More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Msil_0898 on replicon NC_011666
Organism: Methylocella silvestris BL2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 146 aa  296  7e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  77.48 
 
 		 151 aa  185  2e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  71.82 
 
 		 134 aa  170  6.999999999999999e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  70.91 
 
 		 134 aa  169  1e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  61.76 
 
 		 155 aa  167  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  61.76 
 
 		 155 aa  167  5e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  70.75 
 
 		 151 aa  163  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  70.75 
 
 		 151 aa  163  5.9999999999999996e-40  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  70.75 
 
 		 151 aa  162  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  58.65 
 
 		 158 aa  157  3e-38  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  68.87 
 
 		 152 aa  157  5e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  59.38 
 
 		 148 aa  157  6e-38  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  54.42 
 
 		 136 aa  155  2e-37  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  62.5 
 
 		 145 aa  154  4e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  67.62 
 
 		 154 aa  154  5.0000000000000005e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  68.27 
 
 		 156 aa  153  7e-37  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  68.27 
 
 		 148 aa  153  9e-37  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  67.31 
 
 		 151 aa  153  9e-37  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  66.04 
 
 		 153 aa  152  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  66.04 
 
 		 153 aa  152  2e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  65.09 
 
 		 147 aa  149  8.999999999999999e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  63.81 
 
 		 155 aa  149  1e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  64.15 
 
 		 168 aa  149  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  62.26 
 
 		 159 aa  147  3e-35  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  62.26 
 
 		 160 aa  147  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  54.2 
 
 		 126 aa  146  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  63.21 
 
 		 139 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  54.4 
 
 		 132 aa  142  2e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  57.41 
 
 		 120 aa  131  3e-30  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  54.72 
 
 		 160 aa  126  1.0000000000000001e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  52.29 
 
 		 132 aa  124  5e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  52.29 
 
 		 135 aa  124  5e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  47.24 
 
 		 161 aa  122  1e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 117 aa  120  6e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  52.29 
 
 		 117 aa  120  6e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  48.6 
 
 		 122 aa  119  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 131 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 		 117 aa  117  4.9999999999999996e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 117 aa  117  4.9999999999999996e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  51.96 
 
 		 158 aa  116  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  39.53 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  39.53 
 
 		 134 aa  84.7  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  41.35 
 
 		 142 aa  83.2  0.000000000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  43.14 
 
 		 125 aa  80.1  0.000000000000009  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  42.16 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  42.16 
 
 		 125 aa  79.7  0.00000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  38.74 
 
 		 124 aa  80.1  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  37.39 
 
 		 132 aa  79  0.00000000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 131 aa  78.6  0.00000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  41.9 
 
 		 141 aa  79  0.00000000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  36.94 
 
 		 131 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  35.2 
 
 		 139 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2052  30S ribosomal protein S6  35.65 
 
 		 143 aa  78.6  0.00000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193521  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  34.4 
 
 		 139 aa  78.2  0.00000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77.4  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 127 aa  77.4  0.00000000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  34.29 
 
 		 109 aa  77.4  0.00000000000006  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  35.4 
 
 		 145 aa  77.4  0.00000000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3037  30S ribosomal protein S6  38.74 
 
 		 121 aa  77.4  0.00000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00243043  normal  1 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2133  30S ribosomal protein S6  32.62 
 
 		 143 aa  77.4  0.00000000000006  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.226778  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  37.39 
 
 		 114 aa  77  0.00000000000008  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 131 aa  77  0.00000000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 		 109 aa  76.6  0.00000000000009  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  37.84 
 
 		 121 aa  76.6  0.00000000000009  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  36.7 
 
 		 130 aa  77  0.00000000000009  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07640  30S ribosomal protein S6  39.05 
 
 		 136 aa  77  0.00000000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.368868  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  39.45 
 
 		 136 aa  76.6  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 131 aa  76.6  0.0000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  34.92 
 
 		 137 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  36.7 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  35.85 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  35.85 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  35.34 
 
 		 130 aa  76.3  0.0000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  35.85 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  35.78 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  36.44 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4933  ribosomal protein S6  39.05 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0581  30S ribosomal protein S6  39.05 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  35.78 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  35.85 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  38.32 
 
 		 129 aa  75.5  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  35.78 
 
 		 130 aa  75.9  0.0000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2395  30S ribosomal protein S6  37.84 
 
 		 121 aa  75.1  0.0000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4877  30S ribosomal protein S6  39.05 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  34.75 
 
 		 122 aa  75.1  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4934  30S ribosomal protein S6  39.05 
 
 		 141 aa  75.5  0.0000000000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000104766 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  35.85 
 
 		 124 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>