More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewmr7_0687 on replicon NC_008322
Organism: Shewanella sp. MR-7



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  100 
 
 
131 aa  271  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  100 
 
 
131 aa  271  2.0000000000000002e-72  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  99.24 
 
 
131 aa  270  5.000000000000001e-72  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  97.71 
 
 
131 aa  266  5e-71  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  95.42 
 
 
131 aa  261  2e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  95.42 
 
 
131 aa  258  2e-68  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  95.42 
 
 
131 aa  258  2e-68  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  95.42 
 
 
131 aa  258  2e-68  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  95.42 
 
 
131 aa  258  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  87.02 
 
 
130 aa  236  1e-61  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  92.44 
 
 
130 aa  233  8e-61  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  83.7 
 
 
135 aa  231  2.0000000000000002e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  81.06 
 
 
139 aa  224  2e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  80.47 
 
 
139 aa  222  1e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  85.09 
 
 
137 aa  212  1.9999999999999998e-54  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3284  30S ribosomal protein S6  85.09 
 
 
135 aa  211  1.9999999999999998e-54  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0114214  hitchhiker  0.000227969 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04067  30S ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  207  4e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04029  hypothetical protein  79.37 
 
 
131 aa  207  4e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3793  ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  206  6e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00794169  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3813  30S ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  206  6e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0560735 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4733  30S ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  206  6e-53  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.387811  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5716  30S ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  206  6e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.394601  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4444  30S ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  206  6e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4671  30S ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  206  6e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.980923  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4761  30S ribosomal protein S6  79.37 
 
 
131 aa  206  6e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  77.78 
 
 
131 aa  206  1e-52  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4659  30S ribosomal protein S6  78.57 
 
 
131 aa  205  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4751  30S ribosomal protein S6  78.57 
 
 
131 aa  205  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.502035  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4669  30S ribosomal protein S6  78.57 
 
 
131 aa  205  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0711098  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4809  30S ribosomal protein S6  78.57 
 
 
131 aa  205  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.16196  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4787  30S ribosomal protein S6  77.78 
 
 
131 aa  203  8e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11072  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  84.96 
 
 
130 aa  201  2e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  81.82 
 
 
130 aa  202  2e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  76.34 
 
 
130 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  76.34 
 
 
130 aa  198  1.9999999999999998e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  77.6 
 
 
132 aa  197  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  77.05 
 
 
130 aa  195  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  83.04 
 
 
129 aa  195  2.0000000000000003e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  77.05 
 
 
130 aa  195  2.0000000000000003e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  77.05 
 
 
130 aa  195  2.0000000000000003e-49  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  82.57 
 
 
125 aa  193  7e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  81.25 
 
 
122 aa  192  2e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0415  30S ribosomal protein S6  77.31 
 
 
143 aa  191  3e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  78.76 
 
 
126 aa  191  3e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  83.96 
 
 
129 aa  188  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  74.11 
 
 
133 aa  183  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  74.36 
 
 
133 aa  182  1.0000000000000001e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  62.6 
 
 
135 aa  181  4.0000000000000006e-45  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2386  30S ribosomal protein S6  63.28 
 
 
137 aa  172  9.999999999999999e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  63.78 
 
 
136 aa  171  1.9999999999999998e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3465  30S ribosomal protein S6  58.78 
 
 
134 aa  169  7.999999999999999e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0574  ribosomal protein S6  69.44 
 
 
125 aa  168  3e-41  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189135  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1057  30S ribosomal protein S6  67.59 
 
 
152 aa  167  4e-41  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.66834 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  68.42 
 
 
119 aa  167  4e-41  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  64.91 
 
 
128 aa  167  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2105  30S ribosomal protein S6  64.41 
 
 
127 aa  165  2e-40  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0220  ribosomal protein S6  61.11 
 
 
156 aa  165  2e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  63.56 
 
 
127 aa  164  2.9999999999999998e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3746  30S ribosomal protein S6  69.84 
 
 
135 aa  164  4e-40  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0164381  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0657  30S ribosomal protein S6  64.6 
 
 
119 aa  164  4e-40  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0923  ribosomal protein S6  71.3 
 
 
138 aa  164  5e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.46862  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5662  30S ribosomal protein S6  72.38 
 
 
139 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65180  30S ribosomal protein S6  72.38 
 
 
139 aa  162  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  66.38 
 
 
131 aa  161  2.0000000000000002e-39  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1337  30S ribosomal protein S6  60.34 
 
 
132 aa  159  1e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.021992  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  65.79 
 
 
114 aa  159  1e-38  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1640  30S ribosomal protein S6  59.13 
 
 
134 aa  159  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0507943  normal  0.0355259 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  65.77 
 
 
145 aa  159  2e-38  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1032  30S ribosomal protein S6  61.4 
 
 
131 aa  158  2e-38  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1935  ribosomal protein S6  63.97 
 
 
134 aa  157  4e-38  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0753505  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07640  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 
136 aa  156  7e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368868  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  60.34 
 
 
122 aa  155  1e-37  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1979  30S ribosomal protein S6  61.4 
 
 
124 aa  156  1e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4877  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 
141 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4933  ribosomal protein S6  66.67 
 
 
141 aa  155  2e-37  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0581  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 
141 aa  155  2e-37  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4668  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 
141 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0417729 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  60.53 
 
 
124 aa  155  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4934  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 
141 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000104766 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4758  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 
141 aa  155  2e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.0734543 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  60.17 
 
 
124 aa  155  2e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0534  30S ribosomal protein S6  66.67 
 
 
142 aa  154  3e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.587814  normal  0.131551 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
122 aa  154  4e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  65.38 
 
 
125 aa  154  4e-37  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
122 aa  154  4e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  66.07 
 
 
134 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  66.07 
 
 
134 aa  154  5.0000000000000005e-37  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  59.32 
 
 
124 aa  154  5.0000000000000005e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  58.06 
 
 
124 aa  153  7e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  58.06 
 
 
124 aa  153  7e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  59.13 
 
 
122 aa  153  8e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0645  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
140 aa  153  9e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.793975  hitchhiker  0.000526957 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1550  30S ribosomal protein S6  61.11 
 
 
112 aa  151  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1433  30S ribosomal protein S6  61.11 
 
 
112 aa  151  2.9999999999999998e-36  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  71 
 
 
142 aa  151  2.9999999999999998e-36  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00746  30S ribosomal protein S6  62.16 
 
 
143 aa  150  5.9999999999999996e-36  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.741883  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
124 aa  150  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
124 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
124 aa  150  7e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
124 aa  150  7e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>