More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2258 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013743  Htur_3383  aconitate hydratase  50 
 
 		 657 aa  639    Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2445  aconitate hydratase  77.45 
 
 		 645 aa  1047    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.430041  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0423  aconitate hydratase  57.36 
 
 		 645 aa  706    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.82263  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4177  aconitate hydratase  56.43 
 
 		 647 aa  718    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.13774  normal  0.304204 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1265  aconitate hydratase  78.32 
 
 		 644 aa  1056    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3193  aconitate hydratase  52.17 
 
 		 640 aa  635    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.249489  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2258  aconitate hydratase  100 
 
 		 648 aa  1321    Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0585  aconitate hydratase  57.36 
 
 		 645 aa  706    Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.674704  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0606  aconitate hydratase  55.69 
 
 		 655 aa  718    Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2707  aconitate hydratase  58.14 
 
 		 660 aa  759    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5705  aconitate hydratase  55.73 
 
 		 659 aa  710    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.762683  hitchhiker  0.0051974 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2450  aconitate hydratase  65.11 
 
 		 644 aa  874    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3767  aconitate hydratase  54.06 
 
 		 640 aa  697    Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2763  aconitate hydratase  75.89 
 
 		 648 aa  1028    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1882  aconitate hydratase  57.36 
 
 		 641 aa  693    Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.111034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1336  aconitate hydratase  50.08 
 
 		 656 aa  637    Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4768  aconitate hydratase  53.01 
 
 		 674 aa  683    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.682164  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3640  aconitate hydratase  54.66 
 
 		 656 aa  713    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.506746  normal  0.0138117 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0416  aconitate hydratase  56.09 
 
 		 639 aa  706    Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2824  aconitate hydratase  53.16 
 
 		 660 aa  658    Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_23930  aconitate hydratase  54.45 
 
 		 649 aa  729    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.161871  normal  0.0821905 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05770  aconitate hydratase  55.07 
 
 		 647 aa  675    Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.295611  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0285  aconitate hydratase  51.32 
 
 		 646 aa  649    Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1612  aconitate hydratase  73.87 
 
 		 646 aa  996    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2153  aconitate hydratase  50.08 
 
 		 644 aa  647    Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2106  aconitate hydratase  66.93 
 
 		 645 aa  887    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.12781  normal  0.0131142 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1966  aconitate hydratase  96.6 
 
 		 648 aa  1279    Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0020  aconitate hydratase  54.74 
 
 		 644 aa  674    Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0524  aconitate hydratase  56.47 
 
 		 643 aa  740    Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000206753  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2176  aconitate hydratase  54.98 
 
 		 642 aa  716    Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.0828952  n/a   
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_4932  aconitate hydratase  54.52 
 
 		 652 aa  689    Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.450299  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1930  aconitate hydratase  52.02 
 
 		 642 aa  642    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.221002  normal  0.0834672 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0908  aconitate hydratase  55.61 
 
 		 668 aa  709    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.410888  normal  0.460369 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3158  aconitate hydratase  56.12 
 
 		 642 aa  728    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000107146  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2774  aconitate hydratase  53.11 
 
 		 661 aa  685    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1406  aconitate hydratase  51.17 
 
 		 643 aa  630  1e-179  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.258962  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_1803  aconitate hydratase  48.91 
 
 		 657 aa  629  1e-179  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1102  aconitate hydratase  49.69 
 
 		 642 aa  624  1e-177  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3021  aconitate hydratase  51.17 
 
 		 641 aa  607  9.999999999999999e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012029  Hlac_0098  aconitate hydratase  49.39 
 
 		 661 aa  603  1.0000000000000001e-171  Halorubrum lacusprofundi ATCC 49239  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1771  aconitate hydratase  50.77 
 
 		 641 aa  600  1e-170  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013202  Hmuk_0597  aconitate hydratase  48.38 
 
 		 658 aa  600  1e-170  Halomicrobium mukohataei DSM 12286  Archaea  normal  1  normal  0.977117 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1408  aconitate hydratase  35.27 
 
 		 755 aa  359  9.999999999999999e-98  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1208  aconitate hydratase  34.44 
 
 		 756 aa  351  2e-95  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.2348  normal  0.0471939 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03894  aconitate hydratase, mitochondrial, putative (Eurofung)  34.84 
 
 		 796 aa  345  1e-93  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.26439  normal  0.611037 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2025  aconitate hydratase  33.97 
 
 		 755 aa  345  1e-93  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1482  aconitate hydratase  33.29 
 
 		 754 aa  343  5e-93  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0971  aconitate hydratase  34.15 
 
 		 760 aa  340  4e-92  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2223  aconitate hydratase  33.61 
 
 		 755 aa  336  7.999999999999999e-91  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.274844  normal  1 
 
 
-
 
NC_006692  CNG01590  aconitate hydratase, putative  34.17 
 
 		 770 aa  335  1e-90  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2016  aconitate hydratase  34.53 
 
 		 757 aa  333  7.000000000000001e-90  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00964954 
 
 
-
 
NC_006686  CND02620  aconitase, putative  34.01 
 
 		 792 aa  330  6e-89  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_00945  aconitate hydratase  32.74 
 
 		 755 aa  325  1e-87  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.181334  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0660  aconitate hydratase  32.97 
 
 		 758 aa  325  2e-87  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05300  aconitate hydratase, putative (Eurofung)  34.16 
 
 		 798 aa  318  3e-85  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.29403  normal  1 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2702  aconitate hydratase  33.43 
 
 		 751 aa  317  5e-85  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009046  PICST_90724  aconitate hydratase  32.56 
 
 		 800 aa  316  9e-85  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  0.319181 
 
 
-
 
NC_006682  CNM01770  aconitate hydratase, putative  32.52 
 
 		 787 aa  315  1.9999999999999998e-84  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  hitchhiker  0.00912812  n/a   
 
 
-
 
NC_009047  PICST_85181  Aconitase, mitochondrial  34.2 
 
 		 780 aa  314  1.9999999999999998e-84  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.154992  normal  0.331758 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1952  aconitate hydratase  32.69 
 
 		 765 aa  312  1e-83  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001305  ANIA_05525  Aconitase Fragment [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q8J267]  34.75 
 
 		 783 aa  303  4.0000000000000003e-81  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.842678 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0646  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.99 
 
 		 418 aa  258  2e-67  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  decreased coverage  0.00455068  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0621  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  36.99 
 
 		 418 aa  258  3e-67  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0188797  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2965  homoaconitase  30.12 
 
 		 655 aa  254  4.0000000000000004e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.556593  normal  0.646893 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1100  3-isopropylmalate dehydratase  36.84 
 
 		 418 aa  248  2e-64  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0402  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  33.25 
 
 		 418 aa  239  1e-61  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  0.344506 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2220  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  35.34 
 
 		 415 aa  231  3e-59  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1630  3-isopropylmalate dehydratase  34.13 
 
 		 418 aa  231  3e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1466  homoaconitate hydratase family protein  33.41 
 
 		 429 aa  230  5e-59  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  0.0167474  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0596  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.44 
 
 		 420 aa  225  2e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.0000659262  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1588  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  34.21 
 
 		 419 aa  221  3e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0448  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  33.73 
 
 		 417 aa  220  5e-56  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2485  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.36 
 
 		 424 aa  218  2.9999999999999998e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.836058  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0425  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  33.73 
 
 		 431 aa  218  4e-55  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1133  hypothetical protein  26.7 
 
 		 783 aa  217  5.9999999999999996e-55  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000753668  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_390  aconitase/homoaconitase/3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  33.25 
 
 		 417 aa  216  9.999999999999999e-55  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2728  3-isopropylmalate dehydratase  38.08 
 
 		 416 aa  215  1.9999999999999998e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0356  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35 
 
 		 420 aa  215  1.9999999999999998e-54  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.928431  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2458  hypothetical protein  26.56 
 
 		 763 aa  214  2.9999999999999995e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0160078  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1610  homoaconitate hydratase family protein  34.25 
 
 		 417 aa  213  5.999999999999999e-54  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2254  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.44 
 
 		 421 aa  213  1e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3516  3-isopropylmalate dehydratase  34.44 
 
 		 410 aa  212  2e-53  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_88705  homoaconitase  27.86 
 
 		 677 aa  212  2e-53  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.933626  normal  0.508507 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1704  homoaconitate hydratase family protein  32.13 
 
 		 419 aa  211  4e-53  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2211  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.07 
 
 		 419 aa  211  4e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00871543  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2871  aconitate hydratase domain protein  26.88 
 
 		 753 aa  209  1e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0794  hypothetical protein  27.01 
 
 		 753 aa  209  1e-52  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2891  hypothetical protein  27.01 
 
 		 753 aa  209  1e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0493763 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0442  3-isopropylmalate dehydratase  36.44 
 
 		 423 aa  208  2e-52  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.0357426 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0825  hypothetical protein  27.01 
 
 		 761 aa  209  2e-52  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.125653  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1191  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  33.1 
 
 		 424 aa  207  3e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0875  hypothetical protein  27.01 
 
 		 753 aa  208  3e-52  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0227  3-isopropylmalate dehydratase, large subunit  34 
 
 		 421 aa  208  3e-52  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0798  hypothetical protein  26.88 
 
 		 761 aa  207  4e-52  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0978109  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1792  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.82 
 
 		 418 aa  207  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.602442 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1742  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  35.22 
 
 		 420 aa  207  5e-52  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.482523  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0390  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.91 
 
 		 419 aa  207  6e-52  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1693  homoaconitate hydratase family protein  34.67 
 
 		 424 aa  206  7e-52  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.27842  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2075  3-isopropylmalate dehydratase  31.35 
 
 		 416 aa  206  9e-52  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1458  3-isopropylmalate dehydratase large subunit  34.99 
 
 		 419 aa  206  9e-52  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.888399  normal  0.260054 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>