More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mpop_4417 on replicon NC_010725
Organism: Methylobacterium populi BJ001



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  100 
 
 
151 aa  308  2e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  99.34 
 
 
151 aa  306  5e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  99.34 
 
 
151 aa  306  5e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  83.64 
 
 
134 aa  197  3e-50  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  82.73 
 
 
134 aa  196  1.0000000000000001e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  84.76 
 
 
154 aa  190  6e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  64.71 
 
 
155 aa  174  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  64.71 
 
 
155 aa  174  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  72.07 
 
 
151 aa  167  6e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  70.75 
 
 
146 aa  164  4e-40  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  60 
 
 
136 aa  162  1.0000000000000001e-39  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  66.07 
 
 
145 aa  162  2.0000000000000002e-39  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  71.43 
 
 
148 aa  162  2.0000000000000002e-39  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  70.75 
 
 
152 aa  158  3e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  66.04 
 
 
153 aa  153  9e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  63.81 
 
 
155 aa  149  8.999999999999999e-36  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  66.35 
 
 
151 aa  149  8.999999999999999e-36  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  57.75 
 
 
158 aa  146  9e-35  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  63.21 
 
 
153 aa  145  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  64.42 
 
 
156 aa  145  1.0000000000000001e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  64.42 
 
 
148 aa  145  2.0000000000000003e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  54.26 
 
 
126 aa  144  3e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  63.21 
 
 
168 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  60.38 
 
 
160 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  60.38 
 
 
147 aa  138  1.9999999999999998e-32  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  59.43 
 
 
159 aa  137  3.9999999999999997e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  58.33 
 
 
120 aa  137  3.9999999999999997e-32  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  47.86 
 
 
132 aa  135  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  60.38 
 
 
139 aa  134  4e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  52.88 
 
 
158 aa  125  2.0000000000000002e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 
160 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  47.11 
 
 
161 aa  124  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  50.47 
 
 
122 aa  122  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  48.15 
 
 
132 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  48.15 
 
 
135 aa  115  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  47.01 
 
 
117 aa  114  3.9999999999999997e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  47.17 
 
 
117 aa  113  1.0000000000000001e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  47.17 
 
 
117 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  49.06 
 
 
131 aa  112  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  46.23 
 
 
117 aa  108  2.0000000000000002e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  45.19 
 
 
142 aa  98.6  2e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  37.88 
 
 
130 aa  90.9  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  37.88 
 
 
130 aa  90.9  5e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  37.88 
 
 
130 aa  90.9  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  39.83 
 
 
141 aa  89.4  1e-17  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  37.68 
 
 
130 aa  89  2e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  34.11 
 
 
135 aa  89  2e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  37.68 
 
 
130 aa  89  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  36.13 
 
 
124 aa  88.6  3e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  36.81 
 
 
131 aa  88.6  3e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  40.87 
 
 
134 aa  88.2  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  41.67 
 
 
120 aa  87.8  4e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  40.87 
 
 
134 aa  88.2  4e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 
132 aa  88.2  4e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  37.82 
 
 
125 aa  87.8  5e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  37.82 
 
 
125 aa  87.8  5e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2052  30S ribosomal protein S6  37.21 
 
 
143 aa  87.4  6e-17  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193521  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2395  30S ribosomal protein S6  40.74 
 
 
121 aa  87  8e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  37.29 
 
 
145 aa  87  9e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  37.88 
 
 
130 aa  86.7  1e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  37.82 
 
 
125 aa  86.7  1e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  39.17 
 
 
114 aa  86.3  1e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  34.75 
 
 
124 aa  86.3  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  36.21 
 
 
121 aa  86.3  1e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2133  30S ribosomal protein S6  37.21 
 
 
143 aa  86.3  1e-16  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.226778  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0794  30S ribosomal protein S6  36.23 
 
 
130 aa  86.3  1e-16  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00576366  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  39.09 
 
 
124 aa  85.1  3e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  39.09 
 
 
124 aa  85.1  3e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  37.27 
 
 
122 aa  84.7  4e-16  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3037  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 
121 aa  84.7  4e-16  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00243043  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  38.83 
 
 
128 aa  84.3  5e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  38.46 
 
 
131 aa  84.3  5e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00746  30S ribosomal protein S6  40.95 
 
 
143 aa  84  6e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.741883  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  35.24 
 
 
109 aa  84  7e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  40.57 
 
 
124 aa  83.6  8e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  37.93 
 
 
122 aa  83.2  0.000000000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
126 aa  83.2  0.000000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  36.11 
 
 
124 aa  82.8  0.000000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  34.29 
 
 
109 aa  83.2  0.000000000000001  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 
124 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 
124 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  37.61 
 
 
131 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  37.61 
 
 
131 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  37.61 
 
 
130 aa  82.8  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 
124 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 
124 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  38.79 
 
 
136 aa  82  0.000000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0220  ribosomal protein S6  36.73 
 
 
156 aa  82.8  0.000000000000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  36.94 
 
 
133 aa  82  0.000000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  35.4 
 
 
131 aa  82.4  0.000000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  37.61 
 
 
130 aa  82.4  0.000000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  38.18 
 
 
122 aa  82.4  0.000000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  38.68 
 
 
124 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  38.68 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  38.68 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  38.83 
 
 
122 aa  82  0.000000000000003  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  38.68 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  38.68 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  33.05 
 
 
124 aa  81.6  0.000000000000003  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  38.68 
 
 
124 aa  82  0.000000000000003  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>