More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene GSU0665 on replicon NC_002939
Organism: Geobacter sulfurreducens PCA



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002939  GSU0665  30S ribosomal protein S6  100 
 
 
117 aa  232  1.0000000000000001e-60  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  85.71 
 
 
118 aa  174  4e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  70 
 
 
134 aa  158  2e-38  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  69.09 
 
 
134 aa  157  4e-38  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  72.28 
 
 
128 aa  155  2e-37  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0758  30S ribosomal protein S6  56.07 
 
 
129 aa  130  7.999999999999999e-30  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000000104725  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2607  30S ribosomal protein S6  57.01 
 
 
122 aa  129  1.0000000000000001e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00172521  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  42.42 
 
 
102 aa  90.9  5e-18  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  45.26 
 
 
115 aa  87  7e-17  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  43.27 
 
 
147 aa  84  6e-16  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
128 aa  82.8  0.000000000000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1216  30S ribosomal protein S6  34.31 
 
 
127 aa  78.2  0.00000000000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.402535 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0010  30S ribosomal protein S6  38.14 
 
 
168 aa  77.4  0.00000000000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.490507  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1951  30S ribosomal protein S6  31.97 
 
 
125 aa  76.3  0.0000000000001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.380092  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  35.85 
 
 
106 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1830  ribosomal protein S6  34.29 
 
 
105 aa  76.3  0.0000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.776664  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0595  30S ribosomal protein S6  38 
 
 
117 aa  75.1  0.0000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1383  ribosomal protein S6  33.66 
 
 
142 aa  74.3  0.0000000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.760847  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1412  30S ribosomal protein S6  37.62 
 
 
101 aa  74.7  0.0000000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000404173  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1326  SSU ribosomal protein S6P  31.37 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24985  normal  0.887492 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  74.3  0.0000000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  34 
 
 
104 aa  73.9  0.0000000000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0415  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
143 aa  73.6  0.0000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0111096  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4806  ribosomal protein S6  33.64 
 
 
176 aa  73.6  0.0000000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  32.41 
 
 
124 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  41.76 
 
 
94 aa  72.8  0.000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1307  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 
122 aa  72  0.000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  35.79 
 
 
95 aa  72  0.000000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1660  30S ribosomal protein S6  35.87 
 
 
137 aa  72.8  0.000000000002  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0414  30S ribosomal protein S6  32.32 
 
 
160 aa  72.4  0.000000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1900  30S ribosomal protein S6  29.29 
 
 
122 aa  72  0.000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.168881 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  31.48 
 
 
124 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3351  30S ribosomal protein S6  33.04 
 
 
130 aa  72  0.000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000000274411  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  31.48 
 
 
124 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0600  ribosomal protein S6  34.78 
 
 
144 aa  72.4  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  31.48 
 
 
124 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  31.48 
 
 
124 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2030  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 
101 aa  72.4  0.000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2006  30S ribosomal protein S6  31.3 
 
 
124 aa  72  0.000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2355  30S ribosomal protein S6  29.29 
 
 
147 aa  72  0.000000000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.22878  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1979  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 
124 aa  72  0.000000000003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.102092 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1350  30S ribosomal protein S6  37.89 
 
 
101 aa  71.2  0.000000000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0981  ribosomal protein S6  31.48 
 
 
141 aa  71.2  0.000000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2009  30S ribosomal protein S6  35.24 
 
 
126 aa  71.2  0.000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.950634 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2591  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
121 aa  70.9  0.000000000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  38.54 
 
 
97 aa  70.9  0.000000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0739  ribosomal protein S6  32.32 
 
 
119 aa  70.9  0.000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0945845  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03778  30S ribosomal protein S6  32.35 
 
 
133 aa  70.5  0.000000000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3361  ribosomal protein S6  32.32 
 
 
155 aa  70.5  0.000000000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1182  30S ribosomal protein S6  32.35 
 
 
122 aa  70.5  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0492029  normal  0.220406 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1243  30S ribosomal protein S6  32.35 
 
 
122 aa  70.5  0.000000000008  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0890507  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  39.58 
 
 
95 aa  70.5  0.000000000008  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1640  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 
134 aa  70.1  0.000000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0507943  normal  0.0355259 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 
131 aa  70.1  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1691  30S ribosomal protein S6  28.28 
 
 
139 aa  69.7  0.00000000001  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  37.93 
 
 
129 aa  70.1  0.00000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3774  ribosomal protein S6  31.46 
 
 
95 aa  69.7  0.00000000001  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000336802  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5229  30S ribosomal protein S6  30.43 
 
 
120 aa  70.1  0.00000000001  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1818  30S ribosomal protein S6  29.31 
 
 
124 aa  70.1  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.195181  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4504  ribosomal protein S6  33.33 
 
 
210 aa  69.7  0.00000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2462  SSU ribosomal protein S6P  32.35 
 
 
144 aa  69.7  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.309208 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_0742  30S ribosomal protein S6  32.52 
 
 
124 aa  70.1  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.035409  normal  0.774483 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_0713  30S ribosomal protein S6  32.52 
 
 
124 aa  70.1  0.00000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3592  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.518893  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3435  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0120822  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0241  30S ribosomal protein S6  35.64 
 
 
145 aa  68.9  0.00000000002  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1337  30S ribosomal protein S6  34.48 
 
 
132 aa  68.9  0.00000000002  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.021992  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2105  30S ribosomal protein S6  31.37 
 
 
127 aa  69.3  0.00000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0094  30S ribosomal protein S6  36.96 
 
 
132 aa  69.3  0.00000000002  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.110295  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0371  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.080214  normal  0.0305615 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  31.73 
 
 
130 aa  69.3  0.00000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1045  30S ribosomal protein S6  31.31 
 
 
117 aa  69.3  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.146697 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  32.69 
 
 
131 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  31.73 
 
 
135 aa  68.9  0.00000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00746  30S ribosomal protein S6  34.41 
 
 
143 aa  68.9  0.00000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.741883  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0774  30S ribosomal protein S6  32.17 
 
 
130 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000163074  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0494  30S ribosomal protein S6  31.18 
 
 
136 aa  69.3  0.00000000002  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  32.26 
 
 
145 aa  68.6  0.00000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  38.64 
 
 
95 aa  68.6  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  40.43 
 
 
96 aa  68.2  0.00000000003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  27.93 
 
 
135 aa  68.2  0.00000000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1032  30S ribosomal protein S6  34.48 
 
 
131 aa  68.6  0.00000000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4537  30S ribosomal protein S6  33.02 
 
 
147 aa  68.6  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.287316  normal  0.325201 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>