More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_2187 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_2187  SSU ribosomal protein S6P  100 
 
 
95 aa  192  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000000662537  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0055  ribosomal protein S6  65.96 
 
 
94 aa  130  6.999999999999999e-30  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000548177  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2097  ribosomal protein S6  58.06 
 
 
96 aa  115  1.9999999999999998e-25  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.0000000000774697  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2978  30S ribosomal protein S6  59.57 
 
 
95 aa  115  3e-25  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000894429  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2656  30S ribosomal protein S6  59.57 
 
 
95 aa  115  3e-25  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000485291  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2394  30S ribosomal protein S6  52.75 
 
 
95 aa  104  4e-22  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000046004  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4355  30S ribosomal protein S6  49.45 
 
 
95 aa  100  7e-21  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2930  ribosomal protein S6  42.86 
 
 
95 aa  89.4  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.448494  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3308  30S ribosomal protein S6  42.86 
 
 
95 aa  84.3  5e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000490454  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2138  ribosomal protein S6  42.86 
 
 
95 aa  83.6  8e-16  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  decreased coverage  0.000000043387  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2216  ribosomal protein S6  38.46 
 
 
94 aa  82.4  0.000000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0128  30S ribosomal protein S6  39.36 
 
 
98 aa  82.8  0.000000000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.0000000443622  normal  0.826671 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1689  ribosomal protein S6  44.57 
 
 
104 aa  81.3  0.000000000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3546  30S ribosomal protein S6  38.3 
 
 
95 aa  80.1  0.00000000000001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002332  SSU ribosomal protein S6p  36.26 
 
 
129 aa  78.6  0.00000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.257781  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4936  30S ribosomal protein S6  34.41 
 
 
95 aa  79.3  0.00000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000000645168  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0022  ribosomal protein S6  41.3 
 
 
97 aa  79  0.00000000000002  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  decreased coverage  0.00000004173  normal  0.882806 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2777  30S ribosomal protein S6  36.26 
 
 
122 aa  78.6  0.00000000000002  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000778979  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3417  30S ribosomal protein S6  38.3 
 
 
95 aa  79  0.00000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000000000905863  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3678  30S ribosomal protein S6  43.62 
 
 
128 aa  78.6  0.00000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0325198  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23360  ribosomal protein S6  37.23 
 
 
95 aa  78.6  0.00000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  9.28748e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2589  30S ribosomal protein S6  34.38 
 
 
145 aa  78.6  0.00000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.782476 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5662  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000026821  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5327  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.0000278233  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5155  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000255569  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5171  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.000000742686  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5723  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000611758  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5584  30S ribosomal protein S6  40 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.72731e-16 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0849  SSU ribosomal protein S6P  42.39 
 
 
147 aa  78.2  0.00000000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.759966  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2030  30S ribosomal protein S6  41.76 
 
 
101 aa  77.8  0.00000000000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5267  30S ribosomal protein S6  40.43 
 
 
96 aa  77.8  0.00000000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00000406973  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2764  30S ribosomal protein S6  42.11 
 
 
134 aa  77.4  0.00000000000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1363  30S ribosomal protein S6  41.49 
 
 
97 aa  77.4  0.00000000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  decreased coverage  0.000000000620601  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3188  ribosomal protein S6  46.15 
 
 
147 aa  77  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.514903  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5334  30S ribosomal protein S6  39.36 
 
 
96 aa  76.6  0.0000000000001  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000242081  hitchhiker  0.000000688979 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5625  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 
96 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.000119733  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0483  ribosomal protein S6  32.97 
 
 
94 aa  76.6  0.0000000000001  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000000293762  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00023  30S ribosomal protein S6  35.16 
 
 
129 aa  76.3  0.0000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5601  30S ribosomal protein S6  39.78 
 
 
96 aa  76.3  0.0000000000001  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00075847  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_11560  SSU ribosomal protein S6P  39.13 
 
 
97 aa  76.6  0.0000000000001  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  0.0123194  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00746  30S ribosomal protein S6  35.79 
 
 
143 aa  76.6  0.0000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.741883  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1476  30S ribosomal protein S6  41.05 
 
 
134 aa  76.6  0.0000000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0100588 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_27920  ribosomal protein S6  38.71 
 
 
97 aa  75.9  0.0000000000002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  decreased coverage  0.0000627266  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2024  30S ribosomal protein S6  40.66 
 
 
102 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.359562  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1438  30S ribosomal protein S6  35.16 
 
 
125 aa  75.5  0.0000000000002  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.0054631  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3419  ribosomal protein S6  35.16 
 
 
133 aa  75.5  0.0000000000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797124  normal  0.172954 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1786  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 
124 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.58345  normal  0.226907 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2456  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 
124 aa  75.1  0.0000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0929827  normal  0.188014 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0019  ribosomal protein S6  39.13 
 
 
97 aa  75.1  0.0000000000003  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.0000515173  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1897  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0154353  hitchhiker  0.0000000595408 
 
 
-
 
NC_006348  BMA1404  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0497703  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1168  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.115875  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2416  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2291  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0333903  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2179  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0002  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.143432  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2252  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0770355  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1895  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  74.7  0.0000000000004  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3930  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1400  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5174  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0911  30S ribosomal protein S6  37.23 
 
 
124 aa  73.9  0.0000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.320797 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0420  30S ribosomal protein S6  34.04 
 
 
124 aa  74.3  0.0000000000006  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000077892  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3260  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000012398  hitchhiker  0.0000109167 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0687  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  73.9  0.0000000000006  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00000703568  hitchhiker  0.000317476 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0701  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  74.3  0.0000000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000757321  hitchhiker  0.000144082 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1412  30S ribosomal protein S6  40.66 
 
 
101 aa  73.9  0.0000000000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.000000404173  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1364  ribosomal protein S6  33.7 
 
 
114 aa  73.9  0.0000000000007  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.151938  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3465  30S ribosomal protein S6  35.11 
 
 
134 aa  73.9  0.0000000000007  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6205  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1874  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  73.6  0.0000000000008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0753  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  73.6  0.0000000000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000769486  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1783  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3669  30S ribosomal protein S6  34.04 
 
 
128 aa  73.6  0.0000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0796579  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4014  30S ribosomal protein S6  37.63 
 
 
95 aa  73.6  0.0000000000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.208118  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1811  30S ribosomal protein S6  36.17 
 
 
124 aa  73.6  0.0000000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.844657  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2766  30S ribosomal protein S6  32.97 
 
 
126 aa  73.2  0.000000000001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.431916  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1350  30S ribosomal protein S6  38.46 
 
 
101 aa  73.2  0.000000000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3284  30S ribosomal protein S6  32.97 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0114214  hitchhiker  0.000227969 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2105  30S ribosomal protein S6  33.33 
 
 
127 aa  73.2  0.000000000001  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.312011  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1999  30S ribosomal protein S6  44.19 
 
 
115 aa  73.2  0.000000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0575699  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0888  SSU ribosomal protein S6P  36.26 
 
 
135 aa  72.8  0.000000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0757  30S ribosomal protein S6  32.97 
 
 
139 aa  72.8  0.000000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.228949  hitchhiker  0.00000160404 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4212  30S ribosomal protein S6  32.97 
 
 
139 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.553377  hitchhiker  0.000271078 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0446  30S ribosomal protein S6  35.16 
 
 
132 aa  73.2  0.000000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00453306 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0951  30S ribosomal protein S6  43.01 
 
 
124 aa  73.6  0.000000000001  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  0.77513  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3064  30S ribosomal protein S6  32.97 
 
 
135 aa  73.2  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.234735  normal  0.218428 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1094  ribosomal protein S6  39.78 
 
 
106 aa  72.8  0.000000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.380454  normal  0.02861 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0927  30S ribosomal protein S6  34.41 
 
 
126 aa  72  0.000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.0134622  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2446  30S ribosomal protein S6  34.04 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0045402 
 
 
-
 
NC_003912  CJE1213  30S ribosomal protein S6  41.94 
 
 
125 aa  72.4  0.000000000002  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.58007  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2844  30S ribosomal protein S6  39.58 
 
 
118 aa  72.4  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000000534713  hitchhiker  0.0000000000000955305 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0741  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000275832  hitchhiker  0.000127866 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0515  30S ribosomal protein S6  32.97 
 
 
130 aa  72  0.000000000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.38245  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3643  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00299983  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0582  30S ribosomal protein S6  31.91 
 
 
119 aa  72.4  0.000000000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.147466  hitchhiker  0.0000000000000103542 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1640  30S ribosomal protein S6  33.7 
 
 
134 aa  72.8  0.000000000002  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.0507943  normal  0.0355259 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0732  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00282194  hitchhiker  0.0000000108888 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2824  30S ribosomal protein S6  34.04 
 
 
134 aa  72.4  0.000000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.254018  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0711  30S ribosomal protein S6  34.07 
 
 
131 aa  72.4  0.000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.165791  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>