More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbem_2764 on replicon NC_011146
Organism: Geobacter bemidjiensis Bem



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  100 
 
 		 134 aa  271  2.0000000000000002e-72  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  97.22 
 
 		 134 aa  220  6e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  75.57 
 
 		 128 aa  183  9e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  73.2 
 
 		 118 aa  157  4e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  71.28 
 
 		 117 aa  147  6e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  57.03 
 
 		 129 aa  139  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  64.21 
 
 		 122 aa  138  3e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  45.16 
 
 		 147 aa  93.2  1e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  46.24 
 
 		 115 aa  89.4  1e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4504  ribosomal protein S6  36.07 
 
 		 210 aa  89  2e-17  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  34 
 
 		 128 aa  85.1  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  43.16 
 
 		 104 aa  85.1  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0713  30S ribosomal protein S6  39.52 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0742  30S ribosomal protein S6  39.52 
 
 		 124 aa  84.7  4e-16  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.035409  normal  0.774483 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  37.14 
 
 		 176 aa  84  7e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0951  30S ribosomal protein S6  38.21 
 
 		 124 aa  82  0.000000000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.77513  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2985  30S ribosomal protein S6  33 
 
 		 160 aa  81.6  0.000000000000003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.620365 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0241  30S ribosomal protein S6  42.11 
 
 		 145 aa  80.9  0.000000000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  41.76 
 
 		 95 aa  80.5  0.000000000000007  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  36.63 
 
 		 141 aa  80.5  0.000000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2105  30S ribosomal protein S6  34.4 
 
 		 127 aa  80.5  0.000000000000008  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  32.48 
 
 		 125 aa  80.1  0.000000000000009  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE1213  30S ribosomal protein S6  42.11 
 
 		 125 aa  79.3  0.00000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.58007  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2306  30S ribosomal protein S6  37.19 
 
 		 126 aa  79  0.00000000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  40.37 
 
 		 168 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0122  ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 150 aa  79.3  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.302975  normal  0.107833 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_1088  30S ribosomal protein S6  42.11 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2464  30S ribosomal protein S6  30 
 
 		 159 aa  78.2  0.00000000000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0600  ribosomal protein S6  34.43 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2462  SSU ribosomal protein S6P  33.98 
 
 		 144 aa  78.6  0.00000000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0653  30S ribosomal protein S6  42.11 
 
 		 125 aa  78.6  0.00000000000003  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2677  30S ribosomal protein S6  39.6 
 
 		 124 aa  77.8  0.00000000000004  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 		 137 aa  77.8  0.00000000000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  33 
 
 		 127 aa  77.8  0.00000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1585  30S ribosomal protein S6  41.94 
 
 		 142 aa  77.8  0.00000000000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1998  30S ribosomal protein S6  41.05 
 
 		 139 aa  77.8  0.00000000000005  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  30 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4537  30S ribosomal protein S6  36.08 
 
 		 147 aa  77.4  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287316  normal  0.325201 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3487  30S ribosomal protein S6  31 
 
 		 158 aa  77.4  0.00000000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.289777  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2296  30S ribosomal protein S6  31.43 
 
 		 168 aa  77  0.00000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.220775  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1979  30S ribosomal protein S6  35.16 
 
 		 124 aa  77  0.00000000000008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  42.11 
 
 		 95 aa  77  0.00000000000009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0125  ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3815  30S ribosomal protein S6  31.43 
 
 		 153 aa  76.6  0.0000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.247483  normal  0.0901852 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0136  ribosomal protein S6  36.17 
 
 		 148 aa  76.3  0.0000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  32.26 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  32.26 
 
 		 124 aa  76.6  0.0000000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2569  30S ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3216  30S ribosomal protein S6  37.36 
 
 		 125 aa  76.6  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  34 
 
 		 142 aa  76.3  0.0000000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  42.86 
 
 		 94 aa  75.9  0.0000000000002  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  30 
 
 		 139 aa  75.9  0.0000000000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0118  SSU ribosomal protein S6P  36.17 
 
 		 148 aa  75.9  0.0000000000002  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  43.16 
 
 		 96 aa  75.9  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00746  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 		 143 aa  75.5  0.0000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.741883  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1520  30S ribosomal protein S6  31 
 
 		 153 aa  75.9  0.0000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.162884  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_30071  30S ribosomal protein S6  36.44 
 
 		 124 aa  75.5  0.0000000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.319395 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2038  30S ribosomal protein S6  33.09 
 
 		 136 aa  75.1  0.0000000000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.421442  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  33 
 
 		 131 aa  75.1  0.0000000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1228  30S ribosomal protein S6  36.67 
 
 		 125 aa  75.1  0.0000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0123058 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1212  30S ribosomal protein S6  34.62 
 
 		 117 aa  75.1  0.0000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.134172  normal  0.709191 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 134 aa  74.7  0.0000000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  33.66 
 
 		 120 aa  74.3  0.0000000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  36.63 
 
 		 102 aa  74.3  0.0000000000005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  32.61 
 
 		 136 aa  74.3  0.0000000000006  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1622  30S ribosomal protein S6  36.36 
 
 		 117 aa  74.3  0.0000000000006  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0541746  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  34 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  30 
 
 		 155 aa  73.9  0.0000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0415  30S ribosomal protein S6  34.86 
 
 		 143 aa  73.6  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0012  30S ribosomal protein S6  38.38 
 
 		 107 aa  73.6  0.0000000000008  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.142702  normal  0.115485 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 124 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0927  30S ribosomal protein S6  33.64 
 
 		 126 aa  73.6  0.0000000000008  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134622  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 145 aa  73.6  0.0000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  34 
 
 		 160 aa  73.6  0.0000000000009  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1316  30S ribosomal protein S6  33.61 
 
 		 138 aa  73.2  0.000000000001  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  30.65 
 
 		 124 aa  73.6  0.000000000001  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2830  30S ribosomal protein S6  34.65 
 
 		 121 aa  73.2  0.000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4893  30S ribosomal protein S6  35.48 
 
 		 108 aa  73.2  0.000000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  35 
 
 		 122 aa  73.2  0.000000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1087  30S ribosomal protein S6  33.64 
 
 		 127 aa  73.2  0.000000000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  0.000589418  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2303  30S ribosomal protein S6  29 
 
 		 151 aa  72.8  0.000000000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.458714  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0455  30S ribosomal protein S6  31.52 
 
 		 148 aa  72.4  0.000000000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0189276  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  33.59 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2072  30S ribosomal protein S6  40 
 
 		 108 aa  72.4  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.994303  hitchhiker  0.00328308 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  36.84 
 
 		 98 aa  72.4  0.000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  34 
 
 		 124 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  34 
 
 		 124 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  36.84 
 
 		 97 aa  72  0.000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>