More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rru_A0414 on replicon NC_007643
Organism: Rhodospirillum rubrum ATCC 11170



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 160 aa  318  1.9999999999999998e-86  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1352  30S ribosomal protein S6  51.05 
 
 		 132 aa  144  7.0000000000000006e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0105388  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0741  30S ribosomal protein S6  56.25 
 
 		 145 aa  142  2e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.429444  normal  0.125363 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1197  30S ribosomal protein S6  53.28 
 
 		 155 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.358566  normal  0.0253087 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1054  30S ribosomal protein S6  53.28 
 
 		 155 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.285791 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  59.05 
 
 		 155 aa  138  3.9999999999999997e-32  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1512  30S ribosomal protein S6  60.78 
 
 		 158 aa  135  2e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.589185  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  56.6 
 
 		 153 aa  135  3.0000000000000003e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2512  30S ribosomal protein S6  57.39 
 
 		 126 aa  134  4e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.281012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  52.55 
 
 		 158 aa  134  6.0000000000000005e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4637  30S ribosomal protein S6  53.21 
 
 		 134 aa  134  7.000000000000001e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.329942  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3038  30S ribosomal protein S6  54.31 
 
 		 161 aa  133  9.999999999999999e-31  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.59116  normal  0.184677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0569  30S ribosomal protein S6  59.62 
 
 		 151 aa  130  6e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4310  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 151 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0751589 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  53.7 
 
 		 151 aa  130  7.999999999999999e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3942  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 151 aa  130  7.999999999999999e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.262713 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  45.75 
 
 		 168 aa  129  1.0000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0898  30S ribosomal protein S6  54.72 
 
 		 146 aa  129  1.0000000000000001e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0179425 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0461  30S ribosomal protein S6  58.65 
 
 		 156 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  58.65 
 
 		 148 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4417  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 151 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.316855 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2590  30S ribosomal protein S6  51.38 
 
 		 134 aa  129  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0306533 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5421  30S ribosomal protein S6  53.33 
 
 		 154 aa  128  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0549173  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2186  30S ribosomal protein S6  53.77 
 
 		 117 aa  127  4.0000000000000003e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3118  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 152 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.158791  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 147 aa  126  1.0000000000000001e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 153 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0139  30S ribosomal protein S6  51.35 
 
 		 132 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  47.62 
 
 		 136 aa  125  2.0000000000000002e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1772  30S ribosomal protein S6  51.35 
 
 		 135 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.468472  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 160 aa  124  4.0000000000000003e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  50.94 
 
 		 159 aa  124  5e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 117 aa  124  5e-28  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  53.45 
 
 		 117 aa  124  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 139 aa  123  8.000000000000001e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1416  30S ribosomal protein S6  52.78 
 
 		 120 aa  123  8.000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  51.89 
 
 		 117 aa  122  3e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  49.53 
 
 		 122 aa  120  5e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1916  30S ribosomal protein S6  49.52 
 
 		 148 aa  120  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.136895  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0891  30S ribosomal protein S6  52.83 
 
 		 131 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.194189  normal  0.483607 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0695  30S ribosomal protein S6  36.45 
 
 		 109 aa  84.3  5e-16  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.308714  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0308  30S ribosomal protein S6  35.24 
 
 		 109 aa  82  0.000000000000003  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.389439  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  39.81 
 
 		 120 aa  82  0.000000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  37.31 
 
 		 132 aa  80.5  0.000000000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  37.96 
 
 		 124 aa  80.5  0.00000000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2395  30S ribosomal protein S6  35.59 
 
 		 121 aa  78.6  0.00000000000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  39.6 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000005  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 125 aa  77.4  0.00000000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  35.77 
 
 		 125 aa  77.4  0.00000000000008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3037  30S ribosomal protein S6  37.96 
 
 		 121 aa  77  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00243043  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  35.83 
 
 		 141 aa  77  0.00000000000009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  38.06 
 
 		 130 aa  77  0.0000000000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  36.11 
 
 		 124 aa  76.3  0.0000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  38.06 
 
 		 130 aa  77  0.0000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  38.39 
 
 		 133 aa  76.3  0.0000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  37.86 
 
 		 127 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  35.92 
 
 		 131 aa  76.3  0.0000000000002  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3784  30S ribosomal protein S6  36.43 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1526  30S ribosomal protein S6  38.89 
 
 		 122 aa  75.5  0.0000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.153289  normal  0.214349 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0683  30S ribosomal protein S6  36.43 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3639  30S ribosomal protein S6  36.43 
 
 		 130 aa  75.5  0.0000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  34.15 
 
 		 125 aa  75.5  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  35.19 
 
 		 124 aa  74.7  0.0000000000004  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 131 aa  74.7  0.0000000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  36.11 
 
 		 122 aa  74.7  0.0000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  35.19 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2193  30S ribosomal protein S6  36.79 
 
 		 121 aa  73.9  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0141741  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  35.19 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000007  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0428  30S ribosomal protein S6  35.19 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000009  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  0.531029 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  35.82 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  34.15 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  37.62 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0574  ribosomal protein S6  36.19 
 
 		 125 aa  73.2  0.000000000001  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189135  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  36.13 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 131 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  33.98 
 
 		 128 aa  73.2  0.000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  36.89 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4787  30S ribosomal protein S6  34.11 
 
 		 131 aa  72.8  0.000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.11072  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  36.11 
 
 		 121 aa  72.4  0.000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  36.89 
 
 		 122 aa  72.8  0.000000000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  73.2  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2052  30S ribosomal protein S6  31.21 
 
 		 143 aa  72  0.000000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.193521  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1979  30S ribosomal protein S6  34.26 
 
 		 124 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  34.91 
 
 		 124 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2462  SSU ribosomal protein S6P  33.01 
 
 		 144 aa  72  0.000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309208 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>