68 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GM21_3712 on replicon NC_012918
Organism: Geobacter sp. M21



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012918  GM21_3712  tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  100 
 
 		 304 aa  619  1e-176  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3603  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  88.82 
 
 		 304 aa  568  1e-161  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1044  hypothetical protein  30.77 
 
 		 318 aa  119  6e-26  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1849  hypothetical protein  28.9 
 
 		 297 aa  116  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.26456  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3076  lytic transglycosylase catalytic  30.4 
 
 		 777 aa  58.5  0.0000001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.627553  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2327  TPR repeat-containing protein  26.36 
 
 		 1023 aa  53.9  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.930727  normal  0.708749 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0757  TPR repeat-containing protein  31.4 
 
 		 264 aa  53.5  0.000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2383  TPR domain-containing protein  25.16 
 
 		 245 aa  52.4  0.000009  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.28487e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0951  tol-pal system protein YbgF  31.4 
 
 		 271 aa  52  0.00001  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.246385  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1070  hypothetical protein  26.8 
 
 		 271 aa  51.2  0.00002  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.387649  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1231  hypothetical protein  26.09 
 
 		 285 aa  51.6  0.00002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.326034  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2227  hypothetical protein  23.15 
 
 		 265 aa  51.2  0.00002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0147  TPR repeat-containing protein  27.84 
 
 		 257 aa  50.4  0.00004  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3269  tol-pal system protein YbgF  27.59 
 
 		 248 aa  50.1  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00753149  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2552  putative lipoprotein  29.41 
 
 		 242 aa  50.4  0.00004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3692  tetratricopeptide domain-containing protein  25.58 
 
 		 239 aa  50.1  0.00005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000893452  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2038  TPR repeat-containing protein  23.78 
 
 		 1024 aa  49.3  0.00008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.144797 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2055  DNA uptake lipoprotein-like protein  22.75 
 
 		 255 aa  49.3  0.00008  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.000000000188643  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1484  soluble lytic murein transglycosylase, putative  32.47 
 
 		 747 aa  49.3  0.00008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.180895  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2020  hypothetical protein  23.08 
 
 		 322 aa  48.9  0.0001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2246  TPR repeat-containing protein  25.71 
 
 		 1004 aa  48.9  0.0001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2960  cellulose binding, type IV  26.83 
 
 		 952 aa  47.8  0.0002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3430  tetratricopeptide domain-containing protein  27.03 
 
 		 258 aa  48.1  0.0002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0691  competence lipoprotein ComL, putative  27.71 
 
 		 283 aa  48.1  0.0002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0174924  decreased coverage  0.000229911 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2748  competence lipoprotein ComL, putative  28.57 
 
 		 302 aa  48.5  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.321012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1517  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  23.31 
 
 		 1000 aa  47.8  0.0002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.261003  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1651  TPR domain-containing protein  23.77 
 
 		 995 aa  47.8  0.0002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.874566 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1237  TPR repeat-containing protein  25.56 
 
 		 312 aa  47.8  0.0003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.638629  normal  0.0592665 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2025  hypothetical protein  22.64 
 
 		 322 aa  47  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1278  tol-pal system protein YbgF  30 
 
 		 229 aa  47  0.0004  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0889  hypothetical protein  24.75 
 
 		 261 aa  46.6  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.189152  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2035  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  31.58 
 
 		 273 aa  46.6  0.0005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.349753  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0531  putative lipoprotein  22.81 
 
 		 236 aa  46.6  0.0006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4007  DNA uptake lipoprotein-like protein  23.57 
 
 		 249 aa  46.2  0.0007  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135815  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0537  tol-pal system protein YbgF  26.36 
 
 		 321 aa  46.2  0.0007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0161881  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0772  tol-pal system protein YbgF  27.27 
 
 		 285 aa  45.4  0.001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0818446 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1225  hypothetical protein  26.83 
 
 		 941 aa  45.4  0.001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2951  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  25.6 
 
 		 248 aa  45.4  0.001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0644109  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0023  TPR domain-containing protein  25.23 
 
 		 278 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.165753  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1215  lipoprotein protein, putative  26.83 
 
 		 270 aa  45.4  0.001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.839375 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0501  putative lipoprotein  22.49 
 
 		 254 aa  45.4  0.001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0542  hypothetical protein  27.52 
 
 		 922 aa  44.3  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.348097  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5521  Tetratricopeptide repeat protein  27.27 
 
 		 607 aa  45.1  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0375374  normal  0.605341 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0473  tol-pal system protein YbgF  27.47 
 
 		 350 aa  44.3  0.002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0955872  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3542  TPR repeat-containing protein  24.37 
 
 		 271 aa  44.3  0.002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000161801  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1096  hypothetical protein  25.26 
 
 		 279 aa  45.1  0.002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.2221  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1732  DNA uptake lipoprotein  24.16 
 
 		 268 aa  45.1  0.002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0494603  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4054  sporulation domain-containing protein  23.84 
 
 		 538 aa  45.1  0.002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3961  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  27.61 
 
 		 1058 aa  43.9  0.003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.357683  normal  0.258592 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1516  tetratricopeptide repeat family protein  26.4 
 
 		 561 aa  43.9  0.003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3117  tol-pal system protein YbgF  23.71 
 
 		 272 aa  43.9  0.004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.35815  normal  0.68716 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2072  hypothetical protein  25.55 
 
 		 288 aa  43.5  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000986938 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01566  tol-pal system protein YbgF, putative  27.91 
 
 		 268 aa  43.5  0.005  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.405212  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0661  TPR repeat-containing methyltransferase  26.4 
 
 		 561 aa  43.1  0.005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.25847  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2491  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.38 
 
 		 689 aa  43.5  0.005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2937  tetratricopeptide TPR_2  25.22 
 
 		 251 aa  43.1  0.006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.0022329  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2707  glycosyl transferase family protein  24.83 
 
 		 1486 aa  43.1  0.006  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.228337 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1592  outer membrane assembly lipoprotein YfiO  26.09 
 
 		 285 aa  42.7  0.007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0525454  decreased coverage  0.00850682 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2832  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  27.5 
 
 		 644 aa  42.7  0.007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1752  competence protein ComL  25.69 
 
 		 287 aa  42.7  0.008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3081  Tol-Pal system YbgF  22.33 
 
 		 307 aa  42.7  0.008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3636  tol-pal system protein YbgF  24 
 
 		 395 aa  42.4  0.009  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.655529  normal  0.139464 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2866  tol-pal system protein YbgF  23.93 
 
 		 269 aa  42.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  4.8827e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0500  tol-pal system protein YbgF  25.53 
 
 		 343 aa  42.4  0.009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0780  tol-pal system protein YbgF  24.77 
 
 		 265 aa  42.4  0.009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.295121  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1399  tol-pal system protein YbgF  23.93 
 
 		 269 aa  42.4  0.009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000306098  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2954  tol-pal system protein YbgF  23.93 
 
 		 269 aa  42.4  0.009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000000000655346  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2204  TPR repeat-containing protein  28.85 
 
 		 265 aa  42.4  0.009  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000773589 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>