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1139  ribonuclease III  48.73 
 
 		 306 aa  172  5.999999999999999e-42  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.323858  normal  0.0251289 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3601  ribonuclease III  49 
 
 		 270 aa  170  2e-41  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2780  ribonuclease III  49.13 
 
 		 267 aa  170  2e-41  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.16188  normal  0.181798 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09490  RNAse III  48.7 
 
 		 250 aa  169  5e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.805869  normal  0.162457 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3281  ribonuclease III  45.74 
 
 		 276 aa  166  2.9999999999999998e-40  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1567  ribonuclease III  46.81 
 
 		 249 aa  165  5e-40  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0292107  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2171  ribonuclease III  46.43 
 
 		 235 aa  162  4.0000000000000004e-39  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12940  ribonuclease III  45.71 
 
 		 240 aa  162  6e-39  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1929  ribonuclease III  48.7 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1949  ribonuclease III  48.7 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1995  ribonuclease III  48.7 
 
 		 234 aa  162  6e-39  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0814275  normal  0.249883 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4029  ribonuclease III  48.21 
 
 		 270 aa  160  2e-38  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5964  ribonuclease III  48.72 
 
 		 267 aa  155  4e-37  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2239  Ribonuclease III  44 
 
 		 242 aa  155  5.0000000000000005e-37  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000641726 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2501  ribonuclease III  43.11 
 
 		 240 aa  153  2.9999999999999998e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.601617  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1363  Ribonuclease III  39.11 
 
 		 230 aa  152  5e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000482904  normal  0.16151 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_08900  RNAse III  42.59 
 
 		 220 aa  149  3e-35  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.493633  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7995  Ribonuclease III  48.17 
 
 		 243 aa  147  2.0000000000000003e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.509721  normal  0.250763 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1376  Ribonuclease III  45.45 
 
 		 224 aa  147  2.0000000000000003e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.028132  normal  0.115485 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0645  ribonuclease III  42.72 
 
 		 235 aa  145  8.000000000000001e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0482466  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2460  ribonuclease III  38.86 
 
 		 231 aa  144  2e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.214805  n/a   
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0726  ribonuclease III  38.32 
 
 		 245 aa  142  4e-33  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.902468  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1388  ribonuclease III  39.83 
 
 		 243 aa  139  3e-32  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.625723  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0380  ribonuclease III  37.87 
 
 		 234 aa  136  4e-31  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.492905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0773  ribonuclease III  40 
 
 		 233 aa  135  5e-31  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.000168987  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3545  ribonuclease III  46.04 
 
 		 282 aa  135  6.0000000000000005e-31  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.0895887  normal  0.125705 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2069  ribonuclease III  39.45 
 
 		 246 aa  134  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00379668  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1027  ribonuclease III  40.09 
 
 		 246 aa  133  1.9999999999999998e-30  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.0000153417  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_18360  RNAse III  43.98 
 
 		 250 aa  133  3e-30  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3813  Ribonuclease III  40.29 
 
 		 262 aa  133  3e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000119761  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1778  ribonuclease III  40.7 
 
 		 234 aa  133  3e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.574202  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1387  ribonuclease III  39.82 
 
 		 237 aa  131  6.999999999999999e-30  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.023535  normal  0.598576 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2444  ribonuclease III  40.19 
 
 		 235 aa  131  7.999999999999999e-30  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.517921  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3152  ribonuclease III  39.13 
 
 		 240 aa  131  1.0000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000533907  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1974  ribonuclease III  38.63 
 
 		 246 aa  130  1.0000000000000001e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1092  Ribonuclease III  41.47 
 
 		 228 aa  129  3e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.268595  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0946  Ribonuclease III  37.38 
 
 		 238 aa  128  7.000000000000001e-29  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.652577  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0961  ribonuclease III  37.89 
 
 		 235 aa  128  8.000000000000001e-29  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0049  ribonuclease III  34.71 
 
 		 229 aa  127  1.0000000000000001e-28  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0774  ribonuclease III  35.06 
 
 		 229 aa  126  2.0000000000000002e-28  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.811993  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1159  ribonuclease III  39.15 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.000000332232  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0931  ribonuclease III  35.78 
 
 		 236 aa  127  2.0000000000000002e-28  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000194117  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0687  ribonuclease III  34.75 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1403  RNase III  37.38 
 
 		 232 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  0.0000749592  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2429  ribonuclease III  39.32 
 
 		 242 aa  125  5e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1720  ribonuclease III  38 
 
 		 246 aa  125  5e-28  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00348045  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10320  Ribonuclease III  37.56 
 
 		 236 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000486688  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2086  ribonuclease III  43.1 
 
 		 226 aa  124  9e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.492575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1639  ribonuclease III  39.46 
 
 		 228 aa  124  9e-28  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.277384  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1083  ribonuclease III  36.93 
 
 		 246 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.599235  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02998  ribonuclease III  37.39 
 
 		 228 aa  124  1e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.168876  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1183  ribonuclease III  35.24 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000192839  normal  0.0311814 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2159  ribonuclease III  36.82 
 
 		 377 aa  124  2e-27  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.201039 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1947  ribonuclease III  35.02 
 
 		 253 aa  123  3e-27  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0876  ribonuclease III  37.08 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1753  ribonuclease III  35.84 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.159532  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0243  ribonuclease III  40 
 
 		 230 aa  122  4e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0530001 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3303  Ribonuclease III  38.91 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2813  ribonuclease III  38.91 
 
 		 225 aa  122  4e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.527235  normal  0.303497 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1144  ribonuclease III  33.61 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1708  ribonuclease III  37.85 
 
 		 229 aa  120  1.9999999999999998e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0152797  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1295  ribonuclease III  35.4 
 
 		 245 aa  119  3e-26  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0290325  hitchhiker  3.99354e-16 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3948  ribonuclease III  35.4 
 
 		 245 aa  119  3e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.399561  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1690  ribonuclease III  34.6 
 
 		 241 aa  119  3e-26  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00872848  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2501  ribonuclease III  37.74 
 
 		 245 aa  120  3e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00121317  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1027  ribonuclease III  39.63 
 
 		 243 aa  119  3.9999999999999996e-26  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3672  ribonuclease III  36.79 
 
 		 245 aa  119  3.9999999999999996e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.405617  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1347  ribonuclease III  38.86 
 
 		 228 aa  119  3.9999999999999996e-26  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.316032  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1626  ribonuclease III  37.85 
 
 		 225 aa  119  4.9999999999999996e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.140221  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0661  ribonuclease III  35.51 
 
 		 221 aa  119  4.9999999999999996e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0685749  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1972  ribonuclease III  34.12 
 
 		 241 aa  119  4.9999999999999996e-26  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00427234  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0908  ribonuclease III  35.53 
 
 		 248 aa  119  6e-26  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000640181  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_897  ribonuclease III  35.53 
 
 		 248 aa  119  6e-26  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  decreased coverage  0.000000000334707  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1347  ribonuclease III  38.03 
 
 		 241 aa  119  6e-26  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.461222  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3891  ribonuclease III  35.4 
 
 		 245 aa  118  7e-26  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2458  ribonuclease III  38.01 
 
 		 233 aa  118  7e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3897  ribonuclease III  35.4 
 
 		 245 aa  118  7e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000342133  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3590  ribonuclease III  35.4 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3987  ribonuclease III  35.4 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.484862  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3863  ribonuclease III  35.4 
 
 		 245 aa  118  7.999999999999999e-26  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.2755e-51 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0778  ribonuclease III  31 
 
 		 233 aa  118  7.999999999999999e-26  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>