More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_1520 on replicon NC_011989
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 153 aa  308  2e-83  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  86.43 
 
 		 155 aa  221  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  86.43 
 
 		 155 aa  221  2e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  91.23 
 
 		 145 aa  216  6e-56  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  72.31 
 
 		 148 aa  184  5e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  69.17 
 
 		 136 aa  175  2e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  78.85 
 
 		 151 aa  174  3e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  77.88 
 
 		 148 aa  174  4e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  77.88 
 
 		 156 aa  174  5e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  70.91 
 
 		 134 aa  171  1.9999999999999998e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  72.07 
 
 		 151 aa  169  1e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  70 
 
 		 134 aa  168  2e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  71.7 
 
 		 152 aa  168  3e-41  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  64.71 
 
 		 158 aa  168  3e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  67.92 
 
 		 160 aa  157  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  66.98 
 
 		 151 aa  156  9e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  66.98 
 
 		 151 aa  156  9e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  66.98 
 
 		 159 aa  156  1e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  58.14 
 
 		 132 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  66.04 
 
 		 146 aa  155  2e-37  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  66.04 
 
 		 151 aa  155  2e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  66.98 
 
 		 147 aa  154  6e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  64.15 
 
 		 153 aa  153  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  58.04 
 
 		 168 aa  151  2.9999999999999998e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  64.76 
 
 		 154 aa  150  4e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  64.15 
 
 		 139 aa  150  8e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  61.9 
 
 		 155 aa  148  3e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  57.85 
 
 		 126 aa  142  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  55.17 
 
 		 117 aa  139  9.999999999999999e-33  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  59.26 
 
 		 120 aa  138  1.9999999999999998e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  57.41 
 
 		 132 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  57.41 
 
 		 135 aa  136  7.999999999999999e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  58.49 
 
 		 117 aa  134  5e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  56.6 
 
 		 160 aa  133  8e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  55.66 
 
 		 117 aa  127  4.0000000000000003e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  54.72 
 
 		 117 aa  127  4.0000000000000003e-29  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  53.27 
 
 		 122 aa  124  6e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 131 aa  123  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  42.75 
 
 		 161 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  48.08 
 
 		 158 aa  110  5e-24  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  44.44 
 
 		 124 aa  97.8  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  48.03 
 
 		 142 aa  97.1  7e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3037  30S ribosomal protein S6  45.37 
 
 		 121 aa  97.1  8e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00243043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  44.44 
 
 		 121 aa  96.7  9e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  45.37 
 
 		 141 aa  96.3  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2395  30S ribosomal protein S6  44.44 
 
 		 121 aa  95.5  3e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  43.52 
 
 		 125 aa  94.7  4e-19  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  35.83 
 
 		 124 aa  94.4  5e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  35.83 
 
 		 124 aa  94.4  5e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  42.59 
 
 		 122 aa  93.2  1e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  43.52 
 
 		 125 aa  93.2  1e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  43.52 
 
 		 125 aa  93.2  1e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  43.52 
 
 		 120 aa  92  2e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  91.3  5e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.5  7e-18  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  36.84 
 
 		 135 aa  90.5  8e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.1  9e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  90.1  9e-18  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  41.67 
 
 		 121 aa  90.1  1e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  40.57 
 
 		 124 aa  90.1  1e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  42.37 
 
 		 122 aa  89.7  1e-17  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 124 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  40.57 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  40.57 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  38.58 
 
 		 131 aa  88.6  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  41.96 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  41.96 
 
 		 134 aa  87.8  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  37.29 
 
 		 124 aa  87.8  5e-17  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  41.03 
 
 		 139 aa  87.8  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0923  ribosomal protein S6  45.05 
 
 		 138 aa  87.4  6e-17  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.46862  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2386  30S ribosomal protein S6  39.53 
 
 		 137 aa  87.4  6e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  36.28 
 
 		 131 aa  87  8e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  39.06 
 
 		 133 aa  87  9e-17  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  38.83 
 
 		 127 aa  87  9e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  37.8 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  37.96 
 
 		 122 aa  86.3  1e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  37.8 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  40.17 
 
 		 139 aa  86.3  1e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  36.88 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  36.88 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  38.89 
 
 		 119 aa  86.7  1e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  38.46 
 
 		 130 aa  86.7  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  37.8 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  37.8 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  36.22 
 
 		 132 aa  85.5  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  37.04 
 
 		 124 aa  85.9  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  40.71 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4787  30S ribosomal protein S6  37.01 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11072  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  40.95 
 
 		 126 aa  85.1  3e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  36.04 
 
 		 125 aa  85.1  3e-16  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  38.66 
 
 		 137 aa  85.1  3e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  37.01 
 
 		 131 aa  84.7  4e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>