More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_0741 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 145 aa  291  2e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  78.87 
 
 		 155 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  78.87 
 
 		 155 aa  212  9.999999999999999e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  90.57 
 
 		 153 aa  205  2e-52  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  72.66 
 
 		 148 aa  179  8.000000000000001e-45  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  65.93 
 
 		 136 aa  178  2e-44  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  75.96 
 
 		 151 aa  173  5e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  75 
 
 		 148 aa  173  9e-43  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  75 
 
 		 156 aa  172  9.999999999999999e-43  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  71.82 
 
 		 134 aa  170  5e-42  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  70.91 
 
 		 134 aa  170  5e-42  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  68.47 
 
 		 151 aa  165  2e-40  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  67.92 
 
 		 152 aa  162  1.0000000000000001e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  63.24 
 
 		 158 aa  162  2.0000000000000002e-39  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  65.09 
 
 		 151 aa  154  3e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  65.09 
 
 		 151 aa  154  3e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  66.98 
 
 		 159 aa  154  3e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  64.15 
 
 		 151 aa  153  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  66.04 
 
 		 160 aa  153  8e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  65.09 
 
 		 139 aa  152  2e-36  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  65.09 
 
 		 147 aa  152  2e-36  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  62.26 
 
 		 153 aa  150  4e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  61.32 
 
 		 146 aa  150  5e-36  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  62.86 
 
 		 154 aa  148  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  53.68 
 
 		 132 aa  148  3e-35  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  56.35 
 
 		 126 aa  147  5e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  64.15 
 
 		 168 aa  146  7e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  57.55 
 
 		 155 aa  146  1.0000000000000001e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  57.41 
 
 		 120 aa  140  8e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  56.6 
 
 		 160 aa  138  3e-32  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  55.56 
 
 		 132 aa  136  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  55.56 
 
 		 135 aa  136  1e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  56.6 
 
 		 117 aa  132  9.999999999999999e-31  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  51.85 
 
 		 117 aa  133  9.999999999999999e-31  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  54.21 
 
 		 122 aa  127  6e-29  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  50.94 
 
 		 117 aa  123  7e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 117 aa  122  2e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  50.94 
 
 		 131 aa  120  5e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  44.53 
 
 		 161 aa  120  8e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  46.28 
 
 		 158 aa  114  5e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3037  30S ribosomal protein S6  42.59 
 
 		 121 aa  94.7  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00243043  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  41.67 
 
 		 124 aa  94  6e-19  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  34.43 
 
 		 124 aa  93.6  8e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  34.43 
 
 		 124 aa  93.6  8e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2395  30S ribosomal protein S6  41.67 
 
 		 121 aa  93.2  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  39.1 
 
 		 133 aa  92.4  2e-18  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  39.66 
 
 		 141 aa  91.7  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  40.74 
 
 		 121 aa  91.3  4e-18  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  43.12 
 
 		 134 aa  90.5  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  43.12 
 
 		 134 aa  90.5  6e-18  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 		 122 aa  90.5  7e-18  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 		 125 aa  90.5  8e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  42.57 
 
 		 142 aa  90.5  8e-18  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3586  30S ribosomal protein S6  40.34 
 
 		 137 aa  89.4  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0940753  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89  2e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 		 121 aa  89.4  2e-17  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 		 125 aa  89  2e-17  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  89.4  2e-17  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  38.68 
 
 		 124 aa  88.2  3e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  88.6  3e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  40.98 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  40.65 
 
 		 130 aa  88.2  3e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  88.6  3e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  39.62 
 
 		 124 aa  88.2  3e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  38.1 
 
 		 109 aa  88.2  4e-17  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  40.65 
 
 		 131 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  40.65 
 
 		 131 aa  87.8  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  34.48 
 
 		 122 aa  87.4  6e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  37.86 
 
 		 131 aa  87.4  6e-17  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  37.14 
 
 		 109 aa  87  7e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 		 120 aa  87.4  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  40.87 
 
 		 139 aa  87  7e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  36.94 
 
 		 125 aa  87  8e-17  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  39.84 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  39.84 
 
 		 131 aa  86.3  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  35.59 
 
 		 124 aa  86.3  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  40.18 
 
 		 131 aa  85.9  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 127 aa  85.9  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  36.11 
 
 		 124 aa  85.9  2e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  40 
 
 		 139 aa  85.9  2e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  37.5 
 
 		 119 aa  85.9  2e-16  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 128 aa  84.3  4e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 122 aa  84  6e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 122 aa  84  6e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  40.95 
 
 		 122 aa  83.6  8e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  38.89 
 
 		 130 aa  82.8  0.000000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  34.75 
 
 		 124 aa  82.8  0.000000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  35.07 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  38.94 
 
 		 114 aa  82.4  0.000000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>