More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_1350 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011769  DvMF_1350  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 101 aa  204  4e-52  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2030  30S ribosomal protein S6  88.12 
 
 		 101 aa  181  2.0000000000000003e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1412  30S ribosomal protein S6  75.25 
 
 		 101 aa  158  3e-38  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000404173  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  70.1 
 
 		 102 aa  145  2.0000000000000003e-34  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1830  ribosomal protein S6  51.04 
 
 		 105 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.776664  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  52.48 
 
 		 106 aa  110  9e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  42.11 
 
 		 147 aa  81.6  0.000000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 96 aa  76.6  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  34.65 
 
 		 168 aa  75.1  0.0000000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4504  ribosomal protein S6  36.96 
 
 		 210 aa  75.1  0.0000000000003  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  35.35 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  38.46 
 
 		 95 aa  73.2  0.000000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 		 137 aa  73.2  0.000000000001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 129 aa  73.2  0.000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 		 117 aa  71.2  0.000000000004  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 95 aa  70.9  0.000000000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 95 aa  70.5  0.000000000007  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  38.04 
 
 		 95 aa  70.5  0.000000000007  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  28.26 
 
 		 95 aa  70.1  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1131  30S ribosomal protein S6  33.67 
 
 		 128 aa  69.7  0.00000000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.999974  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 136 aa  69.3  0.00000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0595  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 117 aa  68.9  0.00000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4936  30S ribosomal protein S6  35.79 
 
 		 95 aa  68.9  0.00000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645168  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 115 aa  68.9  0.00000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  31.18 
 
 		 118 aa  68.9  0.00000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0122  ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 150 aa  69.3  0.00000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.302975  normal  0.107833 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0863  ribosomal protein S6  37.76 
 
 		 132 aa  69.3  0.00000000002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 156 aa  68.2  0.00000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  30.53 
 
 		 98 aa  68.6  0.00000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  34.44 
 
 		 122 aa  68.6  0.00000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 148 aa  68.2  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0118  SSU ribosomal protein S6P  35.71 
 
 		 148 aa  67.8  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 97 aa  67.4  0.00000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0125  ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 148 aa  67  0.00000000008  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  34.44 
 
 		 148 aa  67  0.00000000008  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0136  ribosomal protein S6  35.71 
 
 		 148 aa  67  0.00000000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 95 aa  67  0.00000000009  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  33.68 
 
 		 151 aa  67  0.00000000009  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  32.22 
 
 		 134 aa  67  0.00000000009  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0045  ribosomal protein S6  35.05 
 
 		 112 aa  66.6  0.0000000001  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21891  30S ribosomal protein S6  31.46 
 
 		 138 aa  66.2  0.0000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 95 aa  66.2  0.0000000001  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0739  ribosomal protein S6  26.88 
 
 		 119 aa  65.5  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0945845  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  32.63 
 
 		 134 aa  65.9  0.0000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  30 
 
 		 155 aa  65.9  0.0000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1316  30S ribosomal protein S6  31.46 
 
 		 138 aa  65.5  0.0000000003  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 95 aa  65.1  0.0000000003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0241  30S ribosomal protein S6  31.63 
 
 		 145 aa  65.5  0.0000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  29.35 
 
 		 154 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  28.72 
 
 		 104 aa  64.7  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  30.93 
 
 		 128 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1585  30S ribosomal protein S6  33.67 
 
 		 142 aa  65.1  0.0000000004  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0600  ribosomal protein S6  30 
 
 		 144 aa  64.7  0.0000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 134 aa  64.7  0.0000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 153 aa  65.1  0.0000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2072  30S ribosomal protein S6  32.58 
 
 		 108 aa  64.3  0.0000000005  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.994303  hitchhiker  0.00328308 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1998  30S ribosomal protein S6  32.65 
 
 		 139 aa  64.3  0.0000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 		 134 aa  63.9  0.0000000008  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  32.22 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  29.35 
 
 		 176 aa  63.5  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  29.7 
 
 		 130 aa  63.2  0.000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  32.22 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0849  SSU ribosomal protein S6P  33.33 
 
 		 147 aa  63.2  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.759966  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  30.68 
 
 		 153 aa  62.8  0.000000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  31.73 
 
 		 131 aa  63.2  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  32.22 
 
 		 120 aa  62.4  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  28.42 
 
 		 94 aa  62.4  0.000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  31.11 
 
 		 151 aa  62.8  0.000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  29.47 
 
 		 117 aa  62.8  0.000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  30.68 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  29.7 
 
 		 130 aa  62.8  0.000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 131 aa  62.4  0.000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  30.68 
 
 		 155 aa  62.4  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2930  ribosomal protein S6  29.47 
 
 		 95 aa  62  0.000000003  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.448494  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_18431  30S ribosomal protein S6  31.46 
 
 		 172 aa  62  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.800944 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  31.73 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 160 aa  62  0.000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  31.73 
 
 		 130 aa  62  0.000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  30.68 
 
 		 145 aa  62  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  27.84 
 
 		 128 aa  61.6  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  31.11 
 
 		 151 aa  61.6  0.000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 95 aa  60.8  0.000000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  29.47 
 
 		 158 aa  60.8  0.000000006  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  29.59 
 
 		 117 aa  60.5  0.000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  31.11 
 
 		 158 aa  60.5  0.000000008  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  28.89 
 
 		 126 aa  60.1  0.000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3774  ribosomal protein S6  28.26 
 
 		 95 aa  59.7  0.00000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336802  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  27.17 
 
 		 94 aa  59.7  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  29.59 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  27.72 
 
 		 132 aa  60.1  0.00000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  29.59 
 
 		 135 aa  60.1  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  28.71 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  28.71 
 
 		 131 aa  60.1  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2009  30S ribosomal protein S6  32.98 
 
 		 126 aa  59.3  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.950634 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 		 96 aa  59.3  0.00000002  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  31.11 
 
 		 159 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  31.31 
 
 		 117 aa  59.3  0.00000002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 168 aa  59.3  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  28.71 
 
 		 135 aa  58.9  0.00000002  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>